Проект создания агрогородов был для 1951 года, несомненно, утопическим, хотя, по существу, именно радикальное перемещение средств из промышленности в сельское хозяйство могло бы спасти его от неизбежного распада. Но для подобной коренной реформы Сталин не был готов, тем более что введенная с 1947 года система подсчета урожаев не по реальному производству зерна, а по условной системе взятия проб с полей особыми инспекторами до действительной уборки зерна позволяла фальсифицировать реальную продуктивность колхозов и, завышая нормы госпоставок, создавать видимость благополучия в городах за счет быстрого разорения деревни. Маленков сразу нанес контрудар, объявив план создания агрогородов вредной и опасной экономической ошибкой. Сталин и Берия поддержали Маленкова, и план агрогородов был предан забвению. Однако в Политбюро произошла перестановка – Маленков стал отвечать за сельское хозяйство. Но полостью удалить Хрущева из состава Политбюро Маленков все же не смог. Как секретарь ЦК Маленков распространил по партийным организациям «закрытое» письмо ЦК с резкой критикой идеи агрогородов, а на XIX съезде КПСС в 1952 году, выступая с Отчетным докладом ЦК КПСС, Маленков вновь критиковал идею колхозных «городов».
Хрущев, несомненно, реабилитировал себя и уменьшил реальный авторитет Маленкова. Но для смещения Маленкова с поста Председателя Совета министров СССР этой дискредитации противника в области только сельскохозяйственной политики было недостаточно.
Теоретически, устранение Маленкова вовсе не было необходимым для страны, так как он был не хуже любого другого из членов Президиума ЦК по своим деловым качествам, и, обладая независимостью, мог бы быть хорошим сдерживающим фактором для слишком нетерпеливого Хрущева. Единовластие, стремящееся к авторитарности, всегда рискованно, особенно в стране, не имеющей никаких демократических традиций. Но, опять-таки из-за отсутствия демократических традиций, недоверие между двумя лидерами вело к неизбежному конфликту и удалению одного из них, так как не конституционные гарантии, а только укрепление ключевых постов лично преданными, лояльными людьми было условием стабильности.
После ареста Берии и достаточно обстоятельного расследования его преступлений, проводившихся под руководством назначенного по рекомендации Хрущева на пост Генерального прокурора СССР Романа Руденко (ранее работавшего с Хрущевым на Украине), неизбежно в 1954 году должен был начаться пересмотр так называемого «Ленинградского дела» – самой недавней (1949–1951 года) обширной акции сталинского террора среди руководящей элиты партии и государства. Это «дело» было инкриминировано Берии в качестве одного из наиболее серьезных его преступлений. Но практическую реализацию «Ленинградского дела» проводили Берия и Маленков с участием министра МГБ В. Абакумова.
После смерти Сталина Берия быстро и неожиданно объявил о реабилитации «группы врачей», а также о реабилитации менее известной группы арестованных в 1952 году руководителей Грузии («мингрельское дело»), не только потому, что ему хотелось приобрести личную популярность и показать себя сторонником законности. Неожиданное милосердие Берии можно объяснить более простыми соображениями. Оба дела были созданы в 1952 году независимо от МГБ непосредственно по инициативе Сталина, который в результате обвинил руководство МГБ в потере бдительности, сместил и арестовал министра МГБ Абакумова, назначив на этот пост С. Игнатьева, который не был в прямой зависимости от Берии, как раньше Абакумов. Арестованные в Грузии руководители (секретарь ЦК Грузии, министр МГБ Грузии и другие) все были близкими друзьями и выдвиженцами Берии, и Сталин лично взял следствие по «грузинскому делу» и по «делу врачей» под свой контроль, инструктируя Игнатьева и о методах следствия и о применении пыток. В этот период он практически отстранил Берию от управления карательной машиной, и Берия (так же как и Молотов и Ворошилов) потерял доверие диктатора и уже предвидел свой скорый конец. Логика длительного политического террора такова, что его главных исполнителей приходится периодически менять, и Сталин последовательно следовал этому правилу. Поэтому-то после смерти Сталина Берия быстро реабилитировал всех по «делу врачей» и по «мингрельскому делу» в Грузии и немедленно удалил с руководящих постов тех работников МГБ, включая Игнатьева, которые вели эти дела. Но он, конечно, совсем не намеревался и далее развивать политику реабилитации, так как последней наиболее крупной террористической акцией перед «делом врачей» была операция, получившая название «Ленинградского дела» (хотя она далеко не ограничивалась Ленинградом), организованная именно Берией и Маленковым.