Аматэрасу, например, как признано всеми, стала верховным божеством лишь в период оформления пантеона. Некоторые считают ее божеством солярного культа, другие — жрицей-шаманкой при божестве солярного культа мужского пола (по какой-то причине выпавшем из культуры вместе с именем), третьи — матерью-первопредком рода переселенцев с материка, возглавивших раннее государство Ямато, есть, наконец, точка зрения, что слово аматэрасу, «освещать небо», не имеет отношения к солярному культу, а представляет собой почтительный титул с общим значением «великий», постоянный эпитет к имени бога, которое было по тем или иным причинам утрачено, а этот эпитет стал именем. Добавим к этому, что в китайской хронике «Сань у ли цзи» содержится сюжет о рождении солярного и лунарного божеств из глаз Пань-гу, а в одной из версий японского сюжета Аматэрасу рождается из левого глаза Изанаки, а Тукуёми, божество Луны, — из правого, и стало быть, этот миф тоже можно связать с китайским влиянием.
Императрицу Дзингу также многие трактуют как жрицу при боге военных морских походов Сумиёси, обычно сопровождавшую войска правителя. В другой части повествования о Дзингу, от рождения ею Помута-вакэ (будущего правителя О:дзин) до вступления на престол, миф этот трактуется как предание о божествах матери и сыне, первопредках правящего рода, пришедших на берег из краев по ту сторону моря. Та же Дзингу нередко отождествляется с Пимико (в современном произношении Химико), легендарной правительницей-шаманкой, отраженной в древнекитайской летописи «Вэйчжи».
Что же касается первоимператора Дзимму, то долгое время считалось, что военный поход Дзимму на восток, с Кюсю в Ямато, отражает реальную историю формирования государства Ямато, и первоначально род будущего объединителя Японии в самом деле высадился на Кюсю, откуда перебрался на Хонсю, в Кинай. В рамках этой точки зрения предполагалось, что правительница Химико и легендарное царство Яматай изначально были на Кюсю, и это Дзимму перенес Яматай в Кинки.
Цуда Сокити возражал против этой точки зрения, утверждая, что Кюсю привлечено в этот сюжет под влиянием мифа о схождении бога-первопредка императорского рода Ниниги с неба на землю именно в районе Кюсю. По Цуда, этот военный поход — чистая выдумку, не отражающая никаких исторических фактов.
После Второй мировой войны, на волне антинационалистических, антимифологических настроений многие исследователи мифа стали видеть в фигуре Дзимму отражение деяний более поздних, более исторических японских владык — Су:дзин, О:дзин, Кэйтай, Тэмму и др., воспринимая его как искусственную, сочиненную персону, состоящую из элементов поздних свитков «Нихон сёки». Делаются также интересные попытки связать с помощью предания о походе Дзимму археологические данные о культуре Яёи на Кюсю и культуре курганов Кофун в Кинки.
Следующий пример, о котором хотелось бы упомянуть, связан с преданиями Идзумо. Они представляют иной мифологический мир с иным типом космологии, где творение страны происходит не путем порождения парой первопредков (как в мифах группы богов Равнины Высокого Неба) и не путем завоевания разных областей (как в мифах о схождении с неба Ниниги), а путем так называемого притягивания земель (кунихики), о чем говорится в «Идзумо-фудоки». Мифами Идзумо обычно именуются мифы «Кодзики» и «Нихон сёки», связанные с областью Идзумо и ее главным божеством Оонамути (Опо-ана-мути), однако наиболее принятая в настоящее время точка зрения состоит в том, что эти мифы вовсе не местные предания, имевшие в то время хождение среди обитателей Идзумо, а результат мифотворчества составителей двух официальных сводов. Соответственно, мифологический образ Оонамути, данный в «Нихон сёки», был составлен из богов, почитаемых в разных прилегающих областях (отсюда и большое количество вариантов имен Оонамути) — поскольку задачей обоих памятников было утверждение легитимности правителя Ямато и его притязаний на территорию Идзумо, ему были приданы мотивы и характеристики других персонажей. По мнению цитированного выше Окада Сэйдзи, мифы «Кодзики» и «Нихон сёки», посвященные Идзумо, отражают исторический факт — что Оонамути был верховным божеством племени, владевшим большей частью территории Хонсю, он в лице своего жреца (или же предполагаемого вождя племени) уступил власть нагрянувшим воинственным племенам во главе с тэнсон («небесным внуком»), оставив за собой область Идзумо. Аналогичным образом, изображение деяний Сусаново в Идзумо как культурного героя также представляет собой попытку составителей свода связать между собой предания Идзумо и Ямато в единую мифологическую историю. Наряду с этим существует, впрочем, и принятая ранее точка зрения, согласно которой речь шла не обо всей Японии того времени, а только об области Идзумо, верховный жрец которой по собственной воле передал право на управление своей землей владыке Ямато (куниюдзури, миф об «уступке страны»).