В системе конкурирующих между собой внутрипартийных властных группировок Третьего рейха автократические устремления и представления Бюркеля о примате политики неизбежно столкнулись с претензиями на руководящую роль со стороны гиммлеровских СС, которые были созданы как государство в государстве. Но как СС, так и зависящее от них гестапо являлись для Бюркеля всего лишь вспомогательными организациями партии в борьбе за сохранение власти. Как результат у него оказалось недостаточно полномочий, необходимых для борьбы с политическими противниками и решения вопросов, связанных с немецкой народностью. В то же время занимавшему неустойчивое положение Бюркелю как главе гражданской администрации в Лотарингии приходилось считаться с руководством СС, поскольку оно, являясь высшим органом надзора, могло отдавать распоряжения высшему руководителю СС и полиции, а также шефу полиции безопасности и СД.
Конфликт между Бюркелем и СС, похоже, определялся тремя факторами. Это была антипатия к основанному на расово-биологических идеях отбору и элитарному принципу СС, который противоречил его представлению о немецкой народности; личная неприязнь к рейхсфюреру СС Генриху Гиммлеру и, наконец, отрицание СС как элитарной и жаждущей власти партийной клики. Резкую критику со стороны кругов СС вызвала защита Бюркеля со стороны лишь одного офицера вермахта, назвавшего СС пошлой полицейской бандой, а также ограничение полномочий СС при их преследовании противников. Несмотря на противодействие гестапо, Бюркель освободил в Вене почти тысячу заключенных тюрем и концлагерей. В 1941 г. он воспрепятствовал заключению в лагерь будущего французского министра иностранных дел Роберта Шумана, а в 1942 г. отменил распоряжение обергруппенфюрера СС Мюллера из РСХА об отправке в концлагерь арестованных лотарингских партизан. Начиная с 1942 г. Бюркель, должно быть, все чаще выступал с критикой акций СС, а летом 1944 г. осудил проведение бессмысленных укрепительных работ в Вестмарке, который стал театром военных действий. Из-за подобных «разногласий с имперским руководством», как рассказывала впоследствии жена Бюркеля, в сентябре 1944 г. партийная канцелярия освободила его от всех постов, что, вероятнее всего, 28 сентября того же года довело его до самоубийства. Несмотря на все несуразицы, связанные с точными обстоятельствами его смерти, можно сделать определенный вывод. Ослабленный болезнью красный властелин Вестмарка больше не вписывался в политический ландшафт и был не в состоянии противостоять интригам и планам лишить его полномочий, затеянным недругами.
После смерти Бюркеля партийная печать назвала его убежденным типом национал-социалистического «антибонзы», каковым он, пожалуй, и являлся. Будучи популистом в социальных вопросах, он умел как чувствовать «антикапиталистические настроения» масс, так и выражать скрытый пролетарский национализм. Будучи убежденным защитником национал-социалистической модели общества, он в то же время находился в явной конфронтации по отношению к промышленности, а также католической церкви, что не вызывало к нему симпатий. В результате выигранных им референдумов в Сааре и Австрии Бюркель стал одним из могущественнейших гауляйтеров НСДАП, автократические тенденции и регионалистская ориентация которого противоречили национал-социалистическому централизму и укрепляли обособленность региональных структур. Завоевывая симпатии рабочего класса, он проводил активную социальную политику, подавлял деятельность гестапо и проводил сравнительно умеренный курс при решении «еврейского вопроса». Видная фигура, Бюркель выступал против занятия партией государственных структур. Что касается его внутрипартийных отношений, то его автократическое стремление к власти вступало в противоречие с СС, в компетентности которых в вопросах руководства он сомневался. В то же время Бюркель был верным вассалом Гитлера и важной движущей силой модели национал-социалистического государства, руководимого фюрером. Благодаря успешному проведению референдумов в Сааре и Австрии он решительным образом способствовал внутриполитической стабилизации национал-социалистического режима.