Прозоровский, получив известие, что Новиков оставлен в Авдотьине по случаю болезни, нашел, что команды городничего мало для охраны такого важного преступника, и послал в Авдотьино гусарского майора, князя Жевахова, с двенадцатью солдатами при обер – и унтер-офицерах и капрале.
Князь Жевахов должен был иметь караул над Новиковым и привезти его в Москву при первой возможности. Появление Жевахова в деревне было в то время событием неслыханным и возбудило всеобщее недоумение и испуг, а на детей Новикова появление солдат произвело такое впечатление, что с сыном его и одной из дочерей сделались припадки падучей болезни, которой они страдали затем до конца жизни. Жевахов нашел возможным везти Новикова тотчас же, несмотря на то, что последний был совсем болен. Через два часа по прибытии Жевахова в Авдотьино Новикова везли уже под конвоем в Москву. Событие это сильно огорчило как крестьян Николая Ивановича, которые оплакивали его, как родного отца, так и всех соседних помещиков, которые любили его и уважали. С Новиковым поехали Багрянский и один из слуг, а дети Николая Ивановича и его племянники остались в Авдотьине, где поселился гусарский офицер с четырьмя солдатами для того, чтобы помешать вывозу чего-либо запретного из имения.
По прибытии в Москву Новиков был тотчас же доставлен к Прозоровскому, который снял с него допрос, а затем отпустил его под домашний арест, так как Новиков был слишком болен и не мог быть посажен в острог; да и по букве предписания его следовало арестовать в том лишь случае, если у него окажутся “литеры”, а их не оказалось.
С Новиковым поселился Багрянский. Жевахову велено было иметь над ними самый строгий надзор, и даже лекарства позволялось прописывать не иначе как в его присутствии. Прозоровский допрашивал Новикова несколько раз и каждый раз, донося о том императрице, характеризовал его как человека “коварного” и “лукавого”, имеющего “дерзкий и смелый характер”, человека, от которого трудно добиться показаний, и просил прислать для допроса знаменитого в то время сыщика Шешковского. Дело в том, что Прозоровский был человеком очень недалеким и к тому же невежественным; он не имел ни малейшего понятия о масонстве, а потому затруднялся вести дело Новикова и желал от него избавиться. Императрица, очень довольная энергией и распорядительностью Прозоровского, тем не менее, сама, вероятно, убедилась, что ведение этого дела ему не по силам. Донесения его по поводу масонских бумаг, найденных у Новикова, представляли целый ряд неправильных и неосновательных суждений и только запутывали дело. Поэтому императрица решила передать Новикова Шешковскому. Для этого велено было со всей осторожностью, не по петербургскому тракту, а через Ярославль и Тихвин, препроводить его в Шлиссельбургскую крепость. Коменданту крепости велено было принять арестанта, которого привезут от Прозоровского, без обозначения фамилии.
10 мая в два часа ночи к дому Новикова в Москве подъехала кибитка, в которую был посажен больной вместе со своим слугою и с Багрянским, получившим разрешение добровольно разделить его участь. Перед отъездом они все трое были обысканы, и у них отобрали все вещи, которыми они могли бы нанести себе какой-нибудь вред. Арестованного сопровождал конвой из двух офицеров, трех унтер-офицеров и шести солдат под начальством князя Жевахова. Всю дорогу за Новиковым неустанно следили, чтобы он над собой чего-нибудь не сделал, и в то же время тщательно умалчивали о том, куда его везут. Наконец больного, измученного, разбитого физически и нравственно, его привезли в Шлиссельбургскую крепость и посадили в тот самый каземат, где некогда томился несчастный Иоанн Антонович.
Отправляя Новикова, Прозоровский следующим образом характеризовал его в письме к Шешковскому: “Птицу Новикова к вам направил; правда, что не без труда вам будет с ним, лукав до бесконечности, бессовестен, и смел, и дерзок”. Прозоровский, преувеличивая значение дела о личной “злонамеренности” Новикова, сам сознавал свое бессилие и неоднократно звал на помощь Шешковского: “Сердечно желаю, – писал он ему 4 мая, – чтобы вы ко мне приехали, а один с ним не слажу. Экова плута тонкого мало я видывал”. Затем, в ответ на письмо Шешковского, в котором тот тоже жаловался, что устал от следствия, он отвечал: “Верю, что вы замучились, я не много с ним имел дела, да по полету уже приметил, какова сия птичка!” В письмах Прозоровского к Шешковскому много таинственного, встречаются какие-то намеки, полуслова: “дело нежное”, “в случае остерегите” и т. п. Вообще, делу Новикова придавалось несоответственно большое значение. Об этом можно судить уже по одному письму Прозоровского от 24 августа, которое он послал со вторым нарочным курьером: “При отправке нынешнего курьера ошибкой директор моей канцелярии не приложил бумаги при реляции к Е. И. Величеству… Бумага сия есть развратное их мнение об Адаме. Того для при сем оную прилагаю, отправляю другого нарочного для догнания первого курьера и прошу Ваше Превосходительство при подписании всеподданнейших моих Ее Величеству донесений и сию бумагу поднести”.
Не успел еще Новиков оправиться от своего путешествия, как перед ним уже предстал грозный Шешковский, одно имя которого наводило в те времена ужас. Шешковский предложил Новикову вопросные пункты, на которые тот должен был отвечать письменно. Новиков отвечал на 57 вопросных пунктов и еще на 18 дополнительных. Некоторые вопросы делались на вы, другие на ты. Говорят, что по окончании допроса Шешковский предложил Новикову дать подписку в том, что он отрекается от своих убеждений и считает их ложными. Но тот отказался это сделать. Очень возможно, что, кроме разных соображений того времени, самый вид и способ ответов Новикова внушали подозрение.
К выразительным, энергичным чертам его лица, сохраненным нам портретом Боровиковского, вот что добавляет еще княгиня Е.Р. Дашкова в письме к И.В. Лопухину: “Мне он тотчас бросился в глаза, и я бы тотчас узнала его, без всяких ваших рекомендаций, по одному его черному пастырскому кафтану, по его башмакам с черными же, особенно глянцевитыми пряжками. Лицо его открыто, но не знаю, я как-то боюсь его: в его прекрасном лице есть что-то тайное…”
Более двух месяцев Новиков томился неизвестностью относительно решения своей участи. Полагают, что императрица была несколько разочарована его показаниями. Он оказался менее виновным, чем она ожидала, и, может быть, поэтому медлила с подписанием приговора. Но предубеждение одержало верх, и 1 августа 1792 года вышел наконец указ, которым определялось Новикову наказание. В этом указе перечислялись сначала вины Новикова, сводившиеся к следующему: Новиков, признававшийся вредным государственным преступником, имевшим сообщников, обвинялся в составлении вместе с ними тайных сборищ, на которых произносились клятвы с целованием креста и Евангелия, в повиновении ордену розенкрейцеров и в сохранении его тайн. Они, т. е. Новиков и его сообщники, подчинялись герцогу Брауншвейгскому помимо законной власти; были в переписке с принцем Гессен-Кассельским и с Вельнером во время “недоброхотства” Пруссии к России, чем нарушали верноподданническую присягу. Они издавали и продавали “непозволенные, развращенные и противные закону православному книги” даже после двух запрещений и завели тайную типографию. В уставе ордена, писанном рукой Новикова, значатся храмы, епископы, епархии, миропомазание и другие установления, свойственные лишь церкви, а показания Новикова, что все это лишь аллегорические выражения для придания вящей важности обществу, свидетельствуют еще больше о том, что для колебания “слабых умов” употреблялись коварство и обман.
Затем говорилось, что хотя Новиков и не открыл своих тайных замыслов, но всего сказанного довольно, чтобы подвергнуть его, по силе законов, “тягчайшей и нещадной казни”; но Екатерина, “следуя сродному ей человеколюбию и желая оставить ему время на принесение в своих злодействах покаяния”, ограничивалась приказанием “запереть его на 15 лет в Шлиссельбургскую крепость”.