До наступления штормов между Владивостоком и Эдзо, переименованным в Дальний, сновали транспорты, стараясь максимально укрепить обороноспособность острова. И действительно, в апреле 1859 года у берегов Дальнего появилась небольшая эскадра из четырех вымпелов. Но на рожон британцы не лезли и покрейсировав неподалеку от Синявина, удалились восвояси.
Перед отбытием в Приморье Истомин имел продолжительную беседу с императором по поводу задач, которые ставились перед создаваемым флотом. Захват Эдзо и создание на нем военно-морской базы, были лишь первым шагом для закрепления России на Тихом океане. Ведь по другую сторону океана находилась Русская Америка. И для успешной ее колонизации и развития торговли требовалось обезопасить морские коммуникации. Для чего, в свою очередь требовалось овладеть Сандвичевыми и иными более мелкими островами в Северной части Тихого океана, дабы создать мостик между азиатской и американской частями империи. Вдобавок, растущее влияние империи в Японии и Северном Китае предъявляли немыслимые ранее требования к новорожденному флоту. Вместо охраны берегов и плаванья в закрытых акваториях Балтийского и Черного морей, пришел черед охраны коммуникаций в открытом океане. Совсем другие расстояния. Флот должен был проводить гораздо большее времени в море, вдали от родных берегов, что значительно повышало требования к выучке личного состава. На это наложились изменения технологического характера. На смену парусам пришел паровой двигатель, а на смену дульнозарядной артиллерии, казнозарядные нарезные орудия огромной разрушительной силы. Все эти изменения требовалось осмыслить и создать реальную боевую силу с чистого листа. От сложности задач и от перспектив захватывало дух. Уехал Владимир Иванович окрыленный. Для империи наступали новые времена, и он, молодой адмирал, находился на острие этих перемен.
Прибыв на место службы, новый командующий развил кипучую деятельность по организации флота. Сначала пришлось довольствоваться дюжиной старых посудин пригнанных сюда с Балтийского флота, а потом, по мере спуска на воду новых судов, эти старички превратились в мишени, на которых отрабатывали свое мастерство канониры. Ахиллесовой пятой оставалось отсутствие нормальных коммуникаций с империей. Несмотря на все усилия, железная дорога дошла до Владивостока лишь к концу 1860 года, что наконец позволило расширить производственные мощности судостроительного завода. Заодно появилась и иная напасть - переселенцы. До сих пор поток переселенцев с Русскую Америку шел через Атлантический океан и Мексику, но теперь дальневосточный путь оказался быстрее. И хотя переселенцами занималось специальное ведомство и гражданская власть в лице губернатора, тем не менее их еще надобно было перевезти через океан. Поначалу транспортов не хватало и некоторые бедолаги несколько месяцев дожидались попутного корабля. Доки оказались загружены пассажирскими судами требовавших ремонта, что тормозило военные заказы. Новые мощности строились, но когда еще они вступят в строй. Как прикажете в такой обстановке строить нормальную боевую силу? Правда господин Краббе обещал переслать на Дальний Восток два новых броненосца, строящихся в Николаеве, но они ожидались лишь через полтора года.
Еще до притока переселенцев флоту пришлось изрядно попотеть, переправляя японцев с захваченного Эдзо на Хонсю, а так же следить за тем, чтобы японские рыбаки по привычке не заходили в территориальные воды России. После подписания Парижских соглашений и и признания Дальнего за империей, пришло время дипломатии. До сих пор контакты между Россией и Японией были единичными и никакого официального договора о границах не существовало. Адмирал лично отправился в Эдо во главе эскадры из трех броненосцев с предложением заключить договор о разграничении территорий между Российской империей и Японией. Но проведя на рейде три недели он вынужден был вернуться ни с чем. Сегун, опасавшийся англичан и американцев, полностью находясь под их влиянием, отказался обсуждать какой-либо договор и требовал возврата северного острова. Несмотря на признание Дальнего за Россией и разграничения сфер влияния на Хонсю, англичане не преминули насолить, надавив на Токугаву*.