Всего числилось в эстонском «Омакайтсе» зарплатными (казармированными) и в территориальных частях зарплатными и бесплатными членами на 1 января 1942 г. 40709 человек (см. таблицы № 1 и 3).[49]
На основании приказания командира немецкой охранной дивизии (Сихерунгс-дивизион) № 207 от 6 января 1942 г. за № 7/42 части эстонского «Омакайтсе» начиная с 10 января 1942 г. во всех отношениях введены в подчинение полицейским органам Гражданского управления. В смысле подчинения и получения приказов и распоряжений был непосредственным начальником «Омакайтсе» командир немецкой полиции порядка полицейский подполковник Шаллерт, а с лета 1942 г. полицейский полковник фон Таден (командир полиции порядка при руководителе СС и полиции в Эстонии). Полученный от последнего приказания и распоряжения проводились в жизнь через управление полиции и «Омакайтсе». С этого времени можно считать и центральное руководство «Омакайтсе».
В связи с переходом на новый порядок подчинения состоялось 14 января 1942 г. в Таллине в Зеленом зале «Эстонии» собрание префектов и руководителей «Омакайтсе», на котором командир немецкой полиции порядка полицейский подполковник Шаллерт дал инструкции для организации и дальнейшей деятельности «Омакайтсе».
Образовавшаяся к 1 января 1942 г. структура и состав «Омакайтсе» оставались в силе до 1 марта 1942 г. Так как они были сформированы руководителями «Омакайтсе» начиная с 1941 г. и утверждены или одобрены местными немецкими военными начальниками, то Управление полиции и «Омакайтсе» приняло их временно как основу при денежных издержках. Новые штаты были, однако, утверждены директором внутренних дел О. Ангелусом 21 января 1942 г., но те считали действительными лишь считая с 1 марта 1942 г.
На основании приказа руководителя полиции и «Омакайтсе» подполковника Э. Рейсаара от 16 января 1942 г. от «Омакайтсе» Харью-Ляэне отделилось «Омакайтсе» Ляэнемаа, считая с 20-го января. Последнее было реставрировано в той же структуре, каковая была образована перед слиянием, за исключением 6 района (Хийумаа), который был ликвидирован. Начиная с 1 апреля 1942 г. формировалось и в Хийумаа снова добровольное «Омакайтсе», и это было дано в подчинение руководителю «Омакайтсе» Ляэнемаа в виде 5-го района, между тем как один район (Кулламаа) до того времени был сокращен. Руководителем «Омакайтсе» Ляэнемаа 21 февраля был назначен майор Аугуст Кыргма, считая с 21 февраля. Последний явился на место 2 марта. В промежуточное время действовал руководителем «Омакайтсе» младший лейтенант запаса А. Тальвар.
Введение эстонского «Омакайтсе» в подчинение командиру полиции порядка изменило положение в части Сааремаа. Возникла необходимость сформировать там снова «Омакайтсе». Для разрешения местного положения и предварительных работ к формированию на место выехал руководитель полиции и «Омакайтсе» подполковник Э. Рейсаар, который находился в Куресааре с 18 до 20 февраля 1942 г. После того, как формирование снова определенно было закончено, руководителем «Омакайтсе» Сааремаа был назначен капитан Петер Кангро из штаба «Омакайтсе» Таллин-Нымме, Капитан П. Кангро приступил начиная с 25 февраля к исполнению своих обязанностей, и с того срока можно считать начало снова формирования «Омакайтсе». К 11 марта успели с работами по формированию так далеко, что «Омакайтсе» приняло охраняемые объекты и приступило к несению караульной службы.
Также и вторичное формирование «Омакайтсе» Сааремаа началось, т<ак> сказать, «голыми руками», так как имущество ликвидированного «Омакайтсе» было в промежуточный срок передано в распоряжение других учреждений. С приветливым содействием коменданта были преодолены многие трудности. Оружие и боеприпасы для самых острых необходимостей были получены по распоряжению командира полиции порядка от охранного батальона. Вскоре были преодолены крупнейшие трудности и деятельность «Омакайтсе» развивалась успешно.
В январе 1942 г. поднялся в акутном виде вопрос о закрытии бывшей восточной границы Эстонии, для чего предполагалось формировать зарплатные части «Омакайтсе». Начиная с 20 ноября 1941 г. исполнял задачи по закрытию границы на западном берегу Псковского озера от бывшей эстонско-русской границы до Выыпсу отдельный батальон из «Омакайтсе» Петсери. По западному и северному берегам озера Пейпси и на линии реки Нарва исполняли эти задачи в большинстве части «Омакайтсе», которые были пополнены командой охранного батальона и двух рот вспомогательной полиции Нарвы.
21 января 1942 г. были утверждены директором внутренних дел штаты управления пограничной «Омакайтсе» и четырех отдельных батальонов пограничной «Омакайтсе». Поименованные штаты вступили в силу начиная с 1 февраля 1942 г., с какого времени и началось комплектование управления пограничной «Омакайтсе». С этого же времени переименовали Отдельные батальоны «Омакайтсе» из Нарвы, Тарту и Петсери по порядку в 1-й, 2-й и 3-й отдельные батальоны пограничной «Омакайтсе», а 2-й отдельный батальон «Омакайтсе» Тарту — в 4-й отдельный батальон пограничной «Омакайтсе».
Управление пограничного «Омакайтсе» было укомплектовано из офицеров бывшей эстонской пограничной стражи. Руководитель — полковник И. Пауль, заместитель руководителя — подполковник А. Вийлип, начальники отделений: капитан А. Вытинг и капитан И. Тали, адъютант лейтенант П. Аукси. Командиром 1-го отдельного батальона был назначен майор Э. Кукесте, командиром 2-го отдельного батальона — майор П. Пладо и командиром 3-го батальона — подполковник И. Лабидас.
Управление пограничного «Омакайтсе» и четыре отдельных батальона пограничной «Омакайтсе» входили в состав Управления полиции и «Омакайтсе», а руководитель пограничного «Омакайтсе» был в непосредственном подчинении руководителя полиции и «Омакайтсе». В первую очередь подлежали укомплектованию 1-й, 2-й и 3-й отдельные батальоны пограничного «Омакайтсе». Начиная с 1 марта 1942 г. подчинили 2-й и 3-й отдельные батальоны руководителю пограничного «Омакайтсе», между тем как 1-й остался в непосредственном подчинении руководителю «Омакайтсе» Нарва, а 4-й — руководителю «Омакайтсе» Тартумаа. Последний вообще не выполнял задач по охране границы, а был снаряжен на несение караульной службы в городе Тарту.
К апрелю мес<яцу> 1942 г. пограничное «Омакайтсе» закрывало бывшую восточную границу Эстонии от южного берега Псковского озера, бывшей границы Эстонии-России, до Нарвского залива, каковое расстояние было разделено на три участка охраны — участки охраны 1-го, 2-го и 3-го отдельных батальонов пограничного «Ома-кайтсе». Всего были к началу апреля месяца снаряжены на службу по закрытию границы 39 кордонов (постов) с 477 человеками (состав команды 15 апреля). На участке 1-го отдельного батальона пограничного «Омакайтсе» в закрытии границы помогало пограничному «Омакайтсе» — «Омакайтсе» Нарвы посредством своих постоянных караульных постов на Эстонско-Российской границе. Позднее и на этом участке выпала главная тяжесть закрытия границы на пограничное «Омакайтсе», где, например, 12 июня было в действии 15 кордонов с 94 человеками.
Пограничное «Омакайтсе» было укомплектовано одними лишь зарплатными командами.
Согласно приказу командира полиции порядка подполковника Шаллерта от 10 апреля 1942 г. началось переустройство службы по закрытию границы, причем, эти обязанности перешли на немецкую таможенно-пограничную охрану, которая на добровольных началах перевела к себе и часть команды пограничного «Омакайтсе». Всего перешло 74 человека. Начиная с 22 апреля 1942 г. закончили свою службу по закрытию границы 2-й и 3-й отдельные батальоны. 1-й батальон продолжал службу до 6 августа, с какого срока батальон считался ликвидированным, а сформированная из батальона 1-я казармированная рота «Омакайтсе» осталась в распоряжении руководителя «Омакайтсе» Нарвы для продолжения службы по закрытию границы.