В феврале 1576 г. Генрих Наваррский покинул Париж и возглавил противников короля. Не имея возможности продолжать борьбу, Генрих III заключил мир в Болье 6 мая 1576 г. По королевскому эдикту, герцог Алансонский получил в управление Турень, Берри и Анжу, став герцогом Анжуйским, Генрих Наваррский – Гиень, Пуату и Ангумуа, принц Конде – Пикардию. Монморанси-Дамвиль подтвердил свои права на Лангедок. Протестантам разрешалось свободное отправление культа повсюду, кроме Парижа и его пригородов. Им также оставили восемь крепостей и дали право поступать на королевскую службу. Монарх выразил сожаление по поводу событий Варфоломеевской ночи и освободил от налогов вдов и детей погибших.
Эдикт в Болье вызвали недовольство непримиримых католиков. Увидев в нем свидетельство слабости королевской власти и ее неспособности противостоять гугенотскому натиску, они начали объединяться, чтобы самостоятельно бороться против «еретиков». В 1576 г. образовалась общефранцузская Католическая лига. Начало ей положили события в Перонне. Дворяне этого пикардийского города отказались признать над собой власть нового губернатора провинции, принца Конде, и призвали единоверцев поддержать их против «еретиков». Это обращение было подхвачено герцогом Гизом. По его призыву, уже существовавшие к тому времени локальные католические союзы объединились в общенациональную организацию, имевшую целью защиту католической веры и королевской власти от посягательств со стороны гугенотов. В Католическую лигу вступали люди всех сословий. Они давали обязательство вместе бороться против врагов веры и беспрекословно повиноваться руководителю Лиги герцогу Гизу.
Чтобы перехватить инициативу у Гиза, Генрих III сам встал во главе Лиги. В ноябре 1576 г. он собрал в Блуа Генеральные штаты, где протестанты не были представлены. Там король объявил, что не признает никакой религии, кроме католической, и готов бороться против «ереси». Это означало отмену эдикта в Болье.
Началась шестая Религиозная война. На сей раз объединенные силы католиков действовали успешней. Поэтому подписанный в Бережераке 17 сентября 1577 г. мир, а затем изданный в Пуатье эдикт короля были несколько менее благоприятны для гугенотов, чем мир в Болье. Число мест, где разрешались протестантские богослужения, было сокращено. В остальном же, дарованные ранее права гугенотов сохранялись. С завершением войны король распустил Католическую лигу.
В 1580 г. непримиримо настроенная часть протестантов, возглавляемая принцем Конде, вновь взялась за оружие, развязав седьмую Религиозную войну. Генрих Наваррский попытался воспользоваться этим, чтобы присоединить к своим владениям Каор. Однако он не получил поддержки от Монморанси-Данвиля, сохранявшего нейтралитет, и 26 ноября 1580 г. вынужден был заключить мир. Протестанты удержали находившиеся в их руках крепости, но Генриху Наваррскому пришлось отказаться от Каора.
Генрих III воспользовался мирной передышкой для укрепления государственных финансов, подорванных многолетней смутой. Были приняты меры, направленные на то, чтобы упорядочить взимание налогов и пресечь связанные с ним злоупотребления. В 1583 г. состоялось собрание нотаблей, представившее королю обширные рекомендации относительно необходимых реформ. Одним из следствий этого собрания стало создание трибунала для расследования финансовых нарушений. В результате всех мер правительству уже в 1584 г. удалось получить практически сбалансированный бюджет.
Вместе с тем, усилия Генриха III по увеличению доходов государства, связанные с ростом косвенных налогов, принудительными займами и снижением выплат по государственным рентам, вызывали в обществе широкое недовольство. Проводимая правительством политика экономии плохо сочеталась с вызывающим блеском королевского двора. Генрих III, воспитанный на ценностях ренессансной культуры с ее культом эпикурейства, любил пышные празднества, балы и маскарады. Роскошь, которой окружали себя король и его близкие друзья («миньоны»), раздражала общественное мнение. Авторитет монарха падал.
10 июня 1584 г. умер младший брат короля, герцог Франциск Алансонский. Поскольку своих детей у Генриха III не было, наследником престола стал первый принц крови Генрих Бурбон, король Наварры. Это обстоятельство вызвало бурный всплеск активности всех «партий». Протестантская ассамблея в декабре 1584 г. решительно высказалась в пользу божественного права королей и необходимости соблюдать традиционный порядок престолонаследия. Напротив, католическая публицистика принялась развивать идеи тираноборцев, доказывая, что еретик утратил право на корону.