Ловкий маневр Столыпина, таким образом, не удался. Правда, он сумел поддержать союз между правительством и правооктябристами, справедливо считавшими Государственный совет, который они с самого начала осуждали, возможным противовесом Думе. Однако, парализовав действия либералов, в частности благодаря аграрной реформе, Столыпин своей политикой вызвал полевение оппозиции: произошло сближение некоторых октябристов с кадетами и наиболее радикальных членов партии кадетов с наиболее умеренными социалистами, в то время как левое крыло социалистов стало еще радикальнее.
Это общее движение в сторону полевения, хорошо проанализированное в книге А. Авреха «Столыпин и Третья Дума», было ответом на растущее недовольство части деревень, в которых крестьяне противились преобразованию своих общин, вынуждающему их покидать свои деревни. Правда, в деревнях после 1907 года царило относительное спокойствие, еще более утвердившееся после 1911 года. Однако там произошло еще большее социальное расслоение, и в 1917 году неблагоприятные результаты реформ Столыпина проявились с особой остротой.
Политические настроения Николая II вновь проявились во время конфликта по поводу бюджета морского флота в 1909 году и во время конституционного кризиса 1911 года.
В первом случае Дума после длительных дебатов представила правительству законопроект о назначении и продвижении по службе членов Генерального штаба. Он был направлен против существовавшего порядка назначения на посты членов царской семьи.
Николай II ответил Столыпину следующим письмом:
«Петр Аркадьевич.
После моего последнего разговора с вами я постоянно думал о вопросе о штатах мор. ген. штаба.
Ныне, взвесив все, я решил окончательно представленный мне законопроект не утверждать.
Потребный расход на штаты отнести на 10 млн. кредит.
О доверии или недоверии речи быть не может.
Такова моя воля.
Помните, что мы живем в России, а не за границей или в Финляндии (сенат), и поэтому я не допускаю и мысли о чьей-либо отставке. Конечно, и в Петербурге, и в Москве об этом будут говорить, но истерические крики скоро улягутся…
Предупреждаю, что я категорически отвергаю вперед вашу или кого-либо другого просьбу об увольнении от должности.
Уважающий вас Николай».
(25 апреля 1909 г.)
Во время конституционного кризиса весной 1911 года Николай снова воспротивился предложениям Столыпина. Вновь встал вопрос о создании национальных курий в западном земстве девяти польских губерний, которые Столыпин хорошо знал, так как занимал там различные должности. Его проект встретил оппозицию справа в Государственном совете: говорили, что он способствует введению слишком большого числа польских дворян в его состав. Новый «передел» позволил сократить количество этих поляков, кстати, поддерживавших режим, увеличить число представителей церкви среди избираемых, а евреев, наоборот, лишить участия в выборах. В Думе проект встретил одобрение, так как его представили как благоприятствующий русским служащим и белорусским крестьянам в их взаимоотношениях с польскими землевладельцами или еврейскими торговцами. Государственный совет возразил против него на том основании, что исключенные таким образом верноподданные поляки перейдут в оппозицию. Выдвигая свои аргументы, и те и другие хитрили, так как в действительности Государственный совет выступал в поддержку не поляков как таковых, а дворян, правительство же хотело предоставить льготы крестьянам в целом, не ограничиваясь белорусскими крестьянами.
Столыпин заявил Николаю II, что если он не применит статью 87 основных законов, чтобы воспрепятствовать противодействию Государственного совета, то он выйдет в отставку.