Преступления Мюллера должны быть упомянуты, поскольку они и составляют его биографию. 20 января 1942 г. Мюллер находился среди 15 высших нацистских руководителей, присутствовавших на конференции, где принималось решение по еврейскому вопросу, а осенью 1942 г. Гиммлер поручил именно Мюллеру создать собственную систему концлагерей для уничтожения восточных евреев. Мюллер старался. В январе 1943 г. из Голландии было вывезено 45 тыс. евреев, из Берлина 3 тыс., из Белостока 30 тыс. и 10 тыс. из Терезиенштадта – для отправки их в газовые камеры Аушвица. В июне 1943 г. Мюллер был направлен в Рим, чтобы выяснить причины, позволившие итальянским евреям избежать арестов. Гиммлер поручал ему многие «деликатные операции», где требовался человек, не обремененный совестью и другими признаками человечности. Одним из первых «успехов» Мюллера было дело Бломберга-Фрича, также ему принадлежит разработка и осуществление провокационной операции в Глейвице, он же руководил расследованием деятельности подпольной организации «Красная капелла». Круглый администратор и функционер до мозга костей, Мюллер жил и работал ради бумажных дел, статистики, докладных и своего любимого занятия – тайных многоходовых операций. Похоже, чувство собственной незаменимости для нации было ему настолько необходимо, что задумываться о характере действий своего командования он долго считал невозможным. Когда перед 2МВ Мюллер расхваливал порядки в СССР, он знал что говорил. Высшему руководству гитлеровского рейха он затем понадобился именно как специалист по коммунизму, каковым стал по должности и профилю работы в 1920-х гг. в Мюнхенской полиции, где позже как отличный специалист и ревностный работяга был замечен Гиммлером. И взят в центральный аппарат СД и гестапо в Берлин. Именно Мюллер стал первым наставником своих прямых начальников в РСХА по вопросам марксизма, истории и жизнедеятельности российских большевиков, немецкой компартии, Коминтерна, сталинского ЦК, НКВД – он диктовал своей секретарше и любовнице Барбаре Х. рефераты по теории и практике мирового коммунизма, которые старательно штудировались Гиммлером и Гейдрихом.
Мюллер исчез из поля зрения «своих» в первых числах мая 1945 г., в ходе поражения Германии, и дальнейшая его судьба неизвестна. Некоторые немецкие офицеры, побывавшие в советском плену, утверждали по возвращении на родину, что Мюллера видели в Москве. Если верить утверждениям Вальтера Шелленберга, то Мюллеру удалось воспользоваться делом «Красной капеллы», которое он вел с целью установить контакт с советской разведкой и перейти к ней на службу к моменту краха Третьего рейха (эти же источники утверждают, что Мюллер умер в Москве в 1948 г.). По альтернативным данным, Мюллер перебрался в Чили к Мартину Борману. Были и иные утверждения, например, что Мюллер был убит во время боев в Берлине или что его якобы видели в Бразилии и Аргентине среди бежавших военных преступников. Только в 1973 г. его имя вошло в список наиболее важных разыскиваемых нацистских преступников, когда усилия по его поискам многих разведок мира стали очевидны общественности.
Шеф тайной полиции был большим любителем до предела запутанных комбинаций. По утверждениям всех без исключения коллег, он был гением сыска и блестящим знатоком шахмат. Исключительно неутомимый (даже для немца) работник, он проводил на работе обычно семь дней в неделю, при этом всю жизнь довольствовался законным жалованием, ни разу не польстившись на взятку. Мюллер, без преувеличения, был самым ценным солдатом рейха. Количество же его преступлений против других народов не поддается точному подсчету. Собственно, в 1943 г. ему, обладавшему мощным аналитическим умом, помнившему имена и фамилии тысяч своих осведомителей и биографии сотен людей, более других было понятно, что война проиграна, когда Гитлера еще кормили байками об успехах на фронтах. Мюллер знал, кто и для чего развязал эту войну и какую роль в ней выполняла немецкая нация.
В последние дни войны, в мае 1945 г., Мюллер находился в берлинском бункере, рядом с фюрером, и был полон решимости сопротивляться советским войскам до конца. А перед самым поражением, по свидетельствам плененных затем нацистских лидеров среднего звена, вел себя весьма достойно. Когда в глазах остальных нацистских преступников, включая вождя, не было ничего, кроме животного страха, Мюллер появился в бункере в парадном белом кителе – летней форме, которую вообще надевали крайне редко. Он был совершенно спокоен и неоднократно заявил сослуживцам, что не позволит русским казнить его, а покончит жизнь самоубийством. Ранее, при последней встрече в конце апреля 1945 г. со своей любовницей (также после капитуляции дававшей свидетельские показания), Г. Мюллер вручил ей капсулу с ядом, заявив, что такую же приберег для себя.