Закаливание тела вполне сочеталось с «укреплением духа». Религиозному образованию наследника уделялось большое внимание, ведь будущий царь считался помазанником Божьим и Верховным Ктитором православной церкви. К тому времени духовник царской семьи протопресвитер В. Б. Бажанов был уже глубоким старцем и на роль преподавателя Закона Божьего не подходил (в любом случае, его кандидатуру всерьез никто не рассматривал). Родители Николая Александровича хотели видеть законоучителем протоиерея Малой церкви Зимнего дворца Иоанна Васильевича Рождественского, известного в столице проповедника и присутствующего члена Святейшего синода. Он хорошо знал офицерскую среду (что было безусловным плюсом в глазах царской семьи), состоял главным наблюдателем за преподаванием Закона Божьего в военно-учебных заведениях. Он пользовался уважением в придворном мире и, очевидно, готовился заменить престарелого протопресвитера В. Б. Бажанова.
Но жизнь распорядилась иначе: ссылаясь на болезнь и упадок сил, протоиерей Рождественский отказался быть учителем молодого великого князя и вскоре после воцарения Александра III скончался. По словам графа С. Д. Шереметева, это открыло путь другому священнику — «двуликому Янусу» Иоанну Леонтьевичу Янышеву. Сегодня трудно сказать, почему граф называл отца Иоанна двуликим, но известно, что в близких ко двору кругах его не считали «горячим проповедником» — позднее, когда летом 1894 года он занимался с принцессой Alix — будущей императрицей Александрой Федоровной, современники указывали, что протопресвитер «холодный богослов, влиять на душу он не может».
Но как бы то ни было, именно он с 1883 года стал духовником Их Императорских Величеств и преподавателем цесаревича. Он читал курс канонического права в связи с историей Церкви, знакомил своего высокородного ученика с главными отделами богословия и историей религии. В царской семье его давно и хорошо знали: именно отец И. Л. Янышев, начинавший свое служение православным священником в Висбадене, затем преподававший богословие и философию в столичной Духовной академии и состоявший священником русской миссии в Берлине и (снова) в Висбадене, в 1864 году преподавал Закон Божий принцессе Дагмаре — в 1866-м ставшей супругой великого князя Александра Александровича. С 1866 по 1883 год отец И. Л. Янышев был ректором Духовной академии в Санкт-Петербурге, специализируясь на изучении нравственного богословия. Упоминания о нем можно встретить уже в первых дневниковых тетрадях наследника: к примеру, в ноябре 1882 года великий князь писал о приезде «батюшки Янышева» — в первый раз после ушиба («его вывалило из саней, причем он сильно ударился левым плечом оземь»). Протопресвитер И. Л. Янышев оставался царским духовником вплоть до кончины, последовавшей в шестнадцатый год правления Николая II. Объяснять это только привязанностью, видимо, не вполне правильно: отца Иоанна ценили не за «холодный» ум или «дипломатические способности», он понимал психологию среды, с которой его свела жизнь, и был деликатным пастырем (тем более что скандалы случались и в ведомстве придворного протопресвитера).
Помимо протопресвитера И. Л. Янышева, среди учителей цесаревича, не имевших военных чинов, были: профессор Николай Николаевич Бекетов, читавший химию; профессор Николай Христианович Бунге, преподававший статистику, политическую экономию и финансовое право; специалист по международному праву профессор Михаил Николаевич Капустин; профессор Егор Егорович Замысловский, специализировавшийся на изучении политической истории; и профессор Константин Петрович Победоносцев, учитель покойного цесаревича Николая Александровича и императора Александра III, читавший курс законоведения, государственное, гражданское и уголовное право. Личность Победоносцева нужно выделить особо — он был не только учителем-юристом, но и идеологом, оказавшим серьезное влияние на идейное формирование Николая II. Это — отдельная тема, требующая специального подхода и связанная с вопросом о сущности самодержавия и принципах монархической государственности в России. Поэтому в данном случае правильнее будет сначала рассказать о других учителях цесаревича, не решавших явно выраженных идеологических задач.
Начнем с H. H. Бекетова, в 1886 году избранного ординарным академиком Петербургской академии наук, а до того в течение 32 лет прослужившего профессором химии в Харьковском университете. С 1887 по 1889 год он читал химию наследнику. Чем был обусловлен выбор в качестве преподавателя для великого князя именно его — сказать трудно, но, быть может, стоит обратить внимание на то, что коллеги называли его «химиком-философом», во всех своих работах стремившимся к решению вопроса о причине, источнике химического «сродства», то есть умевшим обобщать полученные экспериментально данные. К слову сказать, наука в России обязана ему появлением первых термохимических лабораторий.