После того, как его друг Пфеффер фон Заломон порвал с Гитлером и оставил свой пост верховного фюрера СА, Вагенер продолжал оставаться начальником штаба СА, став вторым лицом (после Гитлера) в руководстве этой военизированной организации партии. Когда возникали напряженные отношения между СА и Гитлером, Отто Вагенер неизменно вставал на сторону вождя партии, под политическим руководством которого находились штурмовые отряды. Пребывая в должности начальника штаба СА, он все больше интересовался экономической политикой НСДАП. Вопросами экономики он интересовался давно и разработал ряд теорий, которые хотел увидеть использованными партией. После того, как Гитлер убедил Эрнста Рема, вернувшегося в начале 1931 г. из Боливии, занять пост начальника штаба СА, Вагенер попросил, чтобы его направили в аппарат руководства партией с тем, чтобы он смог заняться вопросами экономики. Гитлер пошел ему навстречу, и Вагенер принялся за создание так называемого экономическо-политического управления, которое он сам и возглавил. В 1931 г. ЭПУ стало издавать экономический еженедельник «Экономическо-политическая служба печати», который должен был знакомить партийных чиновников с вопросами экономики. В начале 1932 г. Вагенеру удалось привлечь Вальтера Функа, шеф-редактора экономического отдела «Берлинской биржевой газеты» к редактированию своего информационного бюллетеня. Вагенер рассматривал этот печатный орган как штаб планирования, задача которого состояла в том, чтобы выработать экономическую политику будущего национал-социалистического государства. Готтфрида Федера, экономические идеи которого вначале оказали влияние на Гитлера, он презирал. В книге «Моя борьба» фюрер с похвалой отозвался о Федере, а его работу, где тот комментировал партийную программу, назвал «катехизисом национал-социализма». По мнению Вагенера, Готтфрид Федер был чересчур высокого мнения о себе, был безнадежным путаником и своими идеями создавал помехи национал-социализму.
Чтобы поставить на службу партии работы теоретиков экономики и разработчиков экономической политики, Отто Вагенер пытался добиться доверия со стороны Гитлера. Этому способствовало то обстоятельство, что его контора оказалась поблизости от «Коричневого дома», куда в начале 1931 г. переехала главная штаб-квартира партии. Там он имел возможность встречаться с фюрером. Не имевший семьи и располагавший известными средствами, Вагенер мог сопровождать Гитлера в его поездках по Германии. Таким образом он оказался в свите фюрера и имел возможность вести с ним продолжительные беседы, которые он впоследствии воспроизвел в своих мемуарах. Он разделял многие предрассудки Гитлера, в том числе склонность к экономической автаркии и фанатический антисемитизм — области, где взгляды обоих совпадали. Областью, где их воззрения отличались, была внешняя политика. Как отмечал в своих мемуарах Вагенер, он выступал против планов Гитлера захватить Россию, а также был склонен привлечь Англию на сторону Германии в качестве союзника или, по крайней мере, в случае войны заставить ее соблюдать нейтралитет.