Одновременно с объявлением военного положения в Дании ведомство иностранных дел подняло вопрос о датских евреях. До сих пор Бест проявлял недостаточный интерес к этой проблеме и неоднократно отговаривал руководство от проведения акции в отношении евреев, поскольку такой шаг повредит его политике взаимопонимания с датчанами. Несмотря на это, в январе 1943 г. Бест призвал к «последующему тотальному разрешению еврейского вопроса в Дании» вслед за систематическим отстранением всех евреев от общественной жизни и немецко-датского товарооборота. 8 сентября 1943 г. Бест все-таки предложил имперскому министру иностранных дел фон Риббентропу использовать военное положение для «разрешения еврейского вопроса» в Дании. Имперский уполномоченный в той же телеграмме указал на негативные в политическом отношении результаты такого рода мер. С помощью такой сложной двойной игры, как утверждал Бест после войны, он хотел помешать «реакции евреев». Хорошо известно лишь то, что Бест, после того как 17 сентября 1943 г. Гитлер отдал окончательный приказ о депортации датских евреев, 28 числа того же месяца Бест информировал уполномоченного по вопросам судоходства Георга Фердинанда Дуквица о дате предстоящей акции. Какая причина побудила Беста сделать этот шаг и какую роль сыграл он на подготовительном этапе «еврейской акции» в Дании, как и прежде остается невыясненным. Однако ранние данные указывают на то, что Бест воспрепятствовал проведению «еврейской акции» или, по крайней мере, отодвинул ее на более поздний срок из-за того, что РСХА предоставило ему недостаточное количество полицейских, вследствие чего он опасался, что это повредит успешному проведению операции.
Во всяком случае, благодаря предупреждению Беста относительно «окончательного решения еврейского вопроса», о котором Дуквиц сообщил датским и шведским кругам, оно провалилось. Благодаря помощи датчан в начале октября 1943 г., в результате беспримерной спасательной операции, удалось доставить в Швецию большую часть 7000 евреев. Однако в глазах Вернера Беста цель «еврейской акции» была достигнута: «Начиная с сегодняшнего дня, можно считать, что Дания очищена от евреев»[45], докладывал он 2 октября 1943 г. в Берлин.
Своей гибкой политикой сотрудничества, которую он до того времени использовал и при проведении «имперской линии», Вернер Бест уберег датчан от многих трудностей и неприятностей. На открытое противостояние Бест решиться не мог, однако, принимая собственные меры, он саботировал многие попытки центральных имперских властей повлиять на судьбу этой страны.
В 1948 г. копенгагенский городской суд приговорил Вернера Беста к смертной казни, но уже два года спустя третья инстанция изменила приговор, осудив его на 12 лет. тюремного заключения, и уже в 1951 г. он был освобожден. Вернувшись в ФРГ, он работал в эссенской прокуратуре у своего бывшего соратника Эрнста Ашенбаха. С 1953 г. до начала 1960-х гг. Бест служил юрисконсультом в концерне Стиннеса. Лишь в процессе расследований деятельности бывших ведущих чиновников РСХА в 1969 г. берлинская прокуратура возбудила против него дело по подозрению в участии в карательных действиях «айнзатц-групп» в Польше и арестовала его. Однако после трехлетнего разбирательства в 1972 г. Бест снова был выпущен на свободу в связи с возрастными заболеваниями. В конце 1983 г. высший земельный суд Дюссельдорфа окончательно прекратил судебные разбирательства против него вследствие «неспособности подсудимого принимать участие в судебном разбирательстве».
Идеолог нацистского движения, Вернер Бест собственным примером доказал, что, не отходя от буквы (нацистского) закона, можно служить как фюреру, так и общечеловеческим ценностям. Также не вполне национал-социалистических, а куда более либеральных взглядов придерживался Йозеф Бюркель, известный как «красный гауляйтер».