Мишель и его «прекрасная незнакомка» принимали у себя высший свет Ажена в лице Жюля Сезара Скалигера и его друзей, также образованных людей. Среди них заслуживает упоминания молодой профессор Филибер Саразен, чей старший сын, названный в честь ученого друга и покровителя Скалигером, уже ходил в школу. Саразен принадлежал к числу новоявленных «лютеров», как называли поклонников немецкого реформатора, но Мишелю были гораздо важнее его познания древних текстов, чем религиозные взгляды.
Оноре Буш рассказывает в своем исследовании по истории Прованса, что местные нотабли, которым однажды сообщили, что Скалигер и Нострадамус собираются покинуть Ажен, пришли к ним и предложили ученым ценные подарки, чтобы те остались в городе. Оба врача, пожилой и молодой, отклонили дары со словами, что если отцы города желают одарить кого-либо, то лучше пусть одаривают больных, инвалидов и обездоленных. Этот ответ вызвал восхищение у горожан, и на следующий день обоих врачей торжественно пронесли по улицам на руках. Этому анекдоту, красивому и трогательному в своем гуманизме, вряд ли можно верить. Учитывая особенности характера Скалигера, можно утверждать наверняка, что он вряд ли допустил бы возвышение Нотрдама на ту же высоту, на которой стоял сам.
Тем временем у Мишеля родились двое детей, мальчик и девочка (их имен мы также не знаем). Он вел обширную врачебную практику. К молодому эскулапу часто обращались за помощью влиятельные горожане, и его часто видели верхом на муле – именно эти недорогие, смирные и выносливые животные служили транспортным средством для поездок врачей к больным.
Достоверные источники, найденные в архивах, рассказывают, что в начале 1538 года Нотрдам и Скалигер попали в поле зрения инквизиции Тулузы (той самой Тулузы, которая, как мы помним, славилась своим религиозным консерватизмом). Скалигер оказался скомпрометированным в связи с делом Филибера Саразена – протестанта, не скрывавшего своих взглядов. Инквизиция Тулузы именем короля Франциска I отрядила в Ажен одного из своих самых грозных следователей для сбора сведений о взглядах Саразена и его благонадежности. Скалигер подвергся допросу, на Мишеля Нотрдама также пало подозрение.
Монах-доминиканец Луи де Роше по прозвищу Рошето был Великим инквизитором в землях Лангедока и герцогстве Гиень с постоянной резиденцией в Тулузе. На него возлагалась задача выявления и искоренения среди аженцев «лютерской ереси». Рошето прибыл в Ажен в конце февраля, и уже первая его проповедь в церкви святой Фебады носила угрожающий характер. Он призвал паству доносить на соседей и друзей, высказывающих еретические (с точки зрения римской церкви) взгляды. Как всегда в подобных обстоятельствах, в добровольцах не было недостатка. Большое число доносчиков высказало желание свидетельствовать перед выездным судом инквизиции. Все эти устные доносы были тщательно зафиксированы в документах, которые ныне хранятся в архивах Аженского епископства. В ходе расследования, проводившегося в Ажене с 6 марта по 30 апреля 1538 года инквизитором Рошето, три монаха местного францисканского монастыря дали показания против Нострадамуса. Они сообщили, что в 1533 или 1534 году он в их присутствии произносил речи против образов Христа и святых и их почитания.
Подробный рассказ об «антикатолических» выпадах Нострадамуса выглядит следующим образом. Ажен являлся важным центром сельскохозяйственной торговли, и рыночная площадь всегда была оживленной. Где лавки – там и балаганчики с развлечениями. Однажды Мишель де Нотрдам, заинтригованный особенно крупным скоплением народа у стены монастыря августинцев, с трудом протиснулся сквозь толпу, чтобы посмотреть, кто же ее собрал. Героем дня был молодой послушник, который разливал расплавленный свинец в приготовленные формы. После охлаждения глазам зевак предстали свежеотлитые фигурки Богоматери. Еще через мгновение статуэтки пошли на продажу; монах уверял покупателей, что, купив статуэтку, добрый христианин получает благословение самой Девы Марии. Мишель прервал монаха-ремесленника: «А знаете ли вы, брат мой, что, делая подобные изображения, вы изготовляете только идолов? Я рекомендую вам изучить послания апостола Павла». Эта отсылка к апостольским посланиям, направленным против язычества и идолослужения, была прямым выпадом против культа святых, в данном случае – Богоматери, чье прозвание (Notre Dame), по иронии судьбы, носил сам иконоборец. В другой раз Нотрдам заявил, что, будь на то его власть, он бы выкинул из храмов все иконы. Таким образом, Нотрдам открыто заявил о своей симпатии, если не сказать больше, к зарождающемуся протестантизму. Отметим, что в то время он был близок к Скалигеру и Саразену, которые разделяли идеи нового вероучения, как, впрочем, и немалая часть французских интеллектуалов той эпохи. «Подрывные» речи произносились Нотрдамом в период относительной терпимости королевской власти к новым реформационным идеям; поэтому в тот момент они не имели никаких негативных последствий для молодого врача. Однако в 1538 году ситуация изменилась, и дознание могло кончиться для Нотрдама очень печально.
Против Филибера Саразена также были получены показания; многочисленные доносчики уличили его в том, что он проповедовал учение Лютера о свободе воли человека. Его обвинили и в том, что он переводил книги Эразма Роттердамского. Хотя они отнюдь не запрещались во Франции, инквизиторам этого было достаточно, чтобы отдать приказ об аресте Саразена. Однако, когда в его двери постучали, молодой доктор, имевший неосторожность увлечься модными религиозными идеями, уже сбежал.
История с дознанием породила раскол между Скалигером и Нотрдамом. Впоследствии, когда Нотрдам прославился на всю Европу и получил поддержку королевской семьи, Скалигер обрушился на него со злобными эпиграммами доносительского и даже антисемитского характера: