В ходе Северной войны 1700–1721 гг. между Россией и Швецией территория Эстонии стала районом военных действий. К 1710 г. вся Эстония была освобождена от шведских войск, а по Ништадтскому мирному договору 1721 г. официально вошла в состав Российской империи. При этом царские власти сохранили привилегии немецкого дворянства, в руках которого сосредоточилась административная, судебная и полицейская власть.
В феврале-марте 1918 г. территория Эстонии была оккупирована немецкими войсками. В обстановке военного поражения Германии 11 ноября 1918 г. возникло буржуазное временное правительство Эстонии (премьер К. Пяте). 29 ноября в Нарве была провозглашена Эстонская Советская Республика, названная Эстляндской трудовой коммуной. Однако ее существование оказалось кратковременным. Уже к февралю 1919 г. части Красной Армии были вытеснены с территории Эстонии.
19 мая Учредительное собрание провозгласило создание буржуазной Эстонской республики. Ее власти активно поддерживали русских белогвардейцев, Северный корпус которых в декабре 1918 — мае 1919 гг. находился в подчинении главнокомандующего вооруженными силами Эстонии. В свою очередь, правительство Северо-Западной области России, созданное 11 августа 1919 г. в Ревеле (Таллине), признало независимость Эстонии. Впрочем, само это правительство полностью зависело от поддержки стран Антанты и Эстонии, на территории которой размещалось. К концу 1919 г. белые войска генерала Н.Н. Юденича были разгромлены Красной Армией, и 2 февраля 1920 г. Эстония первой из буржуазных государств подписала мирный договор с РСФСР.
12 марта 1934 г. лидеры Объединения аграриев К. Пяте и И. Лайдонер осуществили государственный переворот и захватили власть. Осенью 1934 г. был распущен парламент, а в 1935 г. — все политические партии. Вместо них создана партия «Изамаа-лийт» («Отечественный союз»). В апреле 1938 г. К. Пяте был избран президентом.
Во второй половине 30-х гг. в Эстонии возросло влияние фашистской Германии. Германия вышла на 1-е место во внешней торговле Эстонии, германские концерны установили контроль над сланцевой, целлюлозной и фосфоритной промышленностью. Однако по советско-германскому договору от 23 августа 1939 г. Эстония попала в сферу влияния СССР. По пакту о взаимопомощи между СССР и Эстонией от 28 сентября 1939 г. Советский Союз получил право иметь на эстонских островах Сааремаа (Эзель), Хийумаа (Даго) и в городе Палдиски (Балтийский порт) базы военно-морского флота и несколько аэродромов. Согласно конфиденциальному протоколу численность советских гарнизонов могла достигать 25 тысяч человек (Прибалтика вступает в Союз // Международная жизнь. — 1990. - № 2. — С. 147–148).
16 июня 1940 г. Председатель Совета Народных Комиссаров и одновременно нарком иностранных дел СССР В.М. Молотов вызвал в 14 часов 30 минут эстонского посланника Рея и вручил ему заявление советского правительства, полностью аналогичное тому, которое он несколькими минутами ранее передал посланнику Латвии. От Эстонии требовалось до 12 часов ночи дать согласие на формирование нового правительства и пропуск на свою территорию дополнительных советских воинских частей. Рей что-то хотел спросить и уже начал со слов «нельзя ли…», но Молотов прервал заявлением, что нет, нет (Прибалтика вступает в Союз // Международная жизнь. -1990. - № 3. — С. 128–130).
Было сформировано Народное правительство во главе с И. Варесом. Избранная 14–15 июля новая Государственная дума приняла 21 июля декларацию о восстановлении советской власти и провозглашении Эстонии Советской Социалистической Республикой, 22 июля — о вступлении Эстонии в состав СССР. 29 августа 1940 г. был образован Народный комиссариат внутренних дел Эстонской ССР (док. № 5).
После установления Советской власти многие члены буржуазно-националистической организации «Кайтселиит» (Союз обороны) скрылись в лесах, на отдаленных и глухих хуторах. С течением времени из этих лиц сформировались отряды «Метсавеннад» («Лесные братья»), начавшие вооруженную борьбу с Советской властью.
В результате операции по ликвидации «антисоветских элементов» в июне 1941 г. в Эстонии согласно докладу НКГБ СССР было арестовано 3173 и выселено 5978 человек (док. № 15). По «эшелонным» данным, число ссыльнопоселенцев достигало 6328 человек, а направленных в лагеря военнопленных — 3688 (Гурьянов А.Э. Указ соч. — С. 149–150).