Макаров провёл с командирами несколько совещаний, выпустил простую и ясную "Инструкцию для похода и боя", равную боевому уставу. Впервые в русском флоте заговорил о "мерах секретности", выдвинул идею радиоразведки. С помощью своего старого товарища капитана 2-го ранга К.Ф. Шульца, изобретателя первого в мире минного трала, Макаров создал в Порт-Артуре тралящий караван.
Ещё он продолжил работы, начатые его предшественником адм. Старком по профилактическому затоплению на подступах к гавани торговых судов, создавая искусственный фарватер, чтобы затруднить Того его "закупорочные" операции.
Продолжил Макаров и ночные рейды миноносцев. Едва обосновавшись на "Петропавловске", он выслал в море отряд миноносцев капитана 1-го ранга Н.А. Матусевича. В ходе неожиданного ночного боя был повреждён японский миноносец, русским же удалось вернуться в базу с "моральной победой". Но следующей ночью так гладко всё не закончилось: утром 10 марта в японскую засаду попали два русских миноносца "Решительный" и "Стерегущий". Повторилась история с "Внушительным" и "Бесстрашным", случившаяся всего две недели назад. Пользуясь преимуществом хода (у "Стерегущего" были неполадки в машинах) "Решительный" (капитан 2-го ранга Ф.Э. фон Боссе) бросил напарника на произвол судьбы и "прорвался" в Порт-Артур, предоставив лейтенанту А.С. Сергееву самому разбираться с проблемой в виде неисправной машины и четырёх японских миноносцев. Сергеев вскоре был убит, флаг команда не спускала, отражая атаки вражеских кораблей чем могла.
На выручку "Стерегущему" бросился сам Макаров на быстроходном "Новике", приказав "Баяну" идти следом.
– На "Новике"! Флаг на "Новике"! Ну, чёрт возьми, это уж слишком!
– кричали многочисленные зрители.
Разумеется, пока адмирал прибыл к месту боя, то застал там только несколько пузырей от затонувшего храброго миноносца и ни с чем вернулся. Поступок же его, "личный пример", произвёл самое сильное впечатление на порт-артурских моряков. Капитан 2-го ранга фон Боссе был представлен к ордену Св. Георгия 4-й степени- "за прорыв сквозь неприятеля в свой порт", и 9 июня удостоился обеда у государя.
В ночь на 27 марта Макаров лично возглавлял отражение атаки японских брандеров, подняв флаг уже на канонерской лодке "Бобр".
Начальником штаба флота адмирал назначил контр-адмирала М.П. Моласа, освободив его от командования отрядом крейсеров. Вместо него из Владивостока вызвали Н.К. Рейценштейна. На место младшего флагмана вместо контр-адмирала кн. П.П. Ухтомского из Шанхая был вызван капитан 2-го ранга Н.А. Кроун. Но самым скандальным назначением стало назначение командира "Новика" капитана 2-го ранга фон Эссена командиром броненосца "Севастополь"!
Поводом стал пробный выход эскадры 27 марта. Макаров в этот раз решил поманеврировать, приказал всем увеличить ход до 16 узлов, и очень скоро "Пересвет" врезался в корму "Севастополя".
Оба броненосца получили повреждения- не столь значительные, как два первых, но на "Севастополе" теперь нужно было менять винты, лопасти которых были погнуты и вдавлены в корму. Эскадра стала слабее ещё на два броненосца.
Случившееся обсуждалось на общем собрании. Виноват оказался командир "Севастополя" капитан 1-го ранга Н.К. Чернышов. Макаров на попытки оправданий лишь сказал:
– И с такими командирами мне приходится идти в сражение!
и списал своего старого врага на берег, заменив его 44-летним фон Эссеном.
Это назначение вызвало резкий протест адм. Алексеева, который на роль командира "Севастополя" планировал оставшегося не у дел капитана 1-го ранга А.А. Эбергарда. Макарову в ходе тяжелейшего разговора с Главнокомандующим и в.к. Кириллом Владимировичем, приехавшими тогда в Порт-Артур, удалось отстоять фон Эссена, и это был уже окончательный разрыв между двумя адмиралами.
Много сил заняла и борьба с генерал-лейтенантом А. М. Стесселем, начальником сухопутной обороны Квантунского полуострова и генерал-майором К.Н. Смирновым, комендантом крепости Порт-Артур. Макаров требовал подчинения коменданта крепости командующему флотом- дело неслыханное в русских вооруженных силах. Энергичному адмиралу удалось и тут добиться своего, но "антисевастопольский" принцип просуществовал недолго, и вскоре все корабли эскадры подчинились сухопутному командованию.
В общем, деятельность адм. Макарова в марте 1904 года может быть охарактеризована как "антикризисная". Ему удалось в самый короткий срок принять самые энергичные меры по выводу Тихоокеанской эскадры из той прострации и жесточайшей депрессии, куда она скатилась было, получив японских торпед.