В ответ англичане при поддержке шейха Мухаммеда оккупировали порт Даммам. Бахрейн оказался втянутым в войну; более того, он был вовлечен в конфликт с Османской империей, считавшей Даммам «наследным владением султана», и с Ираном, порицавшим любые сепаратные действия Бахрейна как части своей территории.
Шейх Мухаммед, встревоженный недовольством подданных, решил смягчить отрицательные последствия своего участия в военных операциях англичан. В 1860 г. он направил шаху Ирана секретное послание, в котором выразил готовность признать себя губернатором Бахрейна, если с него будет снята британская «опека». В Иране, воевавшем в это время с Англией из-за Герата, послание было встречено холодно; зато в Бомбее, куда была доставлена его копия, оно вызвало серьезное беспокойство.
По указанию из Лондона бомбейское правительство составило текст англо-бахрейнской конвенции, которую шейх Мухаммед был вынужден подписать в конце января 1861 г. Конвенция 1861 г. подтверждала все ранее заключенные между Англией и Бахрейном договоры и соглашения и возлагала на шейха Бахрейна ряд новых обязательств.
Ему запрещалось нарушать «мир и спокойствие» в районе Персидского залива, принимать участие в междоусобных конфликтах, заниматься пиратством. Все конфликты с соседними шейхствами он обязывался передавать на рассмотрение британскому политическому резиденту. Английским подданным разрешалось жить в шейхстве; их статус определялся утвержденным конвенцией режимом капитуляций. В экономической части конвенция провозглашала приоритет Англии во внешней торговле Бахрейна, подтверждала ее право на самостоятельную эксплуатацию жемчужных отмелей. Со своей стороны Англия брала на себя обязательство оборонять Бахрейн от «внешней агрессии». Практически это означало признание за Англией права, в любой момент направлять к Бахрейну боевые корабли с десантными войсками, учреждать там военные базы с гарнизонами.
Реально Бахрейн потерял суверенитет, но шейх Мухаммед, видимо, не понимал этого. В 1863 г. возник катаро-бахрейнский территориальный конфликт; в 1867 г. он перерос в вооруженную борьбу. Обе стороны считали ее внутренним делом и не пожелали обращаться за содействием к британскому политическому резиденту Персидского залива. В конце концов, последний получил предписание «навести порядок» в Восточной Аравии. Поскольку Бахрейн явно одерживал победу, в глазах англичан его вина была более серьезной. В итоге в конце 1867 г. шейх Мухаммед был отстранен от власти.
Правителем Бахрейна стал шейх Али бен Халифа аль-Халифа (1868–1869). Под диктовку британских «советников» шейх Али подтвердил все положения конвенции 1861 г., а в сентябре 1868 г. поставил свою подпись под мирным бахрейнско-катарским договором. При этом британский резидент склонил правителя Катара к признанию «союзных отношений» с Англией, от чего он уклонялся все минувшие годы.
Новое вмешательство Англии во внутренние дела Бахрейна вызвало возмущение. С протестом выступил Иран. Во многих шейхствах Восточной Аравии началось движение в поддержку изгнанного шейха Мухаммеда, который бежал в Эль-Катиф и там установил связи с представителями Османской империи. В самом Бахрейне вспыхнуло восстание; в январе 1869 г. шейх Али, один из его сыновей и наиболее активные сторонники были убиты; повстанцы во главе с прибывшим на Бахрейн шейхом Мухаммедом утвердились в Манаме и Мухарраке. Но в сентябре 1869 г. к Бахрейну подошла британская эскадра. Манама подверглась бомбардировке, десант морской пехоты завершил операцию. Шейх Мухаммед и четыре его ближайших сподвижника были схвачены, вывезены в Бомбей и заключены там в крепость. Правителем Бахрейна стал шейх Иса бен Али аль-Халифа (1869–1932).
Экспансия Англии на Бахрейне осложнила положение в районе Персидского залива. Среди арабских племен Восточной и Южной Аравии участились антианглийские выступления. Иран опротестовал действия Англии. Активизировала свои действия Османская империя, войска которой в 1870 г. оккупировали Эль-Хасу, а в 1871 г. – полуостров Катар. Лондон не отступил. В середине 1871 г. он официально уведомил правительства европейских стран о том, что английский парламент решил установить протекторат над Бахрейном. Далеко не все правительства выразили согласие признать эту акцию законной. Тем не менее, Бахрейн вошел в состав крупнейшей в мире колониальной империи.
На островах началось движение неповиновения, которое получило поддержку как Османской империи, так и Ирана. В 1874 г. бахрейнцы восстали, но восстание было вскоре подавлено британскими войсками. В 1875 г. волнения возобновились. Правительство Британской Индии направило к Бахрейну эскадру и издало приказ о постоянном пребывании в его территориальных водах английских военных кораблей. Одновременно оно начало переговоры с шейхом Исой.