С сентября 1929 г. Бест выступал в качестве судебного заседателя в различных гессенских судах первой инстанции. В этот период своей жизни ему пришлось считаться с отчаянным экономическим положением и напоминающими гражданскую войну беспорядками в рейхе, сопровождавшимися вооруженным восстанием коммунистов. «Если бы победил [...] большевизм, уничтожив прежнюю государственную власть и конституцию, — рассуждал Бест, — то всякий, кто не захотел бы признать владычества большевиков, оказался бы в их власти»[34]. Летом 1931 г. он по своей инициативе составил своего рода каталог экстренных ситуаций на тот случай, если НСДАП «после устранения высших государственных властей и победы над коммуной в одном из регионов»[35] возьмет в свои руки политическую власть. В начале августа 1931 г. Бест предложил проект такой разработки своим товарищам по партии во время совещания, состоявшегося на хуторе Боксгеймер неподалеку от Бюрштадта. Его «экстренные требования», нацеленные на «бесцеремонный захват власти вооруженным путем» с помощью СА и региональных армейских частей, предусматривали смертную казнь за оказание сопротивления и владение оружием. Тайные планы Беста, направленные на национал-социалистический переворот, некоторое время спустя выдал один его прежний «партайгеноссе»; они были названы «боксгеймеровскими документами» и послужили причиной самого большого политического скандала за всю осень 1931 г. Результат не заставил себя ждать: Беста тотчас же уволили из гессенских судебных органов, обвинив его в государственной измене, однако, вследствие недостаточности улик, оправдали. По мнению партии, которая в это время стремилась прийти к власти сугубо легальными методами, он нанес ей большой ущерб. Тем не менее Гитлер протянул юристу руку помощи. Как и для многих его современников, для Вернера Беста Гитлер в те годы оставался «последней надеждой немецкой нации». «Подлинный» Гитлер, по мнению Беста, до 1933 г. был все тем же Гитлером так называемого периода борьбы, который, как действующий пророк, убеждал его в истинности своих идей. Таким образом, события, связанные с «боксгеймеровскими документами», ни в коем случае не означали конца политической карьеры Вернера Беста, а, напротив, послужили трамплином для его блестящей карьеры после 1933 г., сделав Беста известным самым широким партийным кругам.
В начале 1933 г. Вернер Бест вернулся на государственную службу. 13 марта правительство земли Гессен назначило его на должность «статскомиссара по вопросам полиции». Теперь Бест мог приступить к осуществлению своих представлений о народном «государстве, руководимом фюрером». Сохранению и требованиям народа, по его словам, «высочайшей жизненной ценности», следует посвятить все остальные ценности, в том числе и отдельные жизни, которыми, если нужно, можно и пожертвовать»[36]. Тому, кто так думает, нетрудно теоретически узаконить наличие полицейского государства и превентивного заключения. «Всякая попытка создать иную политическую систему, — полагал юрист,-или же только оправдать ее, должна рассматриваться, как проявление болезни, которая угрожает здоровью целого народного организма, независимо от субъективной воли ее переносчика. Политическая полиция, — полагал он, — является организацией, которая внимательно следит за состоянием политического здоровья немецкого народа, своевременно устанавливает каждый симптом болезни, выявляет [...] опасные микробы и всеми доступными средствами ликвидирует их [...], не прибегая к каким-то особым законодательным мерам»[37]. Наряду со знатоком национал-социалистического права Гансом Франком Вернер Бест стал одним из ведущих юристов и специалистов по конституции в Третьем рейхе. Касательно фразы правоведа Карла Шмитта «Фюрер защищает право», Бест выразил свое мнение: «Право творит и изменяет действовавшее до этого право по воле руководства, независимо от того, в какой форме она выражается [...]». Является ли Гитлер высшим выразителем этой воли, действовал ли он при этом справедливо или нет, юриста не интересовало. «Вопроса о справедливости не стояло, стоял вопрос о судьбе» как единственно имеющий значение для истории. В качестве статскомиссара в марте 1933 г. он направил в «Гессенское полицейское ведомство» в Дармштадте самостоятельное управление политической полиции. 10 июля от имперского управляющего в Гессене Бест получил звание «земельного полицай-президента» и тотчас возглавил отдел 1а (полиция) гессенского МВД. В возрасте 30 лет Вернер Бест стал правительственным советником и унтерштурмфюрером СС.