Введение эстонского «Омакайтсе» в подчинение командиру полиции порядка изменило положение в части Сааремаа. Возникла необходимость сформировать там снова «Омакайтсе». Для разрешения местного положения и предварительных работ к формированию на место выехал руководитель полиции и «Омакайтсе» подполковник Э. Рейсаар, который находился в Куресааре с 18 до 20 февраля 1942 г. После того, как формирование снова определенно было закончено, руководителем «Омакайтсе» Сааремаа был назначен капитан Петер Кангро из штаба «Омакайтсе» Таллин-Нымме, Капитан П. Кангро приступил начиная с 25 февраля к исполнению своих обязанностей, и с того срока можно считать начало снова формирования «Омакайтсе». К 11 марта успели с работами по формированию так далеко, что «Омакайтсе» приняло охраняемые объекты и приступило к несению караульной службы.
Также и вторичное формирование «Омакайтсе» Сааремаа началось, т<ак> сказать, «голыми руками», так как имущество ликвидированного «Омакайтсе» было в промежуточный срок передано в распоряжение других учреждений. С приветливым содействием коменданта были преодолены многие трудности. Оружие и боеприпасы для самых острых необходимостей были получены по распоряжению командира полиции порядка от охранного батальона. Вскоре были преодолены крупнейшие трудности и деятельность «Омакайтсе» развивалась успешно.
В январе 1942 г. поднялся в акутном виде вопрос о закрытии бывшей восточной границы Эстонии, для чего предполагалось формировать зарплатные части «Омакайтсе». Начиная с 20 ноября 1941 г. исполнял задачи по закрытию границы на западном берегу Псковского озера от бывшей эстонско-русской границы до Выыпсу отдельный батальон из «Омакайтсе» Петсери. По западному и северному берегам озера Пейпси и на линии реки Нарва исполняли эти задачи в большинстве части «Омакайтсе», которые были пополнены командой охранного батальона и двух рот вспомогательной полиции Нарвы.
21 января 1942 г. были утверждены директором внутренних дел штаты управления пограничной «Омакайтсе» и четырех отдельных батальонов пограничной «Омакайтсе». Поименованные штаты вступили в силу начиная с 1 февраля 1942 г., с какого времени и началось комплектование управления пограничной «Омакайтсе». С этого же времени переименовали Отдельные батальоны «Омакайтсе» из Нарвы, Тарту и Петсери по порядку в 1-й, 2-й и 3-й отдельные батальоны пограничной «Омакайтсе», а 2-й отдельный батальон «Омакайтсе» Тарту — в 4-й отдельный батальон пограничной «Омакайтсе».
Управление пограничного «Омакайтсе» было укомплектовано из офицеров бывшей эстонской пограничной стражи. Руководитель — полковник И. Пауль, заместитель руководителя — подполковник А. Вийлип, начальники отделений: капитан А. Вытинг и капитан И. Тали, адъютант лейтенант П. Аукси. Командиром 1-го отдельного батальона был назначен майор Э. Кукесте, командиром 2-го отдельного батальона — майор П. Пладо и командиром 3-го батальона — подполковник И. Лабидас.
Управление пограничного «Омакайтсе» и четыре отдельных батальона пограничной «Омакайтсе» входили в состав Управления полиции и «Омакайтсе», а руководитель пограничного «Омакайтсе» был в непосредственном подчинении руководителя полиции и «Омакайтсе». В первую очередь подлежали укомплектованию 1-й, 2-й и 3-й отдельные батальоны пограничного «Омакайтсе». Начиная с 1 марта 1942 г. подчинили 2-й и 3-й отдельные батальоны руководителю пограничного «Омакайтсе», между тем как 1-й остался в непосредственном подчинении руководителю «Омакайтсе» Нарва, а 4-й — руководителю «Омакайтсе» Тартумаа. Последний вообще не выполнял задач по охране границы, а был снаряжен на несение караульной службы в городе Тарту.
К апрелю мес<яцу> 1942 г. пограничное «Омакайтсе» закрывало бывшую восточную границу Эстонии от южного берега Псковского озера, бывшей границы Эстонии-России, до Нарвского залива, каковое расстояние было разделено на три участка охраны — участки охраны 1-го, 2-го и 3-го отдельных батальонов пограничного «Ома-кайтсе». Всего были к началу апреля месяца снаряжены на службу по закрытию границы 39 кордонов (постов) с 477 человеками (состав команды 15 апреля). На участке 1-го отдельного батальона пограничного «Омакайтсе» в закрытии границы помогало пограничному «Омакайтсе» — «Омакайтсе» Нарвы посредством своих постоянных караульных постов на Эстонско-Российской границе. Позднее и на этом участке выпала главная тяжесть закрытия границы на пограничное «Омакайтсе», где, например, 12 июня было в действии 15 кордонов с 94 человеками.