Никон не замедлил, однако, найти защиту в самой царской семье. Одна из сестер царя Алексея, Татьяна Михайловна, с детства привыкла глубоко почитать друга своего державного брата. В 1678 году она склонила племянника посетить Воскресенский монастырь. Федору понравилось сооружение Никона, и он стал часто навещать Новый Иерусалим; наконец, он предложил братии подать прошение о помиловании основателя обители. Для этого, однако, необходимо было постановление нового собора. Иоаким отговорил царя от намерения созвать собор, и Федор ограничился посылкою собственноручного письма с выражением соболезнования Никону. Вскоре архимандрит Свято-Кирилловского монастыря Никита известил, что Никон умирает. Иоаким ответил приказом, чтобы заточенного похоронили, как простого монаха.
Федор был слишком слаб, чтобы бороться с главою церкви.
В году он, однако, решился в подражение отцу обратиться к восточным патриархам. После продолжительных переговоров и при помощи ценных подарков ему удалось добиться отмены приговора, вынесенного Никону в 1666 году. В то же время архимандрит Воскресенского монастыря Герман передал царю письмо, в котором Никон прощался перед смертью с братией основанной им обители. Читая это послание. Федор проявил такое волнение, что Иоаким счел более благоразумным уступить.
Дьяк конюшенного ведомства Иван Шепелев был поспешно снаряжен в Свято-Кирилловский монастырь с поручением освободить Никона и препроводить в Воскресенский монастырь.
Сложилась легенда, будто за несколько дней до неожиданного прибытия этого агента Никон приказал готовиться к отъезду, так что окружающие подумали, что он лишился рассудка.
Никон отплыл по реке Шексне крайне слабым; вместо того чтобы подняться по Волге, как ему предлагал Шепелев, он предпочел спуститься до Ярославля. Прибрежное население восторженно приветствовало его. 16 августа 1681 года он прибыл в монастырь, смежный с Ярославлем. Почувствовав себя дурно, Никон приказал остановиться здесь и на следующий день скончался. Ему было тогда около семидесяти пяти лет.