Третьего ноября 1581 года Ода Нобунага направил в провинцию Ига 46000 воинов, чтобы наконец расправиться с мятежниками. Армия ниндзя в то время насчитывала всего 4000 человек. Меньше чем за одну неделю Ода подчинил себе весь край, убив в сражении много ниндзя и казнив всех пленных. Выжившие члены общины бежали из провинции и рассеялись по всей стране, вливаясь в другие кланы, практикующие нин-дзютсу, либо поступая на службу к местным военачальникам.
Воин Масатака, покушавшийся но Xидэеси с копьем яри (со стар. грав).
Через год после того, как Ода Нобунаг а сравнял с землей деревни и крепости общины Ига, на него было совершено покушение. Акэси Митсухидэ, бывший офицер генерального штаба Ода. организовав в Киото мятеж, убивает знаменитого генерала. В это время правая рука Ода, генерал Токугава Идэясу, находился в Сакаи, маленьком городке близ Осака.
Существовала реальная опасность подвергнуться нападению со стороны солдат Акэси.
Не имея должной защиты, будущий основатель династии сегунов обратился за помощью к дзенин семенного клана, Хаттори Ханзо, который избежал гибели в битве с генералом Ода. Благодаря гениальной изворотливости Хаттори и его людей, генерал благополучно добрался в свою резиденцию.
Обеспечение безопасности было настолько эффективным, что Токугава оставил знаменитого дзенина вместе с его агентами у себя на службе. Когда в 1603 году Токугава стал сегуном, Хаттори возглавил его секретную службу. Занимая столь высокую официальную должность, знаменитый ниндзя все же оставался руководителем своего клана шпионов. Воины Хаттори Ханзо под видом садовников, поваров и дворников занимались выполнением своей главной задачи — охраны и защиты интересов хозяина.
Опасаясь возможных попыток мятежа, Токугава часто высылал своих лазутчиков для разоблачения мелких феодалов — дайме. Будучи мастерами тайных заговоров, ниндзя успешно справлялись с задачами контрразведки. Крупнейшей военной удачей ниндзя сегуна Токугава была операция, которую они провели силами десяти человек. Добытая ими информация позволила их господину одержать полную победу над 40000 мятежных христиан, укрывшихся в крепости Мимабара (Кюсю). Как только был установлен мир и порядок, великий сегун перестал нуждаться в услугах шпионов-ниндзя, и многие из них превратились в стражей порядка и сыщиков. К тому же, оценив гениальность ниндзя при выполнении секретных акций, Токугава начал опасаться своих недавних союзников и поспешил удалить их от себя, хотя защиту личной безопасности он по-прежнему доверял только ниндзя общины Ига.
Так и не разгаданной до конца загадкой в истории нин-дзютсу остается судьба главы одного из кланов общины Ига — Момоти Сандаю. Великий дзенин имел в разных местах три дома, каждый с женой и детьми. Если ему становилось опасно в одном месте, он сразу менял жилище и, изменяя внешность и имя, становился другим человеком. Этот способ маскировки запутал и врагов Момоти, и историков, у которых вопрос идентификации его личности вызывает огромные затруднения. Согласно военной хронике, в сражении с армией Ода Нобунага в 1581 году Момоти Сандаю сражался с большой отвагой во главе своего клана, однако нигде не упоминается имя Фудзибаяси Нагато.
Указанный факт позволяет предположить, что обе персоны были одним и тем же лицом.
Два дома Сандаю сохранились и посей день. Третий, укрепленный, являвшийся основной базой, был расположен в горном районе Ига-Уено. Назывался он Такигуси-дзе и был разрушен Ода Нобунага. Так как смерть Сандаю во время сражения не была подтверждена, многие летописцы нин-дзютсу считают, что он мог ускользнуть во время битвы, затем перебраться на восток и там осесть в провинции Кай под видом крестьянина.
Эта версия кажется вполне правдоподобной, потому что эта провинция оставалась вне зоны влияния генерала Ода. Более того, она находилась под управлением военизированных группировок буддистов. Четыре последующих столетия имя неуловимого ниндзя обрастало множеством домыслов и легенд. Современные исследователи нин-дзютсу, используя достижения современной науки, осмотрели могилу, в которой, по непроверенным данным, был похоронен Момоти Сандаю. Могила эта находится на маленьком семейном кладбище, расположенном на холме напротив одного из домов Момоти в окрестностях Набари, в 25 километрах южнее Ига-Уено. В результате анализа полученных данных ученые пришли к выводу, что это и есть могила легендарного ниндзя Казалось бы, тайна раскрыта, но полной уверенности нет. Слишком много лет прошло с тех времен, да и как можно быть уверенным в чем-то, что касается тайного искусства нин-дзютсу.