Жажда знания была у него столь велика, что часто, оставаясь в прямом смысле слова без куска хлеба, он на последние деньги покупал интересующую его книгу, которую читать мог только ночью. Зарабатывал же деньги он тем, что после занятий давал уроки отстающим ученикам.
Но чем взрослее становился Николай, тем всё обостреннее стал чувствовать бессмысленность этой жизни. Для себя жить нет смысла, для других также, ибо смерть и полное уничтожение личности — удел всех. Зачем же тогда живет человек? В философии каждый философ дает свой ответ, и кому же верить?
Разуверившись и в науке, и в философии он поступает в ПсихоНеврологический институт в Петрограде, надеясь там найти ответ на вопрос о сущности человека. Но здесь его постигло разочарование еще большее, нежели в реальном училище. Окончив первый курс, он вышел из института. Наступил окончательный духовный кризис. Борьба была столь тяжелой, что стала приходить мысль о самоубийстве.
И вот, однажды летом 1915 года, когда Николай впал в состояние близкое к полному отчаянию, у него как молния промелькнула мысль о детских годах веры: а что, если действительно Бог есть? Должен же Он открыться! И Николай, неверующий, от всей глубины своего существа воскликнул: «Господи, если Ты есть, то откройся мне! Я ищу Тебя не для каких–нибудь земных, корыстных целей. Мне одно только надо: есть Ты, или нет Тебя?» И… Господь открылся.
«Невозможно передать, — рассказывал батюшка, — то действие благодати, которое убеждает в существовании Бога с силой и очевидностью, не оставляющей ни малейшего сомнения у человека. Господь открывается так, как, скажем, после мрачной тучи вдруг просияет солнышко: ты уже не сомневаешься, солнце это или фонарь кто–нибудь зажег. Господь так открылся мне, что я припал к земле со словами: «Господи, слава Тебе, благодарю Тебя! Даруй мне всю жизнь служить Тебе! Пусть все скорби, все страдания, какие есть на земле, сойдут на меня — даруй мне все пережить, только не отпасть от Тебя, не лишиться Тебя»!
Так, в какое–то мгновение совершился поразительный переворот в его душе, произошло невероятное, явное чудо. Но оно было не просто действием Бога, а Его естественным ответом на искренние, с напряжением всех сил, искания молодого человека.
В 1917 году он поступает в Московскую Духовную Академию. Но через два года занятия в Академии прекратились. Затем в Вышнем Волочке он преподает математику в средней школе, откуда его увольняют за отказ работать на первый день Пасхи. После этого переезжает в Москву и устраивается псаломщиком в Борисоглебском храме, откуда вместе с настоятелем Феофаном (Семеняко), возведенном в сан епископа, переехал в Минск. Там 23 марта (ст. ст.) 1931 г. принимает монашеский постриг с именем Никона и рукополагается во иеродиакона и иеромонаха тем же епископом. В 1933 г. 23 марта (в день пострига) о. Никон был арестован и сослан на каторгу в сибирские лагеря на пять лет строить Комсомольск–на–Амуре. Чудом, по его словам, вследствие зачета рабочих дней, был освобожден в 1937 году.
Возвратившись из лагеря, устроился на работу в Вышнем Волочке у знакомого врача в качестве универсальной прислуги, где ему пришлось пройти еще один курс тяжелой науки терпения, поскольку жена врача Александра Ефимовна и ее сестра Елена Ефимовна, будучи ярыми атеистками, открыто глумились над верой, саном и монашеством о. Никона. Однако их насмешки кончились тем, что они не только отвергли свою веру в атеизм и стали искренними христианками, но одна из них даже приняла тайный монашеский постриг.
С открытием церквей батюшка приступил к священнослужению. В 1944 г. епископом Калужским он был назначен настоятелем Благовещенской церкви г. Козельска, где служил до 1948 года. Здесь он жил на квартире у одних Шамординских монахинь и вел строжайший подвижнический образ жизни. В 1948 году после ряда переводов по разным местам отец Никон был направлен настоятелем в захудалый в то время приход — в г. Гжатск (ныне Гагарин) Смоленской области.
Он очень любил служить. Кроме воскресных дней, как это было до него, ввел в обязательном порядке служение Литургии в среду, пятницу и субботу. Совершал богослужение просто, сдержанно, естественно. Запретил кому бы то ни было стоять в алтаре (за что мужички на него здорово обиделись). Во все воскресные и праздничные дни неукоснительно проповедовал. Сила его слова была широко известна. При назначении его в Гжатск местные власти были предупреждены, что к ним едет активный проповедник, способный влиять на народ. Говорил он горячо, от всей души. Основные его мысли: необходимость познания своего падшего состояния, видения своей греховности и покаяния, ибо только это приводит к спасительному смирению, которое только порождает истинную, немечтательную христианскую любовь. Он был смелым и умным человеком. С одной стороны, он никогда не затрагивал никаких политических тем в проповедях, в то же время без боязни вычеркивал из патриарших Рождественских и Пасхальных посланий всю, как он выражался, политическую мишуру. Запустелый до него храм стал наполняться верующими. Он не позволял петь на Запричастном каких–либо концертов. Запрещал некоторые Херувимские, Милость мира и другие песнопения, говоря, что это беснование перед Богом, а не молитва.