Протестанты воспользовались продолжительным отсутствием императора, его борьбою с Франциею, чтоб усилить свой Смалькалденский союз[8], во главе которого стояли Иоанн Фридрих, курфюрст Саксонский (преемник Фридриха Мудрого), и Филипп, ландграф Гессенский. Император постарался противопоставить протестантскому союзу католический, который составился в 1538 году в Нюренберге из архиепископов майнцского и зальцбургского, герцога Баварского, герцога Георга Саксонского и Генриха Брауншвейгского: союз принял название Священного.
В 1541 году была опять в Вормсе беседа между католическими и протестантскими богословами для соглашения в спорных пунктах и кончилась ничем; а между тем борьба между католическими и протестантскими князьями Германии разгоралась, причем протестанты не обращали никакого внимания на императорские решения; религиозная борьба имела следствием то, что, когда турки из Венгрии грозили Вене, то империя могла выставить ничтожное войско, нуждавшееся в деньгах и жизненных припасах; для войны с французами сейм также дал императору ничтожную помощь людьми и деньгами. Лютер усиливал ожесточение, напечатавши книгу «Против римского папства, установленного дьяволом».
Лютер умер в начале 1546 года, но его смерть нё ослабила борьбы между католиками и протестантами. Незадолго до смерти Лютера (в декабре 1545 года) папа Павел III созвал собор. Император считал собор единственным средством для умирения Церкви и восстановления ее единства, причем имел в виду необходимые преобразования в Церкви, необходимые уступки протестантским требованиям. Император хотел, чтобы собор был в Германии, но папа требовал, чтоб он был в Италии; наконец выбрали место на границе между Гёрманиею и Италиею: Тридент в Тироле. Но протестанты расстроили планы императора, отказавшись присутствовать на соборе. Весною 1546 года император созвал сейм в Регенсбурге: главы протестантского союза, курфюрст Саксонский и ландграф Гессенский, не явились на сейм. Тогда император, свободный от внешних войн, решился оружием покончить дело: он выставил три армии, папа помогал ему и войском и деньгами против еретиков, католические князья Германии были на его стороне; на его стороне был самый даровитый из протестантских князей – Мориц, герцог Саксонский, человек, равнодушный к религиозному вопросу и руководившийся одними политическими расчетами. Он был во вражде с своим двоюродным братом, курфюрстом Иоанном Фридрихом, и присоединился к императору, несмотря на то что был женат на дочери другого главы протестантского союза, Филиппа Гессенского; император привлек Морица обещанием расширить его владения в Саксонии на счет Иоанна Фридриха.
Летом 1546 года открылась так называемая Смалькалденская война[9] (война императора против Смалькалденского союза). Карл V твердил, что дело идет не об искоренении протестантского учения, но что он вооружился против сепаратизма, против политического союза, который представляет государство в государстве и бунтует против императорской власти. Протестанты не были приготовлены к войне, у них не было денег, а главное – между ними господствовало несогласие. В апреле 1547 года курфюрст Иоанн Фридрих был разбит наголову и взят в плен при Мюльберге; он был осужден императором на вечное заточение, земли его и курфюршеское достоинство переданы были Морицу.
Филипп Гессенский, отчаявшись в возможности сопротивления, начал хлопотать о мире через зятя своего Морица, который вместе с Бранденбургским курфюрстом поручился, что его не лишат свободы, если он явится лично пред императором; на этом условии Филипп согласился умолять Карла на коленях о помиловании, выдать ему всю свою артиллерию, отворить все крепости и заплатить большую сумму денег. Несмотря, однако, на поручительство курфюрстов, и Филипп был задержан императором.
Сокрушивши Смалькалденский союз, Карл считал себя вправе самовластно распоряжаться в Германии как светскими, так и духовными делами. В мае 1548 года появился знаменитый Аугсбургский Интерим, которым император определял все церковные отношения и который должен был служить законом для католиков и протестантов впредь до соборного решения. Из этого постановления и католики увидали, что торжество императора вовсе не было торжеством папы, который напрасно потратил свои деньги на Смалькалденскую войну: Интерим позволял протестантским духовным удержать своих жен, позволял приобщаться под обоими видами, не принуждал протестантов сейчас же отдать назад захваченные ими церковные имения. И католики, и протестанты отвергли Интерим, император начал силою принуждать к его принятию.