Пограничное «Омакайтсе» было укомплектовано одними лишь зарплатными командами.
Согласно приказу командира полиции порядка подполковника Шаллерта от 10 апреля 1942 г. началось переустройство службы по закрытию границы, причем, эти обязанности перешли на немецкую таможенно-пограничную охрану, которая на добровольных началах перевела к себе и часть команды пограничного «Омакайтсе». Всего перешло 74 человека. Начиная с 22 апреля 1942 г. закончили свою службу по закрытию границы 2-й и 3-й отдельные батальоны. 1-й батальон продолжал службу до 6 августа, с какого срока батальон считался ликвидированным, а сформированная из батальона 1-я казармированная рота «Омакайтсе» осталась в распоряжении руководителя «Омакайтсе» Нарвы для продолжения службы по закрытию границы.
2-й и 3-й отдельные батальоны пограничного «Омакайтсе» были ликвидированы считая с 1 мая 1942 г., причем большая часть команды была переведена в 4-й отдельный батальон, который позднее был переименован в батальон «Омакайтсе» Тартумаа.
Управление пограничного «Омакайтсе» закончило свою деятельность 3 июля 1942 г. Штаты, как управления, так и отдельных батальонов, были исключены из штатов Управления полиции и «Омакайтсе» считая с 6 августа 1942 г.
В течение своей деятельности пограничное «Омакайтсе» задержало и передало в распоряжение полиции за переход границы без разрешения при переходе из России в Эстонию в 46 случаях 127 лиц, а при переходе из Эстонии в Россию в 8 случаях 23 лица
В то же самое время поймали при попытке перейти без разрешения границу и отправили от границы обратно при переходе из России в Эстонию 1 681 лицо и при переходе из Эстонии в Россию 1101 лицо.
За спекуляцию через границу задержано и передано в распоряжение полиции на пути из Эстонии в Россию в 25 случаях 48 лиц, а на пути из России в Эстонию в 6 случаях 9 лиц. Подозреваемых в спекуляции задержано в районе границы и передано в распоряжение полиции в 55 случаях 82 лица. Приготовление самогонного вина и спекуляция им в районе границы обнаружено в 22 случаях при 27 лицах. В одном случае, проведенном при поддержке «Омакайтсе» <пре>следовании, задержан 1 парашютист, а 2 были убиты во взаимной перестрелке. Явившихся в район границы бежавших русских военнопленных задержано 9. У лиц, задержанных за спекуляцию, отняты, как объекты и транспортные средства, очень разнообразные вещи и материалы, главным образом съестные продукты и текстильные вещи. Съестные продукты менялись в России на одежду и другие материалы, как: соль, керосин, сено, семя от травы и т. п. Например, у одного спекулянта было найдено всего 3600 кг ржи, более 2100 кг ржаной муки, более 1400 кг свинины, более 290 кг говядины, 2321 кг лука, 207 кг соли, 191 кг табаку, 65 литров самогонного вина, 43 литра керосина, 17 поросят и т. д. В качестве транспортных средств взято в распоряжение полиции 44 лошади с упряжью и санями.
Пограничное «Омакайтсе» со своей кратковременной деятельностью, которая в начале при малочисленности и необученно команды не была особенно влиятельною, было достойным упоминания фактором, чтобы препятствовать голодавшей массе России попасть в Эстонию и отсюда вывезти съестные продукты.
Штаты 1 марта 1942 г.
21 января 1942 г. директором внутренних дел были утверждены и, считая с 1 марта, им же признаны действующими штаты Управления полиции и «Омакайтсе», а также штаты «Омакайтсе». Вместо прежних инспектур, Управление полиции и «Омакайтсе» разделилось на отделы, а последние на отделения. Руководством и делопроизводством «Омакайтсе» занимались три отдела: 1 отдел (общий), 2 отдел (снабжения) и 3 отдел (руководство). В названных трех отделах были отделения: в 1 отделе — отделение «А» (личный состав), отделение «Б» (общее делопроизводство), отделение «С»(Ц) (кодификация), отделение «Д» (история). Во 2 отделе: отделение «А» (общее), отделение «Б» (денежн<ой> отчетн<ости>), отделение «С» (Ц) (интенданту-ра), отделение «Д» (оруж<ейно>-технич<еское>), отделение «Е» (Э) (санитарное). В 3 отделе: отделение «А» (руководство), отделение «Б» (обучения), отделение «С» (Ц) (организация и штаты). За исключением отделения «Е» 2 отдела, все отделения были укомплектованы.