По благословению патриарха Алексия II прошла панихида, которую возглавил настоятель собора Петра и Павла протоиерей Борис Глебов. Во время ее совершения клирики молились «О упокоении душ усопших рабов Божиих: всех в годину лютых гонений за веру Христову умученных и убиенных, их же имена, Господи, Ты Сам веси». На церемонию прибыли около тридцати потомков дома Романовых — из США, Канады, Великобритании, Италии, Швейцарии, Дании, Австралии, Франции и Уругвая. Президент России Б. Н. Ельцин выступил с кратким словом, в котором оценил перезахоронение «невинно убиенных» как «символ единения народа, искупление общей вины». Траурное событие было явно государственного масштаба. О том, что хоронят именно Николая II и его близких, говорили практически все теле- и радиокомментаторы России и мира. Занимавший в то время пост губернатора города В. А. Яковлев за неделю до похорон выступил со специальным обращением к жителям Северной столицы, призвав всех сохранять национальную память. «Пусть наши грехи и ошибки останутся в прошлом, — говорил В. А. Яковлев. — А ныне воздадим последний долг усопшим и даруем долгожданное успокоение их останкам».
Как могло, Российское государство постаралось этот долг отдать: «екатеринбургские останки» нашли свое вечное упокоение в Екатерининском приделе собора Петра и Павла. «Акт, который совершался через 80 лет после расстрела царской семьи, не является актом простых похорон. Это акт покаяния, в каком-то смысле символический», — писал в те дни журналист «Аргументов и фактов», убежденный в том, что отказ Церкви признать подлинность «екатеринбургских останков» является огромной ошибкой: «Наши попы вдруг опустились до уровня простого, простейшего материализма. Это второе поражение Церкви в нашей истории после разоблачения ее связей со спецслужбами». Такое резкое замечание, по большому счету, не столько клеймило «попов», сколько дезавуировало заявление о покаянии, ведь верующие, и признающие и не признающие «екатеринбургские останки», были частью нового, постсоветского общества. И все-таки, думается, журналист не ошибался, когда заявлял, что после 17 июля 1998 года «коммунизм наконец перестал быть страшен. Его пригвоздили к позорному столбу…».
Преодоление страха, однако, не принесло в российское общество примирения. В статье «Нераскаявшаяся Россия», опубликованной «Санкт-Петербургскими ведомостями» 25 июля 1998 года, петербургский историк В. В. Калашников, разделяющий социалистические убеждения, заявил, что национальное примирение не достигается путем лукавства. «Примирение, построенное на обмане, — заявил он, — всегда оборачивается еще большей непримиримостью». В. В. Калашников был не одинок в своем восприятии похорон последнего самодержца как политической акции правительства Б. Н. Ельцина. Недоверие к первому президенту России, в 1977 году беспрекословно (что удивлять, конечно, не может) исполнившему решение Политбюро ЦК КПСС о сносе дома Ипатьева, испытывали не только «левые» критики тогдашнего российского «режима», в лучшем случае безразлично относившиеся к памяти последнего самодержца, но и «правые» — православные монархисты, люто ненавидевшие российских «демократов» и безосновательно подозревавшие их в фальсификации экспертизы «екатеринбургских останков». Их «принципиальность», скорее, психологического свойства, ибо поверить в то, что Николай II нашел упокоение в Петербурге, значит, признать останки «честными мощами», возвращенными православным «неправославной» властью. Психологически это тяжело и священноначалию, хотя вопрос о принадлежности «екатеринбургских останков» царской семье — после обнаружения в августе 2007 года останков цесаревича Алексея и великой княжны Марии, — несомненно, актуализировался. Но привело ли это к исчезновению оснований «для смущения и противостояния» в обществе? Очевидно, не привело.