Иероглиф «буси-до».
Несмотря на схожесть систем подготовок, самураи и ниндзя расходились в главном: первые всегда стремились к власти, что им в итоге и удалось, в то время как последние постоянно конфликтовали с властями и нарушали заколы. Это и объясняет их противостояние: одни находились вне закона, другие олицетворяли власть и закон.
В Х-ХII вв., в результате непрекращающихся междоусобиц, кланы самураев превратились в самую мощную военную и политическую силу в Японии, вследствие чего к власти пришел один из самураев.
Самурай в боевом снаряжении.
Жесткая политика Минамото Еритомо привела к усилению противоречий между самурайскими кланами, и страна погрузилась в пучину еще более жестоких и кровопролитных войн.
Война немыслима без шпионажа, диверсий и террористических актов. Самураи, являясь представителями официальной власти и сдерживаемые жесткими рамками кодекса буси-до, не имеющие к тому же необходимой подготовки, не всегда годились на роль тайных лазутчиков и диверсантов. Таким образом, в военно-социальной структуре образовался своеобразный пробел. Кто как не ниндзя с их богатейшими традициями секретных боевых искусств могли стать недостающим звеном?
Находясь вне закона, не боясь «потерять лицо», не обремененные никакими клятвами и моральными нормами, обладая феноменальными способностями к ведению тайной войны, ниндзя были незаменимы в условиях того времени.
Последующие 400 лет принято называть «золотым веком» нин-дзютсу.
Повышенный спрос на исполнителей «грязной» работы послужил мощным импульсом для совершенствования и расширения системы нин-дзютсу.
Свое знание классических воинских искусств ниндзя заметно расширили с помощью самураев, получивших свободу из рук дайме или потерявших своих господ в сражениях междоусобных войн. Оставшиеся без покровителя, подвергаемые гонениям со стороны противников самураи были вынуждены скрываться. Многие из них вступали в тайные организации ниндзя, которые были не прочь пополнить свои ряды за счет отлично подготовленных воинов-профессионалов. Изучение самурайских боевых искусств позволяло найти слабые стороны великосветских противников, разработать эффективную тактику и технику ведения боя, позволявшую побеждать этих могущественных врагов.
Этот период характеризуется появлением кланов, делавших акцент на прикладной аспект искусства, на развитие эффективных шпионско-диверсионных техник. Наметился резкий уход от духовных корней сюгэндо. Из мистико-эзотерических знаний и практик было оставлено лишь то, что имело практическую ценность при выполнении заданий. По сути дела нин-дзютсу выделилось в отдельное от сюгэндо направление. Страх, вселяемый ниндзя, оттолкнул от них крестьян и простолюдинов. «Ночные призраки» стали как бы островком в океане ненависти и страха. Резко изменился внутренний уклад школ нин-дзютсу, превратившихся в боевые организации. В целях безопасности прием людей в школы со стороны был резко ограничен. Соблюдалась строжайшая секретность в деятельности клана, держались в тайне количество и имена членов организации. Четкие контуры приобрели система иерархии: роль мозгового центра осуществлял ниндзя высшего ранга — ДЗЕНИН (яп. дзе — верхний). Дзенин решал стратегические вопросы: определял политику клана, входил в контакты с дзенин других школ, знатными заказчиками операций и т. п. ТЮНИН (яп. тю — средний) решал текущие тактические задачи: назначал непосредственных исполнителей, занимался подготовкой рядовых воинов, руководил проведением операций контрразведки. ГЭНИН (яп. гэ — нижний) член клана низшего ранга, занимался выполнением заданий, именно он рисковал жизнью и погибал в случае неудачи. Большую часть времени гэнин проводил в упорных, порой жестоких тренировках, от этого зависело выполнение задания и его жизнь. Как правило, группа гэнин контактировала только с одним тюнин, зачастую даже не зная имени своего дзенин. Делалось это для того, чтобы, попав в плен, ниндзя не мог дать информацию о составе клана. Членство в школе скреплялось клятвой, нарушение которой каралось смертью.
Во время «золотого века» образовалось около 25 новых школ-рю (к XVII в. всего насчитывалось около 70 рю), в основном в центральных провинциях ИГА и КОГА. Именно эта часть Японии считается исторической и географической родиной нин-дзютсу. Здесь находились и две самые крупные и влиятельные организации Ига-рю и Кога-рю. Несмотря на множество других школ, ни одна из них не смогла достичь их уровня. Территория провинции Ига делилась на зоны влияния трех старейших школ: Хаттори-рю, Момоти-рю и Фудзибаяси-рю. Клан Момоти господствовал в южной части провинции, Хаттори в центре, Фудзнбаяси же — в северной части, кроме того, он еще курировал и южную область провинции Кога. Таким образом. в этот клан входили ниндзя из обеих провинций. В то же время горные районы Кога управлялись более чем 50-го различными кланами.