В целом редакторская жизнь Некрасова была хлопотной, но терпимой, и казалось, что в будущее можно смотреть не без уверенности. Как всегда в таких случаях, никто не мог предсказать надвигающуюся катастрофу. 4 апреля «в четвертом часу пополудни» студент Дмитрий Каракозов совершил покушение на Александра II, выходившего из Летнего сада после обычной ежедневной прогулки. Царь остался невредим, спасенный дворником Осипом Комиссаровым (во всяком случае, по официальной версии). Событие было ошеломляющее — из тех, что нарушают всякое равновесие из-за своего уникального, страшного и угрожающего характера. После краткого шока реакция общества и правительства развивалась в два этапа. Сначала был период «радости», сопровождавшийся ее массовыми проявлениями в виде молебнов, импровизированных оркестров, играющих на улицах «Боже, царя храни!», адресов государю и почестей его спасителю. Некрасов принимал в этом ликовании активное участие — и не факт, что неискренне. Он сочинил стихотворение «Осипу Комиссарову», подобное тем, которые в то время сочинялись и печатались во множестве, и декламировал его 9 апреля на обеде в честь Комиссарова в Санкт-Петербургском Английском клубе, принял участие в составлении и подписании «всеподданнейшего адреса» от комитета Литературного фонда. В этот момент он мог и не чувствовать особенной угрозы для себя и журнала.
После того как радость (лицемерная или искренняя) отчасти улеглась, начался второй этап — расследование. Характер, который оно должно было принять, во многом зависел от изначальной правительственной гипотезы о степени угрозы происшествия: это выходка безумца-одиночки или результат заговора той или иной степени разветвленности? Если в первом случае достаточно спокойного и нешумного расследования, то во втором, очевидно, требуются скорые и масштабные меры. Несмотря на то что всенародное ликование и радость по поводу спасения царя, казалось бы, подталкивали к первой гипотезе, Александр II под влиянием «катковской партии», выступавшей в прессе, и «муравьевской партии» при дворе и в правительстве склонился ко второй гипотезе: масштабного заговора, предположительно связанного с нигилистами, с одной стороны, и «польской интригой» — с другой. 7 апреля царь повелел создать Следственную комиссию о покушении на жизнь его императорского величества 4 апреля 1866 года, возглавить которую поручил недавно получившему графский титул М. Н. Муравьеву.
Это был страшный удар, о котором Некрасов узнал, видимо, накануне. Для журнала, уже имевшего два предостережения, наступали последние времена. Некрасов понимал, что его не могли защитить никакие связи в правительстве, поскольку само правительство временно «капитулировало» перед Муравьевым, его возможные заступники лишились силы. Граф не скрывал своей ненависти к оппозиционной прессе и в частности к «Современнику» и, что было самым опасным, не делал, в отличие от Валуева, различия между издателем и его журналом. Для него некрасовская «респектабельность» ничего не значила и ничего не оправдывала. Муравьев начал с требования удалить либерального министра народного просвещения Головнина, которого ненавидел не меньше Чернышевского или Сераковского, способствовал отставке либерального санкт-петербургского военного генерал-губернатора Суворова и готов был расправляться с правительственными либералами не менее свирепо, чем с польскими мятежниками. Теперь Некрасову нужно было бояться не только за «Современник», но и за самого себя. Муравьев начал действовать, с одной стороны, весьма энергично, с другой — хаотично. Последовали многочисленные аресты, носившие бессистемный характер; были взяты под стражу люди из близкого окружения Некрасова, в том числе Г. З. Елисеев. По свидетельству его жены, пришедший на их квартиру Некрасов едва сам не подвергся аресту. Панику усиливала неопределенность полномочий комиссии; было ощущение, что Муравьеву дан полный карт-бланш на любые досудебные действия.
В этой ситуации Некрасов принял, наверное, одно из самых неудачных в жизни решений. За заслуги в борьбе с нигилизмом Муравьев был принят в почетные члены Санкт-Петербургского Английского клуба — редкая честь, которой до него удостоились очень немногие, в том числе светлейший князь фельдмаршал Михаил Илларионович Кутузов, князь фельдмаршал Александр Иванович Барятинский, граф и военный министр Алексей Андреевич Аракчеев, граф и министр иностранных дел Карл Васильевич Нессельроде. На торжественном обеде в честь нового почетного члена клуба, состоявшемся 16 апреля, Некрасов решил прочесть торжественное стихотворение («мадригал», как он называл его впоследствии) в честь триумфатора. Сам поэт впоследствии утверждал, что такой совет дал ему хороший знакомый граф Григорий Александрович Строганов, бывший в то время старшиной клуба. Строганов будто бы сказал Некрасову, что Муравьеву «надоел Катков» и что вовремя написанное в его честь стихотворение может смягчить новоявленного диктатора. Как ни невероятно выглядит предположение, что одно стихотворение могло «смягчить» такого твердого и непреклонного человека, каким, несомненно, был Муравьев, Некрасову в тот момент паники оно показалось единственной соломинкой, за которую можно ухватиться.