В феврале 1947 года специальный пленум ЦК по вопросам сельского хозяйства (по докладу А. А. Андреева) рекомендовал резкое расширение на Украине посевов яровой пшеницы за счет озимой. Эту рекомендацию поддерживал Президент Академии сельскохозяйственных наук Т. Д. Лысенко. Идея о преимуществах яровой пшеницы основывалась на чисто теоретических построениях травопольной системы земледелия, разработанной почвоведом В. Вильямсом в 1933–1938 годах и дополнявшей многие псевдонаучные идеи самого Т. Д. Лысенко. Хрущев отлично понимал недостатки и рискованный характер этого проекта для Украины, да и для крестьян озимая пшеница была более традиционной и надежной культурой, чем яровая. Яровую пшеницу сеяли на Украине главным образом в качестве резерва, когда из-за неблагоприятной зимы посевы озимой были сильно повреждены. В среднем же по Украине и по югу СССР вообще озимая пшеница была в 1,5–2 раза более урожайной и менее чувствительной к периодическим засухам. Как известно, озимая пшеница, высеваемая в начале осени, когда в почве достаточно влаги, успевает дать большую вегетативную массу, а весной, также при достаточной влажности почвы, быстро переходит к репродуктивному росту и созревает в середине лета. Летняя засуха, частая в южных районах, уже не оказывает существенного влияния на урожай озимой пшеницы, а более длинный в целом вегетационный период (с осени и до середины следующего лета) обеспечивает большую «кустистость» (число репродуктивных стеблей от одного семени) и больший урожай по отношению к массе использованных семян. Яровая пшеница дает более ценное «твердое» зерно с большим содержанием белка, но поскольку ее высевают только весной, то репродуктивное развитие начинается в середине лета, а созревание наступает в конце лета и летние засухи, даже слабые, резко снижают урожай. Более сильные засухи полностью губят посевы. Поэтому расширение на Украине именно яровой пшеницы в ущерб озимой было крайне рискованным и непопулярным мероприятием. Тем не менее Каганович настаивал на резком расширении яровых посевов, Т. Д. Лысенко обосновывал это мероприятие с «научной» точки зрения, и сельскохозяйственный отдел Госплана СССР (заведующий B. C. Дмитриев и его заместитель С. Ф. Демидов) требовали выполнения соответствующих плановых заданий посевов яровой пшеницы. Этот сельскохозяйственный спор быстро перерос в политический конфликт, и летом 1947 года стали распространяться слухи о том, что Хрущев смещен и с поста Председателя Совета министров УССР. Однако попытка Кагановича полностью устранить Хрущева оказалась неудачной, планировавшаяся расправа с «националистической» украинской интеллигенцией также не была успешной и прекратилась из-за опасения еще большего национализма. К тому же аппарат МГБ на Украине в значительной степени состоял из сторонников Хрущева, и Каганович, направленный в Киев из Москвы с министерского поста, не мог быстро создать на Украине достаточно влиятельного собственного круга доверенных лиц. Деятельности Кагановича мешало, по-видимому, и его еврейское происхождение, так как уже почти открыто поощрявшийся Сталиным после воины антисемитизм имел более традиционные корни именно на Украине, а не в центральной России. Каганович, кроме того, был крайне непопулярен на Украине с 1933 года, когда он был направлен туда и на Северный Кавказ для разгрома «национализма» и довольно безжалостно расправлялся с местной интеллигенцией. Умело используя эти тенденции, Хрущев сумел удержаться, а Каганович уже в конце 1947 года был снова отозван в Москву. После этого Хрущев вернул себе пост Первого секретаря КПУ. Вскоре на большой научной конференции украинских ученых и работников сельского хозяйства он получил полную поддержку обоснованной демонстрацией более высокой урожайности озимой пшеницы. Т. Д. Лысенко, чтобы избежать ответственности за неправильные рекомендации, опубликовал в «Правде» статью «Об агрономической теории В. Р. Вильямса», в которой отметил, что мнение Вильямса о преимуществах яровой пшеницы на Украине было ошибочным. Поскольку сам Вильямс умер еще в 1939 году, то вся ответственность легко могла быть взвалена на него.