Объяснить эту преемственность очень просто: испанцев было мало, а их возможности — ограничены. Их положение являлось господствующим, но они не могли (и не хотели) брать на себя многочисленные задачи, связанные с управлением такой большой и разнообразной страной. Как иначе они могли достичь своих целей: остаться в этих землях, добиться богатств и других благ, навязать свои ценности, обеспечить приемлемый уровень безопасности? Только передавая другим те функции и работу, которые они сами не могли выполнить, то есть устанавливая систему косвенного господства. Месоамерика позволяла сделать это благодаря предшествующему опыту Тройственного союза (который во многом основывался на похожей системе косвенного господства), а также благодаря тому, что существовавшие политическая, социальная и экономическая системы вполне соответствовали этим целям. Суть их заключалась в сохранении системы управления, что означало преемственность функций власти, судебного управления, поддержания порядка, организации труда и взимания налогов. Эти принципы были реализованы на практике благодаря политической чуткости Кортеса. Может показаться парадоксальным, но сотни районов в течение этого периода больших перемен не претерпели никаких изменений в своих правящих кругах, социальном составе, экономической жизни, территориальных границах, владениях, степени автономии и культуре. В конце концов, подобное соглашение им также было выгодно, по крайней мере правящей элите, которая сохраняла на данный момент свое привилегированное положение.
Намного больше конфликтов было в отношениях между самими испанцами. Конкистадоры неистово соперничали за высшие должности в самых доходных энкомьендах или за первые места в правительстве. Разум многих из них затуманивался жадностью, безответственностью и насилием, и к 1525 г. их соперничество приобрело такой масштаб, что сам проект конкисты оказался под угрозой срыва. Вмешательство короны, которая в 1528 г. учредила суды или трибуналы с властными полномочиями, а также прибытие монахов и других поселенцев смягчили эту нестабильную ситуацию, хотя и спровоцировали новые конфликты. Самый крупный из них был связан с именем Нуньо де Гусмана, который в качестве первого председателя суда возглавил правительство, а позже начал завоевание Западной Месоамерики более жестокими и менее политическими методами, чем те, которые использовал Кортес. Желая отмежеваться от Новой Испании, он назвал свои завоевания Королевством Новая Галисия и установил там собственное правительство в 1531 г. Но оно, формально признанное короной, не смогло стать полностью независимым от правительства Мексики.
Примерно с 1530 по 1560 г. произошло то, что можно назвать консолидацией конкисты. В сравнении с предшествующим этот этап был спокойнее, но тем не менее в эти годы также произошло много бурных событий. В следующих абзацах будет вкратце рассказано о самых важных событиях этого периода.
Прежде всего следует сказать о возвращении к мирному времени вследствие окончания почти непрерывных войн между индейскими вождями, выполнения военных задач конкисты и прекращения вооруженных конфликтов между испанцами, а также благоразумного установления системы косвенного господства, о чем говорилось ранее. Среди исключений в этой хронологии событий оказались Юкатан, где процесс конкисты проходил намного медленнее, и Новая Галисия, где агрессивная политика Гусмана спровоцировала кровавое восстание касканов, или Миштонскун) войну (1540–1542 гг., на севере современного штата Халиско).
Второй аспект консолидации конкисты был выражен в парадоксальном смещении конкистадоров с официальных постов во власти и их замене образованными чиновниками (или, по крайней мере, теми, кто вел себя более цивилизованно) на самом высоком уровне. Этот факт, означавший установление гражданского правительства, вызвал возмущение конкистадоров, но корона победила, и с 1535 г. ее представительство осуществлялось через фигуру наместника, или вице-короля, обладающего самыми широкими властными полномочиями. Большинство вице-королей происходили из кастильской знати.