6 января 1904 года, за месяц до разрыва дипломатических отношений с Токио, Алексеев телеграфировал в Петербург об опасности оккупации Кореи японцами.
"Не с целью вызвать вооружённое столкновение, а исключительно с целью самообороны"
наместник предлагал объявить Манчжурию на военном положении, мобилизацию в Приамурском военном округе и занять войсками рубеж пограничной реки Ялу. 12 января пришёл ответ Петербурга, составленный военным министром ген. А.Н. Куропаткиным- подготовить к переводу на военное положение Порт-Артур и Владивосток, приготовиться к мобилизации и приготовиться к выдвижению войск на р. Ялу. Более решительные меры Алексееву запрещались, дабы не "спровоцировать" японцев, поскольку Петербург решил
"насколько возможно продолжать обмен взглядов с токийским кабинетом".
О том, что же такое "подготовить к" и "приготовиться к", Куропаткин ничего не писал.
Очевидно, 10 000 вёрст расстояния притупляли в русском военном министре чувство опасности. У Куропаткина вообще была очень своеобразная официальная лексика. Алексеев раздражённо протелеграфировал.
"Непрекращающиеся военные приготовления Японии достигли уже почти крайнего предела, составляя для нас прямую угрозу", "принятие самых решительных мер с нашей стороны для усиления боевой готовности войск на Дальнем Востоке не только необходимо в целях самообороны, но может быть, послужит средством избежать войны, внушая Японии опасения за благоприятный для неё исход столкновения"
и потребовал немедленно объявить мобилизацию Приамурского и Сибирского округов!!
До войны оставались считанные дни, и Алексеев решил действовать, не дожидаясь команд из Петербурга. Штаб наместника (уже Главнокомандующего) был перенесён в Порт-Артур и начал носить название "полевой". 17 января был отдан приказ всем судам владивостокской и порт-артурской эскадр о начале кампании.
Уже 13 января 1904 года на внешний рейд порт-артурской гавани вышли крейсера "Аскольд" и "Паллада", вскоре к ним присоединились броненосцы "Петропавловск" под флагом начальника эскадры адм. Старка, "Полтава" и крейсера "Баян", "Боярин" и "Новик". 31 января с полной водой на внешний рейд вышли броненосец "Победа", крейсер "Диана" и минный транспорт "Енисей", 1 февраля броненосцы "Пересвет", "Ретвизан" и минный транспорт "Амур". Последними внутреннюю гавань покинули броненосец "Цесаревич" (2 февраля), и вспомогательный пароход "Ангара". Броненосец "Севастополь" был занят починкой машин и остался в гавани.
20 января 1904 года военно-морские представители Франции и Германии попросили в Главном морском штабе официальной аккредитации на судах Тихоокеанской эскадры в качестве военных наблюдателей.
На эскадре было объявлено военное положение. Боевая задача формулировалась как
"быть в готовности к незамедлительному исполнению всякого поручения".
По составленной Алексеевым диспозиции два крейсера должны были постоянно находиться под парами, два корабля – освещать прожекторами рейд в ночное время для распознавания проходящих судов, два миноносца ходить по 20-мильному периметру, 1 канонерская лодка – по 10-мильному периметру. Сообщение судов с берегом прекращалось, корабли по сигналу приготовлялись к отражению минной атаки, по спуску флага вся артиллерия, кроме башенной, заряжалась, и прислуга одного борта оставалась на всю ночь при орудиях.
И в ожидании ответа из Петербурга Алексеев сделал, что мог – 3-го февраля приказал адм. Старку вывести Тихоокеанскую эскадру к мысу Шантунг. Этот "поход аргонавтов", как назвали его остряки, стал первым выходом боевых судов в море после перебазирования их летом 1903 года из Владивостока. Поход длился около суток и показал крайне низкую степень боевой подготовки русских моряков. Никогда не ходившие все вместе суда не умели маневрировать и элементарно держать строй, что не позволяло эскадре действовать как оперативное целое. Средняя скорость эскадры не поднималась выше 14 узлов. Искусство корабельных комендоров (ещё ни разу) не проверялось…
Вины адмирала Алексеева в этом нет – все последние годы русское министерство финансов усиленно финансировало… строительство не Порт-Артура и не содержание флота, а строительство коммерческого порта Дальний, этого любимого детища С.Ю. Витте, куда бесконтрольно шли десятки миллионов рублей. Недостаток средств вынудил Алексеева "заморозить" сильнейшую на всём Дальнем Востоке эскадру в незамерзающем порту, переведя грозные боевые суда в разряд "вооружённого резерва"… Теперь нужно было срочно превращать "плавучие казармы" в боевые суда.