После долгого обсуждения в разных комитетах и комиссиях (так всё делалось в александровское время) наконец грянула цензурная реформа. 6 апреля 1865 года был издан указ, вступавший в действие 1 сентября, о переходе всех желающих изданий с предварительной цензуры на карательную. Традиционно и отчасти справедливо такой вид цензуры считается более прогрессивным: издатель и редактор печатают всё, что считают нужным; в случае же нарушения той или иной публикацией каких-либо законов дело решается в суде, в котором издатель может отстаивать свою правоту. Это означает практическую отмену цензуры.
В России, однако, часто бывает, что начальство, предоставляя подданным какой-то новый вид свободы, обставляет ее таким количеством ограничений и дополнительных требований и угроз, что прежняя несвобода начинает казаться потерянным раем. Так произошло и с цензурной реформой. Во-первых, несмотря на то что переход на карательную цензуру объявлялся делом добровольным, практически всем изданиям закулисно настоятельно рекомендовалось подать прошение об этом. Во-вторых, от изданий всё равно требовалось предоставлять все материалы на предварительное прочтение в управление по делам печати. В-третьих, наряду с возможным судебным преследованием и последующим штрафом или тюремным заключением, которое могло инициировать исключительно правительство, оно же имело возможность объявлять предостережение за «вредное направление» того или иного материала. Третье предостережение означало автоматическую приостановку издания на полгода или — по специальному решению — его закрытие. Отмена цензуры оборачивалась фактически двойной цензурой с двойной системой наказаний.
Перспектива такой свободы совершенно не манила, но делать было нечего. 15 сентября Некрасов и Пыпин, ставший ответственным редактором журнала, подали прошение в Главное управление по делам печати о разрешении издавать «Современник» по новым правилам. 21 сентября такое разрешение было дано. После этого, как пишут в романах, события начали развиваться стремительно. Уже 11 ноября «Современнику» было вынесено первое предостережение за «оскорбления начала брачного союза» в статье Пыпина «Новые времена», «прямое оспаривание начал собственности», «возбуждение вражды к высшим сословиям» в статье Жуковского «Записки современника» и «возбуждение общественного недоверия к закону о печати 6 апреля» в статье Антоновича «Надежды и опасения», а также в целом за вредное направление журнала. 4 декабря за «неумолкающее, настойчивое проповедование ложных идей и постоянную грубейшую клевету как на правительственные учреждения, так и на сословия и частные лица», в том числе проявившиеся в стихотворении «Железная дорога», «Современник» получил второе предостережение.
Положение журнала сделалось совершенно отчаянным. Перед началом нового года, во время подписной кампании, «Современник» оказался на грани полугодичной приостановки или закрытия, поскольку в запасе у него было только одно предостережение. Это сразу сказалось на подписке и поставило перед Некрасовым задачи, возможно, превышающие его возможности. Видимо, в сложившейся ситуации не действовали правительственные связи — никто не мог повлиять на непреклонного доктринера Валуева, почему-то настойчиво ведшего «Современник» к закрытию. С декабря 1865 года издание журнала фактически превратилось для редактора в отчаянную борьбу за выживание.
Некрасов пытался договориться с Плетневым о снижении (точнее, об отказе от предусмотренного контрактом повышения) арендной платы, становившейся непосильной. В длинном письме владельцу прав на журнал слышно отчаяние, у Некрасова очень редкое: «Петр Александрович! Прошу Вас принять во внимание следующие обстоятельства. Панаев умер, оставив долгу на своей половине «Современника» до 17 т[ысяч] р[ублей] сер[ебром]. Два сотрудника — один смертью, другой ссылкою лишены были возможности возместить своею работою значительную сумму, которую редакция выдала им вперед; для погашения этих-то долгов издавал я «Современник» в последние годы; сверх того, после Панаева остались мать, старуха 75 лет, без куска хлеба; сын 4 лет — тоже; после Чернышевского — жена и двое малолетних детей; после Добролюбова — двое малолетних братьев; всем этим лицам дается кусок хлеба, а иным и средства к воспитанию из средств «Современника», который с каждым годом приносит менее. Чтобы выдавать Вам полную ренту, я должен сжимать этих бедных людей, долг тоже почти не убывает. Неужели Вы будете меня теснить и мои вышеизложенные просьбы, вполне законные и умеренные, не получат ответа утвердительного? Уже более двенадцати лет книги «Современника» ведутся на строго коммерческом основании, не мною, а лицом, Вам известным, имеющим доверенность от меня и имевшим ее от Панаева; по этим книгам можно проследить и доказать (ибо на всякий грош, выданный из редакции и конторы, сохраняются расписки), что всё сказанное мною здесь о положении «Современника» и о моей роли в нем справедливо; я ничем лично тут не пользуюсь, а, напротив, теряю мое время и труд. Моя цель — избавить «Современник» от долга и поддержать, покуда возможно, бедных сирот, завещанных «Современнику» людьми, бывшими ему полезными. Не становитесь мне поперек дороги в этой цели. Это будет дело, недостойное Вас. Было время, «Современник» давал нам средства жить и давал Вам доход, который в сложности за пятнадцать лет составляет сумму, превосходящую 10 т[ысяч] рублей серебром. — Теперь, по крайней мере при моем участии, дело это долго идти не будет. Чтоб покрыть долг, мне нужно два или три года, и тогда я оставлю это дело, т. е. передам «Современник» Вам или кому Вы назначите. Теперь же, повторяю, не тесните меня или не вынуждайте к крайним мерам».