По примеру штабов обобщили также и штаты оркестров полков по типам. В оркестре типа „А“ всего 24 музыканта, а в оркестре типа „Б“ — всего 17 музыкантов, вместе с капельмейстером. Оркестры предусмотрены во всех полках, за исключением полка Таллина. Оркестры типа „А“ намечались для полков Тартумаа, Виру, Ляэне, Сааремаа, Пярнумаа и Сакаламаа, а остальным полкам намечался оркестр типа „Б“.
Штаты территориальных батальонов и рот были выработаны одинаковые всем полкам. В составе батальона были командир батальона, адъютант, канцелярский работник и мотоциклист. В составе территориальной роты, кроме командира роты, зарплатных начальствующих лиц не было.
По существу ничего не изменилось после подчинения командиров полков „Омакайтсе“ префектам. Делопроизводство командиров полков и полицейского управления велось большею частью непосредственно. Лишь относительно важнейших вопросов велось это через префекта, или, если непосредственно, то с ведома и одобрения префекта.
В штатах, введенных директором внутренних дел в действие с 6 августа 1942 г., первые изменения были введены директором внутренних дел 24 декабря 1942 г., которого числа были утверждены состав территориального батальона типа „А“ и территориальной роты типа „А“. В территориальном батальоне типа „А“ были: командир батальона, адъютант, канцелярский работник, оружейный мастер — унтер-офицер и мотоциклист, а в составе каждой роты того же батальона были: командир роты и старшина роты. Таким образом в виде типа „А“ увеличился состав некоторых батальонов на оружейного мастера, а состав роты — на старшину роты. На основании приказа директора внутренних дел от 24 декабря 1942 г. за № 555 поименованный штат был введен в действие, начиная с 1 ноября 1942 г., причем территориальных батальонов типа „А“ числилось всего 10, а территориальных рот в них 44. Изменение штатов было обусловлено лишь необходимостью береговой охраны, и это касалось в полку Таллина одного батальона и 5 рот, а в полку Харью всех 9 батальонов и 39 рот.
Во введенном одновременно с предыдущим в действие штате территориальной роты типа „А“ предусмотрены были командир роты и командир взвода. Таких рот было 3, все в полку Ярва, где три территориальные роты были соединены с другими ротами, а последние были укомплектованы согласно штата типа „А“.
Со стороны высших немецких властей был в июле 1942 г. поднят вопрос о подчинении добровольного „Омакайтсе“ немецкому военному командованию, дабы этим целесообразнее провести включение „Омакайтсе“ на службу военной безопасности страны. 26 июля состоялось в Тарту в штабе 207 охранной дивизии по этому вопросу совещание, на котором представителями эстонского „Омакайтсе“ были руководитель полиции и „Омакайтсе“ подполковник Э. Рейссаар, его заместитель подполковник В. Гутман и начальник отдела „Омакайтсе“ полковник И. Майде.
На основании приказания командующего генерала охранных войск и руководителя Северного военного округа (Коммандирендер-генерал дер Сихерунгструппен унд Бефельсхабер им Хеэресгебит Норд) генерала фон Рок от 29 сентября 1942 г. № 1655/42с территориальные части „Омакайтсе“ были, считая с 1 октября 1942 г, переданы в его подчинение под названием „Эстонское Омакайтсе“. Согласно этому приказу считались подчиненными военным властям штабы полков „Омакайтсе“, штабы территориальных батальонов, оркестры и все территориальные части. Таким образом, командующий генерал охранных войск стал высшим начальником „Омакайтсе“. Непосредственно „Омакайтсе“ было подчинено командующему генералу 207 охранной дивизии генерал-лейтенанту Тидеманну, который отдавал распоряжения, касающиеся „Омакайтсе“, непосредственно эстонскому полицейскому директору.
Территориальные подразделения полков „Омакайтсе“ перешли во всех отношениях в подчинение полевому коменданту соответствующей территории, которые начали давать командирам полков оперативные задачи. Согласно этому порядку подчинялись:
полевому коменданту Раквере — полк Виру;
полевому коменданту Таллина — полки Таллина, Харью и Ярва;
коменданту Балтийских островов — полк Саарема, 5 территориальный батальон (в Хийумаа) из полка Ляэне (в хозяйственном отношении батальон оставался подчинен полку Ляэне);