Семья, в которой родился будущий предсказатель, хоть и исповедовала христианство, была еврейской по происхождению. Предки Нострадамуса происходили от испанских евреев-сефардов, еще в XV веке бежавших от погромов и притеснений в веротерпимый папский город Авиньон во Франции. Там предки Мишеля приняли католичество, а вместе с ним – фамилию Нотрдам в честь Богоматери (Notre Dame). Его сын Пьер был уважаемым в Авиньоне негоциантом. Там, в процветающем Авиньоне, городе Петрарки, и был заложен фундамент семьи Нотрдамов. Подобно многим своим соотечественникам в те годы, Нотрдамы благодаря оживившейся торговле поднялись из рядов простых горожан до звания «благородных» (gentilhommes), что позволило им добавить к фамилии дворянскую приставку «де».
Старший из семерых детей Пьера Жом (Жайме), по-французски называвшийся Жаком, тоже занялся коммерцией. Женившись на дочери врача из Сен-Реми, он осел в этом тихом провансальском городке, названном в честь святого Ремигия, который некогда обратил в христианство первого короля франков Хлодвига. Немного отстав от отца, Жом стал отцом пяти сыновей, сделавших успешную карьеру в торговле, военном деле и юриспруденции. Адвокат Жан де Нотрдам к 1552 году стал прокурором парламента Экса, Антуан исполнял должности прокурора и консула в родном Сен-Реми. Эктор, Бертран, разбогатев на торговых предприятиях, приобрели поместья в окрестностях города. Один лишь Мишель пошел по стопам предков матери, избрав своей профессией медицину. Семейство Сен-Реми, сделавшее своей фамилией название города, занималось врачеванием уже несколько поколений. Дед Нострадамуса Жан де Сен-Реми, согласно легенде, был лейб-медиком герцога Калабрии, а его более отдаленный родственник Пьер Абрагам Соломон занимал должность личного врача знаменитого графа Рене Прованского – последнего независимого правителя края. Стоит отметить, что по отцу Нострадамус, по некоторым данным, принадлежал к иудейскому колену Иссахара – пятого сына патриарха Иакова от Лии. Традиция приписывала этому древнему роду особый пророческий дар.
Во Франции, несмотря на в целом лояльное отношение государства, крещеные евреи испытывали определенные трудности. Будучи подозреваемыми в том, что они остались верны религии предков, новообращенные христиане вынуждены были постоянно доказывать обратное. В некоторых храмах для них строились специальные входы; в Провансе крещеные евреи обязаны были платить особый налог. Как показывают архивные документы, отец Нострадамуса Жак де Нотрдам был одним из трех выкрестов Сен-Реми, обложенных таким налогом. Отношение простонародья к «новообращенным» долгое время оставалось, как правило, негативным. В ходу было оскорбительное прозвище retaillon («обрезок», в смысле «обрезанный»), распространенное до такой степени, что парламент Экса, орган местного самоуправления Прованса, в 1542 году принял особый закон, угрожающий серьезным наказанием тому, кто осмелится назвать «обрезком» или «марраном» еврея, принявшего святое крещение. В первый раз виновному урезали язык, во второй – секли до крови, а в случае нового рецидива подвергали смертной казни через повешение с конфискацией имущества.
Благожелательное отношение местной власти позволило многим «новым христианам» добиться устойчивого положения в провансальском обществе. Уже в 1511 году семья Нотрдамов разбогатела настолько, что смогла купить дом в центре Сен-Реми. Примерно тогда же Мишель отправился в начальную грамматическую школу. В таких школах, где один и тот же педагог – как правило, регент церковного хора – вел все предметы, дети вызубривали латинские псалмы, часто не понимая их смысла. Школьники учились также письму, счету и хорошим манерам. Образование было довольно посредственным, поэтому родители побогаче нанимали своим чадам домашних учителей.
Отец сочувственно отнесся к желанию Мишеля продолжить образование и осенью 1518 года отправил сына в Авиньон, находившийся всего в пяти лье от Сен-Реми. На факультете искусств тамошнего коллежа он получил среднее образование. Учеба в коллеже длилась около трех лет. Привычную зубрежку латинских гимнов здесь дополнило изучение «свободных искусств» – наследников классического античного образования. Это были тривий (грамматика, риторика, диалектика) и квадривий (геометрия, арифметика, астрономия, музыка), к которым христианская эпоха прибавила теологию – Священное Писание и каноническое право. Грамматика и риторика, «искусство красноречивого убеждения», были сходны с современной филологией, а диалектику в дальнейшем заменила логика – с уклоном больше в философию, чем в ораторское искусство.
Система образования в Авиньоне была достаточно либеральной. Порка полагалась лишь за серьезные провинности, и молодежь в полной мере наслаждалась свободой от семейной опеки. Регулярные пирушки, шалости и общение с местными девицами скрашивали досуг авиньонских школяров, которые снискали сомнительную славу самых недисциплинированных во всех французских землях – они охотнее ходили на танцы, чем на занятия.