Вскоре Николай уехал к своему крестному отцу Ивану Зенькову. Там его ждала Катя – девушка, с которой они уже давно переписывались. Николай хотел жениться на ней и попросил своего отца договориться о свадьбе.
Весь следующий учебный год Кибальчич метался между желанием бросить академию и уйти в народ или остаться, чтобы помогать крестьянам как доктор.
В дальнейшем он вспоминал: «Еще будучи студентом Медико-хирургической академии, я составил себе социалистические убеждения на основании чтения нецензурных и некоторых цензурных сочинений; это было в то время, когда в Петербург начали проникать из-за границы социально-революционные издания журнала „Вперед“, статьи Бакунина и другие. Впрочем, эти издания имели лишь значение только для выработки моих убеждений в социалистическом отношении; они возбудили у меня ряд вопросов, я должен был обратиться к легальным изданиям. Легальные сочинения дали мне факты, которые подтвердили те выводы относительно русской действительности, которые я встретил в социалистической литературе. Что же касается до моей деятельности согласно с моими убеждениями, то в это время я не выработал еще себе определенного плана. Я колебался между решением бросить академию и уйти в народ для социалистической пропаганды и желанием остаться в академии и служить делу партии впоследствии – в качестве доктора».
Но дело было не только во влиянии европейской радикальной философии. Революционер Н. А. Морозов писал: «Повальное движение того времени учащейся молодежи в народ возникло не под влиянием западного социализма… главным рычагом его была народническая поэзия Некрасова, которой все зачитывались в переходном возрасте, дающем наиболее сильные впечатления… Поэтические образы и выражения надолго выгравировываются в памяти каждого. Некрасов же был великий поэт, его образы были могучи!..»
Первый раз в студенческих беспорядках Кибальчич поучаствовал на втором курсе академии. Учащиеся сорвали лекцию нелюбимого преподавателя Циона. Тот не замедлил пожаловаться руководству академии. Студентов решили приструнить и пригрозили им репрессиями. В ответ на такие обещания на следующей лекции Циона закидали тухлыми яйцами и помидорами.
О беспорядках в академии доложили самому императору. Тот сразу же отдал приказ наказать зачинщиков и принять все меры для того, чтобы предупредить уличные беспорядки.
Арестовали семерых студентов. Их товарищи стали проводить сходки, требуя освободить задержанных. Эти собрания немедленно разгоняли жандармы.
Особое внимание к делу привлекало то, что Медико-хирургическая академия подчинялась военному ведомству. Д. И. Милютин, военный министр, напрямую курировавший академию, решил замять дело, не поднимая особого шума. В итоге все арестованные студенты были отпущены.
Шел 1875 год. Катя Зенькова, о браке с которой мечтал Николай Кибальчич, окончила епархиальное училище. Это было женское учебное заведение, выпускницы которого могли работать домашними и сельскими учительницами. Но жениться на Кате хотел не только Кибальчич, но и племянник местного викарного епископа Костя. Викарий Серапион лично побеседовал о желании своего племянника с отцом девушки. Тот не смог открыто отказаться и в ответ на предложение ответил, что пока Катя еще очень молода, но к обсуждению вопроса о браке можно вернуться через год. На самом же деле Катин отец уже дал согласие на ее брак с Николаем Кибальчичем.
Это было не единственное препятствие к браку Кати и Николая. Еще одной причиной, усложнявшей возможность обвенчаться, было то, что они являлись дальними родственниками. В таких случаях требовалось разрешение викария. Было очевидно, что викарий Серапион, к которому надлежало обратиться, не даст разрешения на брак Кати Зеньковой с кем-либо, помимо своего племянника. Отец Кибальчича вместе с отцом девушки решили, что после отказа викария и архиерея они подадут прошение в Синод. Муж сестры Николая Кибальчича был там присяжным поверенным и наверняка мог помочь получить разрешение на брак дальних родственников. Но было еще кое-что: Катин отец был крестным отцом Кибальчича, что было намного более серьезным препятствием для брака. Этот факт необходимо было скрыть.
На лето 1875 года Николай поехал на Украину, в село Жорнище, к своему дяде – священнику Наркиссу Олтаржевскому. Наркисс был дальним родственником Кибальчичей – сестра матери Николая много лет назад вышла за него замуж.