Похоже, что в результате образовавшегося вакуума после падения Теотиуакана все поспешили перестроить систему старых связей. И если ранее эта система регулировалась центральной властью, то теперь в ней формировались центры, из которых исходили различные инициативы. Это был, несомненно, бурный период, в том числе и с точки зрения военных действий: Теотенанго у истока реки Лермы строится на горе, что затрудняет атаку города, а Сочикалько и Какаштла не довольствуются своим расположением на вершине холмов и окружают себя рвами и стенами. На настенной живописи Какаштлы тема борьбы между дождями и засухой принимает форму жестокой битвы. На пирамиде Кецалькоатля в Сочикалько персонажи в верхней части изображены с огромным щитом и пучком копий.
В течение VIII столетия военные действия усилились также и в регионах майя, где они достигли невиданного ранее размаха. Споры за распределение зон влияния, которые в конечном итоге означали борьбу за экономические ресурсы, дали начало череде военных конфликтов, которая завершилась только с исчезновением культуры майя, в течение столетий процветавшей в нижних землях. Некоторые события в районе реки Пасьон и озера Петексбатун могут послужить иллюстрацией этого периода ожесточенных войн. Там примерно с 760 г. н. э. развернулся региональный конфликт, в который были вовлечены поселения Дос-Пилас, Агуатека, Сейбаль, Агуас-Кальен-тес и Амелиа. Город Дос-Пилас, до того момента самый могущественный в регионе, был оставлен местной знатью; люди, оставшиеся в нем, построили двойную стену, которая проходила по древним площадям и церемониальным участкам. Жители Агуатеки также прибегли к строительству стены для усиления защиты и в конечном итоге укрылись на острове, где также возвели оборонительные сооружения. В конце этого кризиса, примерно в 830 г., единственным процветающим городом региона оставался Сейбаль. В общих чертах можно утверждать, что города майя в течение IX столетия входят в неразрешимый кризис, в результате чего оказываются заброшенными: Яшчилан был покинут около 808 г. н. э., Паленке — немногим позже, Тикаль — около 870 г. н. э., Калакмуль, находившийся в состоянии упадка на протяжении почти целого века, был окончательно заброшен около 909 г. н. э., и в это же время опустошается город Тонина.
Современная историография отвергла старую идею о загадочной катастрофе: сегодня мы знаем, что именно война стала причиной краха древних государств майя. Тем не менее необходимо повторить, что в этих боях было нечто большее, чем просто иррациональная, безудержная воинственность. Мы видим, скорее всего, самое яркое проявление борьбы за выживание жителей сельвы — обильной на первый взгляд, но одновременно хрупкой, если учесть многочисленность поселений. Майя использовали для возделывания плодородные земли на берегах рек и часто обрабатывали их с помощью ирригационных каналов. Они также возделывали внутренние земли, расположенные в глубине сельвы, которую они отвоевывали у гор, вырубая деревья и сжигая растительность. Но береговых земель было мало, а система вырубки и сжигания деревьев и растений имела слабую сторону: после двух или трех лет нужно было более чем на десять лет дать использованным участкам отдохнуть, чтобы они восстановили естественную растительность и питательные вещества.
Для знати война была быстрым способом увеличить богатства с помощью налогов, которыми облагались побежденные города, но силы и время, потраченные в этих войнах, в итоге отрицательно сказывались на организации и производительности сельского хозяйства, особенно в зонах орошения. Есть доказательства того, что питание крестьян майя стремительно ухудшалось во время позднего классического периода в результате снижения сельскохозяйственного производства. И вероятно, также в результате непосильных налогов, установленных элитой, которая не знала границ, когда речь шла об обогащении их городов. Менее устойчивые, слабые общества и знать, которая настойчиво искала способы улучшить свои позиции и увеличить доходы посредством войны, довели состояние дел до критической точки. Многие города пали, разоренные или истощенные, а в других крестьяне отвернулись от своей знати: достаточно было земледельцам уйти в горы на несколько месяцев, чтобы знать осталась без содержания.
Воины Кецалькоатля
За пределами региона майя процветавшие города также прекращают свое развитие и остаются частично или полностью заброшенными около 900 г. н. э.: Тахин, Сочикалько, Какаштла. Сам Теотиуакан, который более двух веков играл роль регионального центра, был оставлен. С этого времени начинается период, который известен как постклассический, который будет длиться до испанской конкисты.