Потом будут написаны тома различных сочинений, где на все лады станут спрягать тему: почему так сложилось, что царя и его близких перевезли из Тобольска в Екатеринбург, собирался ли он бежать? Будут утверждать разное. Однако теперь, в конце XX века, можно констатировать со всей определенностью, что, во-первых, перевод семьи в Екатеринбург диктовался намерением новых властителей ужесточить режим и подготовиться к ликвидации последнего царя и его близких. В Екатеринбурге в то время власть московского руководства была надежной, а местные «товарищи» целиком преданы руководству большевистской партии. В то же время в Тюмени, Тобольске и Омске революционные лидеры позволяли себе «своевольничать». Кроме того, кругом была крестьянская масса, не принимавшая пролетарские символы веры. Во-вторых, никакой реальной возможности бежать у Романовых не было. Считать, как это делают некоторые зарубежные авторы, что царь и его близкие могли укрыться каким-то образом в безопасном месте, по крайней мере наивно. Общая ситуация в России вообще, в Сибири и на Урале в частности, была такова, что никакой надежды на подобный исход не существовало. По той же причине бесчисленные умилительные истории о чудесном спасении различных членов царской семьи нельзя ни в коем случае считать исторически достоверными.
В тот день, когда Александра Федоровна написала свое последнее письмо, в губернаторский дом явился новый красный комиссар В. В. Яковлев (Мячин), которого представил Е. С. Кобылинский. Встреча была непродолжительной, и новый начальник произвел неплохое впечатление на заключенных. Прошло два дня, и 12 (25) апреля состоялся второй визит, во время которого Николай и Александра узнали новость: завтра бывшего царя комиссар должен увезти, но куда — государственная тайна. Известие ошеломило.
Придя в себя, Александра сразу же заявила, что никуда мужа одного не пустит. Она подозревала, что ее опять хотят разлучить с Ники, чтобы принудить его сделать что-то недопустимое. Позже сказала Жильяру: «Хотят склонить его на что-нибудь дурное, внушая ему беспокойство за жизнь его близких. Царь им необходим; они хорошо чувствуют, что один он воплощает в себе Россию». После слез, рыданий и объяснений комиссар принял решение: едет Николай, Александра, дочь Мария, а также несколько сопровождающих. Остальные останутся в Тобольске и приедут на новое место, как уверял Яковлев, «недели через три».
Доктор Е. С. Боткин из беседы с комендантом узнал, что комиссар якобы готовится вывезти царя по приказу Ленина в Москву для суда над ним. Сам Кобылинский считал, что это отговорка, а на самом деле их решили отправить дальше. Он уверенно заявлял, что «никакого суда не будет, а прямо из Москвы повезут в Петроград, Финляндию, Швецию и Норвегию». Но почему решили разлучить семью? И здесь существовало объяснение: чтобы проще было преодолеть подозрительность непримиримых революционеров. Конечно, ничего похожего советская власть не планировала. Отпускать царя и его близких за границу большевики не собирались.
Вместе с царем и царицей уезжали: доктор Боткин, князь Долгоруков, камердинер Чемодуров, прислуга императрицы Демидова. Последнюю ночь в Тобольске Николай Александрович и Александра Федоровна не смыкали глаз и молча провели эти томительные часы у постели сына. 13 (26) апреля в 4 утра начали прощаться. Все рыдали, а с сыном случилась истерика. Мать даже в какой-то момент решила остаться, но Ольга и Татьяна ее уговорили ехать с отцом, обещая ухаживать за братом. Алексей не вставал с постели, и при нем следовало находиться неотлучно. Аликс особенно доверяла Татьяне и знала, что та сделает все, что нужно.
Навигация пока не начиналась, и ехать следовало на лошадях. Еще глубокой ночью к губернаторскому дому подошла вереница крестьянских подвод для заключенных и охраны. Сидений никаких не было; надо было садиться на жесткое дно «крестьянского тарантаса», и лишь в последний момент догадались положить соломы. В первой телеге разместился Николай Александрович с Яковлевым, во второй Александра Федоровна с Марией, а далее — все остальные. В первый день сделали 130 верст по проселочным дорогам, пересекли реку Иртыш. Вечером остановились на ночлег в большом сибирском селе Иевлеве, все спали в просторной крестьянской избе.