Став на колени перед гробом, я прочёл тропарь Святителя: "Правило веры и образ кротости" и молился о его ходатайстве за Императора, тезоименитого ему, Царицу и весь его Августейший Дом и за всех моих близких, особенно за носящих имя Святителя; потом осмотрел внимательнее церковь и, признаюсь, грустно было то, что видел: аналой стоял перед гробом, и на нём лежала икона Святителя, но не древняя, и древней я не нашёл ни одной; и тут же висело серебряное кадило, единственная ценная вещь всей церкви; всё будто было готово для молебна, но некому было служить. Иконостас кое-как складен из досок, и в нём - три греческие иконы: Спасителя, Божьей Матери и Святителя, не совсем дурно написанные, но уже новейшие; недостаток других заменили несколько русских печатных образов, какие продаются у Спасской башни Кремля; видно, что небогатый поклонник, уклонившийся от Палестинского пути, занёс их сюда. В алтаре всё обнажено; несколько малых икон лежало на каменном престоле, прислонённом к стенке, где совершается ежедневная литургия, когда бывает игумен. Митрополит же Писидийский, пребывающий большей частью на острове Кастел-Россо, служит только однажды в год, в день Божьего Угодника, и тогда бывает большое стечение народа, с окрестных мест, и даже ярмарка в пустынной Мире...
Когда я поклонился ещё раз гробу Святителя и вышел из его церкви, молодой послушник или служитель, Антоний, сказал мне: "Что бы вы ни дали для этой церкви, ближе будет нашему сердцу, если восстановите нам соборную церковь святого Сиона, и не уже ли вы, русские, этого не сделаете?" Тогда он провёл меня к развалинам этого нового Сиона, прилегающим с северной стороны к гробовой церкви, и, пройдя под низкими сводами бокового придела, взошли мы во внутренность храма, достойного Святителя. Ещё сохранилась вся нижняя его часть до мраморного карниза, идущего вокруг всего здания и изваянного цветами; но помост засыпан землёй, и из неё выходят до половины три белые мраморные колонны, ещё стоящие, обозначавшие иконостас, вероятно открытый, как у Софии Царьграда; четвёртая колонна лежит тут же на своём месте, и другие четыре малые столба стоят на месте трапезы, как бы ожидая только мраморной плиты для совершения богослужения, прерванного уже столько веков. Ещё цело и всё полукружие горнего места, вероятно, с сопрестолием и кафедрой, засыпанными землёй, и даже полукупол над этой частью алтаря сохранился, но не устоит при обновлении, и только нижняя часть до карниза может оставаться в прежнем виде. Катихумены с северной стороны, или верхняя часть хор, также сохранились отчасти, и тут устроен престол во имя святого Георгия, а под ними была церковь святых апостолов; собор же, как и все так называемые Сионы в Грузии, праздновал Успение Божьей Матери, потому что к этому дню соединился собор всех апостолов на Иерусалимском Сионе. Но нижняя часть верхних катихуменов и западная обрушились, и, когда изнутри церкви я посмотрел кверху, увидел, что весь карниз кругом унизан народом: турки и греки, женщины и дети, все собрались и смотрели на посетителей, как бы в чаянии чего-либо необычайного. Да исполнится это чаяние верных и неверных, ибо и они уважают память Святителя, хотя и теснят его достояние..."
Возвратившись домой, А. Н. Муравьёв употребил все возможные старания, чтобы содействовать возобновлению разрушенного святилища. По Высочайшему соизволению из Синода ему была выдана книга для сбора добровольных пожертвований; через посредство нашей миссии в Константинополе получен был султанский фирман на обновление храма.
Самым деятельным соратником Муравьёва в этом деле был русский вице-консул в Родосе господин Дуччи; ему удобнее всего было поручить заведование работами и расходование денег; но это встретило сопротивление со стороны местного духовенства. Митрополит Писидийский требовал, чтобы все собранные деньги были выдаваемы ему; патриарх Константинопольский также не хотел, чтобы работами заведовал иноверец.
Однако наша миссия устроила дело таким образом, что господину Дуччи был предоставлен негласный надзор и отчёт в деньгах, а для местного надзора за работами избраны были старейшины из жителей острова Кастель-Россо. Едва успели отделать внутренность новой церкви, где находится гроб Святителя, и заказать для него мраморные украшения по древнему образцу, как вспыхнула Восточная война, и работы остановились. Только в 1858 году был опять испрошен фирман султана и выдана новая книга для сбора пожертвований, а господин Дуччи приступил к выбору старейшин и заготовке материала. В Родос из Палестины приехал французский архитектор и археолог Зальцман. Дуччи пригласил его осмотреть развалины Мирского храма: это спасло их от окончательного разрушения. Не имея руководителя, выборные старейшины, вместо того, чтобы откопать церковь, хотели разрушить её и из обломков выстроить новую. Хотя было уже истрачено до тысячи рублей на эту работу, но Зальцман решился остановить её, и остался на шесть недель в Мирах для надзора за открытием базилики. Оказалось, что базилика представляет превосходный образец церковного зодчества четвёртого столетия. Зальцман снял копии фресок и мозаик, открытых им в развалинах, и составил проект реставрации здания.
Первоначально работы велись под управлением старшин из Кастель-Россо и под надзором каменных дел мастера Варнава; они состояли в сооружении небольшой церкви над стенами древнего здания, покрытого землёй на 4 сажени глубины. Для фундамента сделана выемка в главном нефе, сломаны стены и своды и выведены столбы и арки до горизонта земли, для поддержания полов новой церкви.
Работа разрушения была тяжела и медленна, потому что древняя кладка, составленная попеременно из рядов тёсаного камня и кирпича, связанных сильным цементом, называемым туземцами коросан, чрезвычайно окрепла, и нужно было употреблять пороховые взрывы для уничтожения драгоценных остатков, пощажённых до сих пор и людьми и временем.
Понятно впечатление, произведённое этими работами на художника - археолога Зальцмана, в короткое время заметившего и оценившего всё историческое и художественное значение разрушаемого здания, чтобы на месте его поставить произведение фантазии местного архитектора. По согласованию с Дуччи, Зальцман остановил работы и занялся раскопкой развалин. Мысль о постройке новой церкви из обломков старого здания была оставлена, и принято решение возобновить базилику святого Николая в первоначальном виде. Управление работами принял на себя Зальцман. Сначала он предполагал откопать всё древнее строение, чтобы начать работы сообразно с его расположением и формой; но необходимость скорее открыть церковь для богослужения и многочисленных богомольцев заставила изменить первое предположение: решено было отрыть главный неф, две боковые галлереи с притворами и возобновить их.
В 1859 году была приобретена от турок земля, прилегающая к строению, без чего некуда было свозить вырываемую землю. Эта местность имеет вид неправильного четырёхугольника, частью занятого зданиями и садом, принадлежащими турецкому аге, с которым Зальцман предвидит возможность окончить дело миролюбиво и таким образом приобрести всё пространство в пределах древней церкви.