10. «Омакайтсе» Вильяндимаа, в административных границах Вильяндимаа, разделилось на 8 территориальных батальонов и 1 территориальную роту. Всего было во всех батальонах 28 рот. В состав 1-го территориального батальона входила и 1 зарплатная караульная рота с местонахождением в Вильянди, и в составе 7 и 8 батальонов в каждом по 1 зарплатному караульному взводу: первый в Выхма и второй в Пылтсамаа. Штаб «Омакайтсе» расположился в Вильянди и руководителем «Омакайтсе» был майор Антон Пори.
11. «Омакайтсе» Пярнумаа, в административных границах Пярнумаа, разделилось на 4 территориальных района (Северный, Южный, Западный и район города Пярну), которые в свою очередь разделились на 24 роты и 1 отдельный взвод. В городе Пярну находились, кроме территориальных подразделений, одна зарплатная рота и один взвод береговой охраны. Штаб «Омакайтсе» находился в Пярну и руководителем был майор Аугуст Сандер.
12. В Сааремаа не существовало «Омакайтсе». Действовавшее ранее добровольное «Омакайтсе» ликвидировал комендант Балтийских островов генерал-майор Мило 8 декабря 1941 г. Взамен добровольного «Омакайтсе» начали формировать 4 зарплатных казармированных роты, но это формирование продвигалось туго. Начиная с 8 января 1942 г. было ликвидировано и казармированное «Омакайтсе» и наполовину сформированные роты назначены в состав охранного батальона № 36.
Ликвидация «Омакайтсе» Сааремаа касалась и района Хийумаа из «Омакайтсе» Ляэнгемаа, который на основании распоряжения коменданта Балтийских островов от 1 декабря 1941 г. был оперативно подчинен последнему, а хозяйственно — «Омакайтсе» Сааремаа. Начиная с 8 декабря 1941 г. приступили и в Хийумаа к формированию одной зарплатной казармированной роты взамен добровольного «Омакайтсе», каковую роту позднее влили в состав охранного батальона № 36.
Всего числилось в эстонском «Омакайтсе» зарплатными (казармированными) и в территориальных частях зарплатными и бесплатными членами на 1 января 1942 г. 40709 человек (см. таблицы № 1 и 3).[49]
На основании приказания командира немецкой охранной дивизии (Сихерунгс-дивизион) № 207 от 6 января 1942 г. за № 7/42 части эстонского «Омакайтсе» начиная с 10 января 1942 г. во всех отношениях введены в подчинение полицейским органам Гражданского управления. В смысле подчинения и получения приказов и распоряжений был непосредственным начальником «Омакайтсе» командир немецкой полиции порядка полицейский подполковник Шаллерт, а с лета 1942 г. полицейский полковник фон Таден (командир полиции порядка при руководителе СС и полиции в Эстонии). Полученный от последнего приказания и распоряжения проводились в жизнь через управление полиции и «Омакайтсе». С этого времени можно считать и центральное руководство «Омакайтсе».
В связи с переходом на новый порядок подчинения состоялось 14 января 1942 г. в Таллине в Зеленом зале «Эстонии» собрание префектов и руководителей «Омакайтсе», на котором командир немецкой полиции порядка полицейский подполковник Шаллерт дал инструкции для организации и дальнейшей деятельности «Омакайтсе».
Образовавшаяся к 1 января 1942 г. структура и состав «Омакайтсе» оставались в силе до 1 марта 1942 г. Так как они были сформированы руководителями «Омакайтсе» начиная с 1941 г. и утверждены или одобрены местными немецкими военными начальниками, то Управление полиции и «Омакайтсе» приняло их временно как основу при денежных издержках. Новые штаты были, однако, утверждены директором внутренних дел О. Ангелусом 21 января 1942 г., но те считали действительными лишь считая с 1 марта 1942 г.
На основании приказа руководителя полиции и «Омакайтсе» подполковника Э. Рейсаара от 16 января 1942 г. от «Омакайтсе» Харью-Ляэне отделилось «Омакайтсе» Ляэнемаа, считая с 20-го января. Последнее было реставрировано в той же структуре, каковая была образована перед слиянием, за исключением 6 района (Хийумаа), который был ликвидирован. Начиная с 1 апреля 1942 г. формировалось и в Хийумаа снова добровольное «Омакайтсе», и это было дано в подчинение руководителю «Омакайтсе» Ляэнемаа в виде 5-го района, между тем как один район (Кулламаа) до того времени был сокращен. Руководителем «Омакайтсе» Ляэнемаа 21 февраля был назначен майор Аугуст Кыргма, считая с 21 февраля. Последний явился на место 2 марта. В промежуточное время действовал руководителем «Омакайтсе» младший лейтенант запаса А. Тальвар.