Японцы начали издалека. К лету 1903 года основные военные приготовления были уже закончены, теперь нужно было искать предлог. В июне 1903 года возник "Корейский кризис", когда японские дипломаты неожиданно потребовали пересмотра всех существующих соглашений между Петербургом и Токио по разделу сфер влияния в Корее и в Манчжурии.
12 августа 1903 года Наместником областей Дальнего Востока стал адмирал Алексеев, который сразу же попал в самую гущу этого кризиса. Его положение было незавидным. Недостаточно высокий ранг Наместника Е.И.В. не позволял ему самому вести переговоры от имени России, а достаточно высокий ранг Наместника Е.И.В. не позволял оставаться от них в стороне. Японские предложения, передаваемые в русский МИД через японского посла графа Курино, а через министра В.Н. Ламсдорфа- императору, потом пересылались из Петербурга в Мукден, где адмирал изучал их и составлял ответ, который отправлял в Петербург на "высочайшее благовоззрение". Рассмотрев проект ответа Алексеева, император вносил (или не вносил) поправки, и, теперь, уже через Ламсдорфа, снова отсылал его в Мукден по линии МИДа, для передачи русскому послу в Японии барону Розену, который лично информировал японское правительство.
Япония трижды выдвигала претензии к России, Алексеев трижды отвечал, во всех вопросах идя на уступки, ещё не затрагивающие чести России как державы. Да, адмирал трижды разрабатывал эти проекты, в которых нет ни намёка на желание унизить Японию – лишь не допускалось её вмешательство в манчжурские дела, отстаивалась свобода плавания русских судов вдоль берегов Кореи, возражалось против намерения Токио использовать корейскую территорию в военных целях. Во всех остальных вопросах Корея безусловно признавалась зоной японских интересов.
То, что Токио неизменно отвергал все "формулы", предложенные Алексеевым, последний нисколько не был виноват. В последующие годы к старому адмиралу, 40 лет честно прослужившему России, прочно пристали титулы "побочного сына Александра II, невежественного царского вельможи, тупого душителя всякой инициативы и пр". Генерал Куропаткин даже обвинил его в преднамеренном обострении русско-японских отношений. А факты говорят об обратном! Если Евгений Иванович, порождение "цензовой" системы, господствовавшей в Русском Флоте, не отличался блестящими умственными способностями, то дело своё знал крепко и нити событий из рук никогда не выпускал. Потенциального противника он прочитывал, словно открытую книгу.
В декабре 1903 года Алексеев пишет министру иностранных дел В. Н. Ламсдорфу:
"Япония, предъявляя с настойчивостью свои требования о признании Россией полного протектората Японии над Кореей, вместе с тем нисколько не отказывается от участия в решении манчжурского вопроса. Одновременно с переговорами Япония усилила свою боевую готовность и даже приступила к устройству базы в Корее. … Следует глубже взглянуть в корень той розни, которая привела обострению наших отношений к Японии. Рознь эту… составляет идея Японии о преобладании и господстве на Дальнем Востоке. С достижением этой честолюбивой идеи корейский и манчжурский вопросы являются для неё только средством. Поэтому вооружённое столкновение с Японией на этой почве, хотя и будет великим бедствием для России, должно быть признано неизбежным".
То, что война не только неизбежна, но и вот-вот грянет, адмирал Алексеев понимал очень хорошо.
"Существенное разногласие между Россией и Японией вполне выяснено, способа для достижений соглашения взаимной уступчивостью нет; вооружённое столкновение с Японией неизбежно: можно только отдалить его, но не устранить”,
– телеграфировал он в Петербург 16-го января 1904 года.
В этот же день корейское правительство официально заявило о своём нейтралитете в русско-японской войне.
Да, в Мукдене было от чего схватиться за голову: в ноябре 1903 года все военные корабли Японии были переведены из резерва в действующий флот, получивший название "Соединённый". Во главе его был поставлен вице-адмирал Х. Того. Все три эскадры Соединённого флота были сосредоточены в Сасебо. В декабре была учреждена Императорская главная квартира и Верховный военно-морской совет- высшие органы руководства армией и флотом во время войны. В начале января 1904 года были отменены рейсы торговых судов в иностранные порты, после чего началась мобилизация торговых пароходов. 22 января в Сасебо пришли два купленных у Аргентины броненосных крейсера с 8- дюймовой артиллерией главного калибра. Русский морской агент в Токио капитан 2 ранга А.Н. Русин сообщал Алексееву, что с прибытием "Ниссина" и "Касуги" Япония немедленно начнёт войну.