Для развития науки в XVI–XVII вв. были характерны процессы, уже отмеченные ранее. Данные, которыми в настоящее время располагают индологи, свидетельствуют о том, что в исследуемый период наука в целом сохраняла средневековый характер и не переживала тех революционных перемен, которые происходили в западноевропейской науке конца средневековья и начала нового времени. Это не означает, вместе с тем, что XVI–XVII вв. были, как полагают некоторые исследователи, «темным периодом для науки», что людей не интересовал окружающий мир, а невежество и суеверия господствовали безраздельно.
Среди научных достижений этого периода следует отметить развитие математических знаний. Выдающийся математик Нилаканта в своем труде «Собрание нитей» (1501–1502) открыл разложение тангенса дуги в бесконечный степенной ряд. Это открытие было обосновано и развито в «Речении о доказательствах» (1608) – сочинении неизвестного автора, отличавшемся от других математических трактатов того времени тем, что оно написано на одном из южноиндийских языков – малаялам, а не на санскрите, как требовал обычай. Таким образом, индийские математики опередили аналогичные работы Грегори и Лейбница. Число «пи» – отношение длины окружности к диаметру – Нилаканта определил с десятью верными цифрами, опередив европейские достижения той эпохи. Множество научных трактатов по арифметике, алгебре, геометрии (планиметрии и стереометрии) на фарси и санскрите было создано в XVI–XVII вв. и ждет своих исследователей.
Астрономия, которой традиционно придавалось большое значение, продолжала свое нераздельное сосуществование с астрологией, популярной во всех слоях населения. Без советов астролога не обходилось ни одно дело как в царской семье, так и в доме бедняка. Вместе с тем, в установлениях Акбара, касающихся программ обучения в медресе, астрономия впервые четко отделена от астрологии, и подчеркивается, что изучение последней должно осуществляться по желанию студента, а первой – обязательно.
В XVI–XVIII вв. ученые продолжали комментировать и развивать достижения индийских и арабских астрономов предшествующего периода. Настольной книгой любого астронома были таблицы Улугбека. Геоцентрическая идея, по-видимому, господствовала; вместе с тем, астрономические вычисления, звездные карты и глобусы, составленные учеными XVI–XVII вв., отличались большой точностью, равно как и предсказания солнечных и лунных затмений.
В рассматриваемый период наблюдения над явлениями живой и неживой природы, а также производственный опыт давали обширный материал для физических и химических исследований. В XVI–XVII вв. было написано множество трактатов по различным областям практической химии: таков, например, трактат «Собрание ремесел» (1624 г.), содержащий наставления по изготовлению красителей, искусственных драгоценных камней, симпатических чернил. В объяснении физических и химических явлений господствовали разработанные еще в раннее Средневековье атомистические теории. Алхимия была популярна, но не господствовала безусловно и не являлась единственной сферой физико-химических и натурфилософских исследований. Обобщая производственный опыт, и прежде всего те навыки, что были связаны с производством текстильных красителей, огнестрельного оружия, стекла и т. д., химические трактаты XVI–XVII вв. подробно описывают такие процессы и реакции, как анализ и синтез, возгонка, испарение, дистилляция спиртов, «убиение металлов» (т. е. получение на их основе окисей, хлоридов, солей, кислот и т. п.).
Среди естественных наук особенно высокое положение занимала медицина, делившаяся традиционно на две школы – аюрведа (индусская) и юнани (мусульманская). В XVI–XVII вв. было создано множество трактатов о природе и способах лечения различных болезней, о диетике, акушерстве, гигиене; несколько иллюстрированных сочинений посвящено анатомии. Индийские медики умели лечить многие опасные болезни, с которыми не справлялись их европейские коллеги, правильно объясняли многие процессы жизнедеятельности организма, например, пищеварение, высказали ряд догадок относительно кровообращения. Довольно высокой степени развития достигла хирургия, особенно пластическая, значительно опережавшая европейскую. Фармакологические трактаты и популярные лечебники насчитывали многие сотни лекарств минерального, растительного, животного происхождения.