Однако вскоре молодой и прагматично мыслящий полицай-президент поссорился с гессенским гауляйтером и имперским наместником Якобом Шпренгером. Последнему не понравилась та предметно-критическая дистанция, на какой Бест держался относительно различного рода просьб партии. В начале сентября 1933 г. «за непослушание» он был смещен с его должности и уволен с государственной службы. Вновь впавший в немилость специалист по вопросам управления познакомился в это время с Генрихом Гиммлером, который был занят тем, что хотел объединить полицейские управления отдельных земель. Предложение Гиммлера создать такую объединенную имперскую полицейскую службу пришлось по душе Вернеру Бесту. Отныне с рейхсфюрером СС у Беста завязались такие же доверительные отношения, как и с Гитлером. Гиммлер познакомил Беста с оберфюрером СС Рейнхардом Гейдрихом, который, в качестве руководителя «Службы безопасности рейхсфюрера СС (СД)», подыскивал юристов, которые обладали бы специальными знаниями, связанными с управленческой наукой, и могли бы помочь ему при создании еще неоперившейся в 1933 г. СД. Для своего непосредственного начальника Рейнхарда Гейдриха, благодаря исключительным профессиональным знаниям и организаторским способностям, Бест оказался поистине незаменим. Теперь он принадлежал к исключительному кругу молодых интеллектуалов СД, которые, в качестве мыслящих юридическими категориями ученых, должны были возглавить «мировоззренческую борьбу» руководимой партией политической разведывательной службы. Прежде чем возглавить отдел имперской полиции он, находясь в Штутгарте, возглавлял юго-западное управление СД. После этого Бест, которому присвоили звание гауптштурмфюрера СС, согласно пожеланию Гиммлера, предпринял первые шаги к объединению в рамках рейха земельных полицейских управлений. В марте 1934 г. он принял на себя обязанности по организации южного управления СД в Мюнхене. В качестве руководителя местного управления СД он был непосредственно замешан в осуществление акций во время так называемого путча Рема. Хотя меры, которые ему было приказано провести в связи с этой «несчастной датой» 30 июня 1934 г., как отозвался о ней Бест после войны, не соответствовали его представлениям о правовых принципах, будучи «национально мыслящим» юристом, он придерживался «того мнения, что во время чрезвычайного положения, объявленного в государстве, правомерны любые действительно необходимые меры»[38].
В сентябре 1934 г. Вернер Бест, получивший чин оберштурмбаннфюрера СС, последовал за Рейнхардом Гейдрихом в Берлин, чтобы служить в прусском ведомстве государственной тайной полиции — гестапо. В течение следующих пяти лет ему пришлось стать ближайшим, но в то же время самым неудобным сотрудником Гейдриха. В гестапо Бест возглавлял Управление I (администрация и право) и в начале 1935 г., в качестве комиссара, руководил также Управлением III (разведывательная полиция), которое возглавлял до 1939 г. Занимая подобное положение, а также возглавляя отдел административного управления и права созданного в 1936 г. Главного управления полиции безопасности при имперском МВД, Бест теоретически и практически занимался созданием полицейского аппарата Третьего рейха. Хотя гестапо прибегало не только к методам физического насилия, но также действовало как «полиция, контролирующая образ мыслей», желая при этом располагать неограниченными человеческими ресурсами, оно отнюдь не представляло собой для Беста «преступную организацию». Если бы такое определение было справедливо, основываясь на выводах одной из многочисленных апологетических работ Беста, появившихся после войны, его можно было бы назвать «пропагандистской фальшивкой». Ведь, по мнению адвоката методов гестапо и заместителя Гейдриха, действия полиции никогда не были противоправными, поскольку они основывались на приказах начальства, вплоть до высшего руководства: «Пока полиция выполняет волю руководства, она действует согласно закону»[39]. В эти годы в своих многочисленных статьях Вернер Бест оправдывал тоталитарную практику «национал-социалистического государства, руководимого фюрером», включая процесс централизации всей германской полиции, который он называл «огосударствлением»,-объединение полиции с СС, нацеленные на придание полиции статуса государственного института. Бест оправдывал и всемогущество гестапо, которое, являясь одним из независимых инструментов внутреннего управления, осуществляющих власть фюрера, согласно закону, свободно от любого правового контроля и при исполнении «воли фюрера» не требует никакого дополнительного законного подтверждения.