Гораздо существеннее была государственная деятельность молодого царя. В 1682 г. происходит революционная реформа государственной службы: отменяется «местничество» как принцип продвижения по службе на основании относительной знатности рода и признанных заслуг предков. Разрядные книги, в которых регистрировалась эта информация, решительно сожгли. Распространение местничества в конце XV века считается заимствованием из практики ВКЛ: в свое время в, результате включения в состав Великого княжества Литовского бывших рѹських земель, местная знать почувствовала угрозу со стороны Гедиминовичей и других литовских знатных родов. Чтобы защитить свои владения и привилегии от пришельцев, рѹськие князья и бояре настаивали на древности и заслугах своих кланов как основании для равноправия и даже собственного превосходства. Расширение Великого Московского княжества за счет ВКЛ воспроизвело эту ситуацию: теперь у Московии возникла необходимость консолидировать и упорядочивать разношерстную знать разных земель. Способствуя интеграции привилегированного сословия, местничество вызывало постоянные споры о старшинстве служилых людей и паралич властных органов, последствия которого были особенно заметны (и катастрофичны) во время сражений. Чиновники, руководствующиеся в своей службе соображениями старшинства и большей знатности рода, по сути, оставались вассалами сюзерена, исполнявшими обязанности из преданности государю, а не порученному им делу. Без ликвидации местничества невозможно было и помыслить — вслед за камералистами — идеальное государство как систему анонимных институтов, функционирующих вне зависимости от личности чиновника и даже правителя, в интересах «общественного блага».
В 1676−1678 гг. была проведена перепись населения, по итогам которой поземельное налоговое обложение сменилось подворным — более адекватно учитывающим наличные человеческие ресурсы, первый шаг на пути к личному налогообложению. Одновременно продолжали расти косвенные налоги, пропагандировавшиеся камералистами: в структуре доходов казны их доля превысила 53% (доля прямого подворного налога составила 44%). Была предпринята попытка рационализировать деятельность приказов, если не ликвидируя те, что частично дублировали функции друг друга, то, по крайней мере, подчиняя их одному руководителю (в качестве «департаментов» одного «министерства»). Федор Алексеевич готовил открытие высшего учебного заведения (Академии), для которой был заготовлен устав («привилегия») и приглашены преподаватели (из Константинополя, но получившие образование в Италии). Однако, поскольку в стране отсутствовали и средние, и начальные учебные заведения (за исключением монастырских школ), то сначала в 1681 г. была открыта Типографская школа при Печатном дворе. Несколько десятков учеников (всех званий) получали в ней начальное образование, а по мере освоения курса переходили на ступень среднего.
В 1682 г., на шестом году правления, Федор Алексеевич умер, и царями-соправителями были провозглашены младшие сыновья Алексея Михайловича: сын от первой жены, 15-летний Иван, и младший сын от второй жены, 10-летний Петр. Инспирировав мятеж стрельцов, реальную власть захватила 25-летняя Софья Алексеевна, объявленная регентшей при недееспособном Иване (имевшем серьезные физические и, возможно, умственные проблемы) и малолетнем Петре. В ходе стрелецкого мятежа были убиты влиятельные сторонники клана матери царевича Петра, а сама вдовствующая царица и младший соправитель Петр были отправлены из Кремля в подмосковную резиденцию. Следующие семь лет страной впервые правила женщина, чье изображение чеканилось на золотых монетах, а сама она участвовала во всех публичных церемониях, традиционно считавшихся (по крайней мере, до Федора Алексеевича и царицы Агафьи) сугубо «мужским» пространством. Получившая, как и все дети царя Алексея Михайловича от первого брака, хорошее образование, Софья Алексеевна (1657–1704) говорила по-польски, знала латынь, одевалась по «польской» моде (заведенной царицей Агафьей).
Правление Софьи отмечено продолжением прежнего курса на «камерализацию» России. Так, значительная часть изданных ею указов касается мелочной регламентации городского быта — и в этом царском вмешательстве в «мелочи» (совершенно в духе германских и голландских правителей) лучше всего проявился фундаментальный поворот политической культуры Московии. Вмешиваясь в частную сферу жизни подданных в высших интереса общего блага, царевна-регентша запрещала стрельбу из ружей в домах и выбрасывание мусора со дворов на улицу; регламентировалась скорость езды упряжек по городу и места разрешенной стоянки лошадей на территории Кремля. Одновременно принимались большие стратегические решения: открылась Славяно-греко-латинская академия (прообраз университета); после более двух столетий войн за территории ВКЛ был заключен «Вечный мир» с Речью Посполитой и Московское царство вступило в Священную лигу — союз Священной Римской империи, Речи Посполитой и Венецианской республики против Османской империи. Тем самым, Российское государство впервые вступило на общих основаниях в систему большой международной политики. Выполняя принятые перед союзниками обязательства, московские войска совершили два масштабных похода против вассала Османской империи — Крымского ханства. Войска не проникли за Перекоп на сам Крымский полуостров, однако впервые инициатива в противостоянии с Крымом перешла к Москве, которая продемонстрировала способность привести огромную армию (свыше 100 тыс. человек и сотни орудий) через степи, к внутренним территориям ханства. Вторжение на полуостров стало лишь вопросом времени.