Когда аппарат СМЕРШа занялся идентификацией нацистского командования среди пленных и убитых, а также поисками пытавшихся скрыться, Мюллер куда-то пропал. Чуть позже было обнаружено обезображенное тело мужчины в белом кителе, в кармане которого нашли удостоверение на имя Генриха Мюллера, руководителя гестапо. Однако проверка выявила несколько странностей, заставивших прийти к выводу, что тело не принадлежит Мюллеру. Мюллер был очень осторожным человеком. Сохранилось меньше десятка фотографий, его запечатлевших, и всего несколько кинохроник. В отличие от своих коллег он никогда не присутствовал на парадах и других освещаемых мероприятиях, своевременно изымал все свидетельства у фотографов и кинооператоров. В свое время он даже отказался сделать под мышкой татуировку SS, которую делали все коллеги. В лицо Мюллера не знали даже немцы, за исключением его непосредственных подчиненных и начальников. Он хорошо подготовился к своему исчезновению в конце войны, но, похоже, допустил совсем маленькую оплошность в своей изощренной комбинации. Любовница, как и ожидалось, не покончила с собой, да оказалась и достаточно наблюдательной. Она рассказала, что Мюллер в ее присутствии сжег все свои документы, которые ему уже были не нужны, и среди этих документов было его удостоверение личности. Мюллеру, в распоряжении которого был отдел, изготавливающий поддельные документы и бумаги, ничего не стоило сжечь на глазах любовницы дубликат удостоверения, в то время как оригинал он должен был вложить в карман белого парадного кителя.
Сразу после победы было объявлено, что Мюллер мертв, но спецслужбы ведущих держав в обстановке строгой секретности наперегонки начали его поиски еще до Нюрнбергского процесса. Он не был опознан в мертвом человеке, его не было среди пленных, он не вышел на контакт ни с одной разведкой мира. При этом можно было не сомневаться, что Мюллер прекрасно осознавал свою ценность для любой из сторон-победительниц, и после разыгранного им спектакля с инсценировкой самоубийства он вполне мог рассчитывать на то, что его могли пощадить (под покровом «легенды» о мертвом Мюллере) с целью получить от него множество ценных сведений. Учитывая, что Мюллер по долгу службы вел слежку даже за людьми из окружения Гитлера, отдавая распоряжения прослушивать их телефоны и проверять корреспонденцию, а данные из своего портфеля представлял всегда напрямую фюреру, можно представить, сколько он знал.
Утром 25 сентября 1963 г. на Кройцбергском военном кладбище в Западном Берлине по распоряжению прокуратуры была вскрыта могила; надпись указывала, что в могиле покоится Генрих Мюллер, погибший в уличном бою в Берлине в 1945 г. Обнаружилось, что в могиле находились останки трех человек, ни один из которых не являлся Генрихом Мюллером.
Безусловно, если бы Мюллера пленили американцы или англичане, его шансы на долгую и неизвестную жизнь в «золотой клетке» были бы минимальны. В странах, где развиты СМИ (таковыми и тогда были США и Англия), невозможно обеспечить скрытое содержание одного из главных преступников человечества. Достаточно было утечки информации о том, что Мюллера скрывают власти, чтобы разгорелся колоссальный международный скандал, а представители высшей власти полетели бы со своих постов. Естественно, Мюллер не мог рассчитывать в США и Англии на большее, чем на смертную казнь после долгих допросов.
Мюллер, возможно, посчитал себя достойным лучшей судьбы, чем самоубийство по причине бездарных действий Гитлера. Достоверно известно, что перед самым поражением и в ходе заключительных майских боев некоторые нацисты бежали в Латинскую Америку, воспользовавшись каналами католической церкви. Бывшие католики использовали эту возможность, поскольку у Ватикана были определенные неприкосновенные пути между монастырями, в основном морские. Мюллер был ревностным католиком, и даже став высшим офицером СС, не отказался от церкви.
Когда советские части уже вели наступательные бои на окраинах Берлина, с одной из центральных улиц города поднялся в небо легкий одномоторный самолет, который взял курс на юг, успешно проскочив на малой высоте над позициями русских, не ожидавших ничего подобного. Позже удалось выяснить, что южнее он совершил посадку, а из кабины вышел человек в форме офицера люфтваффе. Далее следы пилота затерялись.