Нанятый отцом студент-медик Василий Феоктистов занялся подготовкой Николая, а сам отец пошел по канцеляриям бить челом, совать «под локоток», то есть давать взятки. Благодаря его усилиям 1 сентября 1824 года «по императорскому указу» было удостоверено, что в формулярном списке Ивана Пирогова «значится в числе прочих его детей законно прижитый в обер-офицерском звании сын Николай, имеющий ныне от роду шестнадцать лет».
Теперь университет мог стать реальностью, но при условии, что Николай выдержит экзамены. И он сделал почти невозможное для четырнадцатилетнего мальчишки: готовился как одержимый и на экзаменах проявил подлинную зрелость и весьма обширные знания. Вот цитата из документов университетского архива: «По назначению господина ректора университета мы испытывали Николая Пирогова, сына комиссионера 9-го класса, в языках и науках, требуемых от вступающих в университет, в звание студента, и нашли его способным к слушанию профессорских лекций в сем звании».
Так 22 сентября 1824 года Николай Пирогов стал студентом Московского университета. На его книжных полках появились книги по анатомии, физиологии и фармакологии, а на столе – человеческие кости.
Николай Пирогов впервые по требованию правления университета написал расписку: «Я, нижеподписавшийся, сим объявляю, что я ни к какой масонской ложе и ни к какому тайному обществу ни внутри империи, ни вне ее не принадлежу и обязываюсь впредь к оным не принадлежать и никаких сношений с ними не иметь. В чем и подписуюсь. Студент медицинского отделения Николай Пирогов».
Он ничего не знал ни о каких тайных обществах, а вот слова «Студент медицинского отделения Николай Пирогов» писал с гордостью.
От университета до дома было далеко, и обеденное время Николай Пирогов проводил в «10-м нумере для казеннокоштных студентов» у бывшего своего учителя Феоктистова.
Осенью 1824 года, в тот самый день, когда «сын комиссионера 9-го класса» Николай Пирогов подавал прошение о зачислении студентом Московского университета, адмирал Шишков, министр народного просвещения, произнес речь, требуя «оберегать юношество от заразы лжемудрыми умствованиями». Царю же министр писал откровенно: «Прошу высочайшего позволения… по тушению того зла, которое хотя и не носит у нас имени карбонарства, но есть точно оное…» «Тушение зла» было высочайше позволено. Гонение науки стало политикой.
Случилось так, что Николай Пирогов сел на студенческую скамью в годы, трудные для науки. Но у него были хорошие учителя.
Он учился у профессора Христиана Ивановича Лодера, знаменитого анатома, доктора медицины. В свое время Лодер преподавал в Йене анатомию, физиологию, хирургию, акушерское искусство, медицинскую антропологию, судебную медицину и естественную историю. С 1810 года он жил в России, получил чин действительного статского советника и звание лейб-медика. Во время войны 1812 года Христиан Иванович был организатором крупных госпиталей. В 1818 году государь приобрел у Лодера богатое собрание анатомических препаратов и подарил его Московскому университету. Вскоре профессор занялся постройкой анатомического театра в Москве по собственному плану, затем стал безвозмездно читать лекции по анатомии в этом же театре для студентов Московского университета, дополняя их практическими занятиями.
Изучив хирургию у лучших специалистов Европы и в лучших анатомических театрах того времени, Лодер владел своим искусством в совершенстве. Он презирал рутину и всегда отстаивал высокий профессионализм при операциях. Как профессор Христиан Иванович отличался точностью своих наблюдений и полной ясностью изложения. В области теории хирургии он сделал много ценных наблюдений и обобщений, основанных на опыте, например, о лечении вывихов, водяной болезни, волчьей губы, рака в области рта и многое другое.
Другим учителем Пирогова был профессор терапии Матвей Яковлевич Мудров, который после Аустерлицкой битвы первым в России начал читать курс военной гигиены, был одним из основоположников русской военно-полевой хирургии и терапии. Мудров любил говорить молодым врачам: «Придерживайтесь сказанного Гиппократом. С Гиппократом вы будете и лучшие люди, и лучшие врачи». С именем Матвея Яковлевича связана реорганизация преподавания в России медицинских наук: были введены практические занятия для студентов и преподавание патологической и сравнительной анатомии, усилено оснащение кафедр учебно-вспомогательными пособиями.
Мудров был семейным врачом многих именитых семейств: Голицыных, Муравьевых, Чернышевых, Трубецких, Лопухиных, Оболенских, Тургеневых. С самых первых дней своей практики он скрупулезно записывал в тетрадках о диагнозе, особенностях течения болезней и тех средствах, которые применялись для лечения, а также об их эффективности, собирал истории болезней. Это позволяло в любой момент найти историю болезни того или иного больного, к которому пригласили Матвея Яковлевича, и возобновить в памяти способ лечения, который использовался в данном конкретном случае. Нередко много лет спустя после первого посещения того или иного больного к Мудрову обращались пациенты с просьбой отыскать в его книгах рецепт препарата, который им помог. Ни один врач Москвы, даже самый знаменитый, не располагал таким собранием практических наблюдений.