Из Александрии «Пересвет» взял курс на Каир, а затем вновь отправился к берегам Греции, к острову Санторино. Из гигантских кратеров вырывался уже не белый пар, а черный дым с примесью серого пепла и далеко по округе разносился подземный гул, словно сама преисподняя отверзлась, грозя поглотить всё живое. Ночью Гумилёв наблюдал, как большой сноп пламени вырвался из кратера и ушел в черный провал неба.
Следующие места стоянки фрегата — Сир, Пирей, Корфу, куда «Пересвет» прибыл с чрезвычайным посланником и полномочным российским министром в Греции Новиковым на борту. Король Греции Георг I оказал капитану русского фрегата высокую честь, в числе прочих русских пригласив его к себе на обед. Пока капитан обедал в обществе родственников российского Императора, на борту фрегата случилось несчастье. При спуске флагов матрос Андрей Терентьев, находившийся на фор-брам-рее, потеряв равновесие из-за лопнувшего брам-топенанта, упал в море, при этом сильно ударившись головой. Моряк неизбежно утонул бы, если бы не отчаянная смелость матроса 2-й статьи Константина Микрюкова, который, не раздумывая, прыгнул в воду и спас раненого. Лекарь Гумилёв оказал действенную медицинскую помощь пострадавшему. На этом неприятный инцидент закончился, а смелый поступок Микрюкова, естественно, не был обойден вниманием начальства — его представили к награде.
Наконец 16 августа капитан получил долгожданный приказ о возвращении домой, и «Пересвет» вышел из Вилла-Франки в Кронштадт, так как на смену ему в Средиземное море был направлен фрегат «Генерал-адмирал» под командованием капитана 1-го ранга Бутакова. 26 сентября «Пересвет» вышел из Шербурга и 12 октября 1866 года благополучно стал на якорь в родном Кронштадте.
Это был единственный в жизни морского врача Степана Яковлевича Гумилёва столь длинный и интересный поход, о котором он частенько вспоминал в кругу семьи.
Анночка так обрадовалась возвращению мужа, что поначалу даже не могла говорить, а только плакала. И вскоре жизнь вошла в обычную колею.
29 июня 1869 года в семействе Гумилёвых случилось долгожданное событие — родилась дочь. В то время отец находился в море, но, как было условлено, девочку назвали Александрой в честь старшего брата Степана Яковлевича, у которого он жил, когда учился в Рязанской семинарии.
Безмерная радость была омрачена плохим здоровьем Ан-ночки, которая вновь начала кашлять. Вернувшись домой, Степан Яковлевич нашел для ребенка кормилицу, «здоровенную бабу, староверку», которая, как писала позднее сама Александра Степановна, «1,5 года вливала в ребенка свое несокрушимое здоровье». Счастливый отец опасался, что, если жена сама будет кормить девочку, ей может передаться от матери туберкулез.
Для поправки здоровья жены требовался отпуск, но обстоятельства складывались так, что Степан Яковлевич никак не мог столь необходимого отпуска получить. В том же году ему довелось побывать в Саратовской губернии, где он участвовал в комиссии, набиравшей рекрутов. Местные врачи посоветовали ему полечить жену кумысом.
Наконец, освоившись в новом (2-м) флотском экипаже, куда Степан Яковлевич был переведен в апреле 1870 года и где столь хорошо себя зарекомендовал, что получил в первый день нового, 1871 года за безупречную службу орден Святого Станислава III степени, он рискнул написать соответствующее прошение и летом того же года получил трехмесячный отпуск с сохранением содержания.
Вместе с женой и маленькой Шурочкой Гумилёв отправился в Москву, где жили отец Анночки и три ее престарелые тетушки. На семейном совете было решено оставить Шурочку на попечение бабушек, которые очень этому обрадовались, и Степан Яковлевич увез жену в калмыцкие степи. Денег на лечение любимой жены морской врач не жалел, и после сырого и туманного Кронштадта она быстро начала поправляться.
Но отпуск кончился, и Анночку снова ждал опостылевший Кронштадт, а Гумилёва — хлопотная служба. Потянулись тоскливые дни ожиданий и болезни, которая не только не отступилась от этой хрупкой женщины, но забрала у нее последние силы. Анночка угасла, как свеча. Степан Яковлевич тяжело переживал утрату. Исполняя последнюю волю жены, он отвез ее в свинцовом гробу в Москву. Забрать дочь у бабушек Гумилёв не мог, так как уже в мае ушел на все лето в море на двухбашенной лодке «Чародейка».
Образовавшуюся пустоту Степан Яковлевич заполнял работой. Он и раньше часто захаживал в Общество морских врачей, теперь же научной работе посвящал весь свой досуг. Его труды пользовались уважением коллег. Так, вместе с врачами Соколовым и Новиковым Гумилёв подготовил доклад «О способах определения телосложения в применении к рекрутскому набору». Одно из своих выступлений он посвятил случаям поражения оспой больного со вторичными признаками сифилиса, где опроверг бытовавшее тогда мнение, что прививками оспы можно лечить сифилис. В 1872 году Степан Яковлевич вновь посвятил свое выступление рекрутским наборам.