В феврале 2006 года 94-летний Байбаков выступил на «круглом столе» в Совете Федерации с анализом современного состояния нефтяной отрасли России и посетовал, что «33 тысячи нефтяных скважин списаны как нерентабельные, хотя в них остаются солидные запасы нефти». Его выступление встретили аплодисментами. Никаких решений, однако же, принято не было.
Председатель Госплана СССР (1965–1985), до этого нарком и министр нефтяной промышленности СССР Н. К. Байбаков (слева) на заседании расширенной коллегии Министерства экономического развития и торговли РФ 29 марта 2005 [РИА Новости]
Ему было 96, когда он сломал ногу. «Как он мужественно боролся с болезнью! — вспоминал его сын Сергей. — В то время надо было видеть его глаза. Напряжение мышц до тряски и холодный пот с лица. Но поднялся! Вот что значит сила воли!»
Владимир Коссов рассказывает: «Он хотел дожить до ста лет. Я от него не раз слышал, что у него бабушка дожила до ста шести лет. После его ухода на пенсию мы иногда виделись, и он все время говорил: “Я хочу дожить до ста лет”».
Тридцать первого марта 2008 года Байбаков умер от пневмонии, три года не дожив до желанного рубежа. Похоронили его на Новодевичьем кладбище.
Он начал воплощаться «в пароходы, в строчки и в другие долгие дела» еще при жизни.
В 1995 году со стапелей завода «Красное Сормово» сошел теплоход «Николай Байбаков».
В 1997 году по инициативе Международной топливно-энергетической ассоциации и группы энергетиков был создан Межрегиональный общественный фонд содействия устойчивому развитию нефтегазового комплекса им. Н. К. Байбакова.
Дальше было посмертное увековечение.
В марте 2011 года самолету Ту-154М (бортовой регистрационный номер RA-85056) авиакомпании «Ютэйр» было присвоено имя «Николай Байбаков». Далее оно перешло к самолету Boeing 737–800 (бортовой регистрационный номер VQ-BJG) той же компании.
В 2012 году на Аллее героев в городском парке Альметьевска (Татария) установили бюст Н. К. Байбакова.
В 2013 году ОАО «Сургутнефтегаз» ввело в эксплуатацию месторождение им. Н. К. Байбакова.
В 2017 году в школе № 67 Сабунчинского района Баку установили бюст Н. К. Байбакова, а самой школе присвоили его имя.
Им. Н. К. Байбакова названа также улица в Краснодаре.
В истории страны Байбаков остался не как многолетний председатель Госплана и даже не как политический долгожитель. Настоящее имя ему — отец нефтегазового комплекса. Именно Байбакову сегодняшняя Россия обязана своим сырьевым благоденствием и — одновременно — сырьевым проклятием. «Второе Баку», Самотлор, Уренгой, Сургут, Ромашкинское… Эти топливные форпосты закладывались Байбаковым. Только они и продлили жизнь советскому режиму. Только на них и держится нынешний режим.
Развитие геологоразведочных работ, бурение глубоких скважин, внедрение различных конструкций забойных двигателей, кустовое разбуривание месторождений, финансирование НИОКР — это была его стихия, его призвание, его главное дело жизни. Узкий специалист в своей отрасли, типичный представитель советской технократической номенклатуры, Байбаков даже во главе Госплана не смотрелся как политическая фигура, любой секретарь ЦК, даже не член Политбюро, выглядел весомее.
Был ли он сталинистом? Несомненно. Сам не стеснялся в этом признаваться: «Я до сих пор не скрываю того, что был в числе тех, кто учился у Сталина, считая, что его ясный и решительный стиль должен быть присущ руководителям любого ранга. Где бы я ни работал при Сталине и после него, я, следуя его примеру, всегда в меру своих сил старался внимательно выслушать каждого, с кем работал, искать истину в сопоставлении различных мнений, добиваться искренности и прямоты каждого личного мнения».
По воспоминаниям людей, с ним когда-то работавших, Байбаков именно так, по-сталински, требовал от подчиненных безукоризненной исполнительской дисциплины, заставлял их работать без сна и отдыха, не терпел вранья, призывал докладывать полную правду о положении дел, чтобы потом самому принять решение. На многих своих фотографиях он выглядит добродушным, умиротворенным, благостным. Это обманчивое впечатление. Он был матерым номенклатурным волком. Его аппаратная выучка по степени отточенности могла соперничать только с его же аппаратным чутьем. Он был предельно осторожен в высказываниях, его мемуары — образец суровой самоцензуры. Но его воспитанная годами службы оглядчивость иногда «брала отпуск». Например, позволяла прекословить Хрущеву. Потому что с Хрущевым подобное позволялось. Да, могло стоить должности (что, как мы знаем, с Байбаковым и произошло), но все-таки не угрожало свободе и жизни. Когда же опять подморозило, к Байбакову вернулась необходимая выдержка, и Брежневу он уже старался не возражать, по крайней мере по принципиальным для генсека вопросам.