Переворот в Манаме был первой попыткой англичан непосредственно воздействовать на внутриполитическую жизнь шейхства Бахрейн. Результатом ее стало присоединение Бахрейна к договору 1847 г., который заменил собой все предшествовавшие соглашения Англии с правителями шейхств Восточной Аравии. Договор 1847 г. настолько упрочил положение Англии в Восточной Аравии, что вскоре после его ратификации парламентом британский политический резидент Персидского залива официально предложил шейху Мухаммеду признать протекторат Англии над Бахрейном. Вопреки ожиданиям правитель Бахрейна постарался уклониться от британской «опеки». Он начал переговоры с губернатором Фарса и турецким правителем Басры. Переговоры ничего не дали.
В конце концов, британское правительство односторонним актом объявило о введении «благожелательного надзора» над островами и их населением, что по существу означало провозглашение протектората с той лишь разницей, что пока права Англии на Бахрейн никем не признавались, кроме самих англичан.
Шейху Мухаммеду и его окружению ничего не оставалось делать, как смириться, тем более что вскоре «благожелательный надзор» Англии распространился на все «союзные» ей шейхства Восточной Аравии (включая Маскат и Оман). Отныне Англия брала на себя «бремя» по поддержанию в этом районе мира и порядка; в ее компетенцию вошли надзор за внешними связями местных шейхств и их экономическим развитием.
Во второй половине XIX в. Англия постаралась закрепить за собой господство в районе Персидского залива. К числу наиболее значительных актов этого периода следует отнести договор о «вечном мире», заключенный британским правительством с шейхами Договорного Омана (с 1853 г. так стали называть «Пиратский берег»). Подписанный в начале мая 1853 г. договор предоставлял британскому резиденту право карать любых «нарушителей» мира в Персидском заливе. В сочетании с договором 1847 г. этот документ утверждал подсудность шейхов Договорного Омана главе британской политической администрации.
Шейх Мухаммед отклонил предложение присоединиться к договору 1853 г. Однако на сей раз, он столкнулся с непреклонной волей колонизаторов. Надеяться на помощь извне не приходилось: Иран был поглощен борьбой против бабидского движения (1848–1852), а затем новым конфликтом с Англией из-за Герата (1856–1857); Османская империя увязла в кризисе, вызванном Крымской войной (1853–1856); Маскат и Оман давно сами утеряли возможность действовать самостоятельно.
В результате шейху Мухаммеду и его советникам из числа старейшин рода аль-Халифа пришлось уступить. В середине мая 1856 г. они подписали с Англией новый договор. Хотя договор 1856 г. официально именовался договором «о более эффективных мерах по ликвидации работорговли», он утверждал те же нормы взаимоотношений между Англией и Бахрейном, какие ранее были утверждены между Англией и Договорным Оманом. Кроме того, Англия выговорила себе и экономический контроль над Бахрейном (в частности, право на самостоятельную эксплуатацию жемчужных отмелей).
Полная зависимость Бахрейна от Англии стала реальным фактом, хотя британские власти при каждом удобном случае подчеркивали, что они «признают и уважают» суверенитет шейхства и рассматривают шейха Мухаммеда только как своего «союзника».
«Союзные отношения» практически означали участие Бахрейна во всех политических акциях Англии в районе Персидского залива. Первым свидетельством этого явились события конца 50-х годов XIX в.
Период правления враждебного англичанам ваххабитского эмира Фейсала ознаменовался ожесточенной борьбой за господство в Аравии между сторонниками Саудидов и правителей Шаммара Рашидидов. Первые временно одержали победу и в 1859 г. захватили Эль-Катиф. Отсюда они решили нанести удар по Бахрейну, ставшему оплотом британского колониализма в районе Персидского залива, и с этой целью официально поддержали свергнутого шейха Абдаллаха. Попытка захвата архипелага не удалась.