3 главный отдел разделился на управление, отделение «А» (руководство), отделение «Б» (обучение), отделение «С»(Ц) (организация) и отделение «Д» (общее).
Личный состав в трех вышеназванных главных отделах состоял: эстонский полицейский директор подполковник Э. Рейсаар; эстонский полицейский вице-директор подполковник В. Гутман; старший офицер для поручений полковник Н. Эрмасте; начальник 1 главного отдела подполковник Т. Кальберг; начальник отделения «А» 1 главного отдела лейтенант К Утсоль; начальник отделения «Б» 1 главного отдела майор И. Кескюла; начальник 2 главного отдела подполковник П. Хинно; начальник отделения «А» 2 главного отдела старший лейтенант А. Пяэбус; начальник отделения «Б» 2 главного отдела Ф. Паэвере; начальник отделения «С» 2 главного отдела Э. Тохвер; начальник отделения «Д» 2 главного отдела майор О. Клемент; начальник 3 главного отдела полковник Я. Майде; начальник отделения «А» 3 главного отдела капитан А. Яксон; начальник отделения «Б» 3 главного отдела капитан А. Хинт; начальник отделения «С» 3 главного отдела капитан А. Кийдла; начальник отделения «Д» 3 главного отдела капитан А. Вытинг; помощник начальника 3 главного отдела майор И. Тамм.
Территориально эстонское «Омакайтсе» разделилось на 13 полков (Малева). Командиры полков были подчинены полицейским префектам следующим образом:
командир полка Таллина — префекту Таллина
командиры полков Харью и Ярва — префекту Харью-Ярва
командиры полков Виру и Нарва — префекту Виру
командир полка Тартумаа — префекту Тарту
командиры полков Вырумаа и Валгамаа — префекту Выру-Валга
командиры полков Пярнумаа и Сакалама — префекту Пярну-Вильянди
командир полка Петсери — префекту Петсери
командиры полков Саарема и Ляэне — префекту Сааре-Ляэне
Полицейским префектам были преданы вторыми помощниками «Помощники по делам „Омакайтсе“, <обязанности которых исполняли> находящиеся в местах пребывании префектов командиры полков „Омакайтсе“. Лишь префект Петсери не имел помощника по делам „Омакайтсе“.
5 августа 1942 г. директором внутренних дел были утверждены и введены в действие, начиная с 6 августа, новые штаты эстонского полицейского управления. В новых штатах уездное „Омакайтсе“ переименовалось в полк (Малева) „Омакайтсе“ под руководством командира полка. Командирами полков были:
полк Таллина — полковник И. Пауль, одновременно помощник префекта Таллина по делам „Омакайтсе“;
полк Харью — капитан Э. Сайдра, одновременно помощник префекта Харью по делам „Омакайтсе“, начиная с 6 августа; полк Ярва — майор И. Ягунд;
полк Виру — капитан Я. Васка, одновременно помощник префекта Виру по делам „Омакайтсе“;
полк Нарва — майор И. Ляэне;
полк Тартумаа — подполковник И. Янсон, одновременно помощник префекта по делам „Омакайтсе“;
полк Вырумаа — капитан А. Тийвель, одновременно помощник префекта Выру-Валга по делам „Омакайтсе“;
полк Ваогамаа — майор А. Цэеманн, а с 16 октября майор А. Сандер; полк Петсеримаа — майор И. Тамм, а с 1 ноября майор В. Педак; полк Сакаламаа — майор А. Пори;
полк Пярнума — майор П. Лиллегехт, одновременно пом. префекта Пярнумаа-Вильянди по делам „Ом<акайтсе>“;
полк Ляэне — майор А. Кыргма;
полк Сааремаа — капитан П. Кангро, одновременно пом. префекта Сааремаа-Ляэнге по делам „Омакайтсе“.
Штатами было установлено число территориальных и казармированных подразделений в каждом полку (см. таблицу № 2).[51] Всего числилось в эстонском „Омакайтсе“ 66 территориальных батальонов с 300 территориальными ротами. Следовательно, число батальонов было уменьшено в количестве 8 и число рот в количестве 11. Казармированных подразделений числилось всего 27, казармированных рот и 16 казармированных отдельных взводов. Кроме них, нашелся в штатах почетный караул Генералкомиссара. В Таллине и Тарту казармированные роты были сведены в казармированные батальоны, в Таллине 5 рот и в Тарту 3 роты. Штатами были казармированные роты и отдельные взводы нумерованы и установлены номера подразделений в каждом полку.
Штатами было введено однообразие в структуре штатов, а в зависимости от величины полка и обилия работ были установлены типы штабов по составу и по полкам. Были предусмотрены три типа штабов: тип „А“, „Б“ и „В“. В каждом типе штаба содержится 3 отделения: управления, административное и хозяйственное. В типе „А“ имеется: начальник штаба, в отделении управления — саперный офицер, старший врач и т. д. В типе „А“ и „Б“ имеется помощник начальника отделения управления, а в типе „В“ его не было. Разница в типах выражается в числе работников: так, в типе „А“ имеется всего 40 человек, в типе „Б“ — 26, и в типе „В“ — 21 работник штаба. Штаб типа „А“ предназначали для полков Таллина, Харью, Виру и Тартумаа, тип „Б“ для полков Ляэне, Пярнумаа, Сакаламаа, Вырумаа, Петсеримаа и Нарва, а тип „В“ для полков Сааремаа, Ярва и Валгамаа.