Консолидация конкисты проявилась также в интеграции индейских владений — основных единиц доиспанской политической организации — в колониальную систему. Речь идет о сложном процессе, обусловленном различными обстоятельствами, среди которых самым важным была новая большая эпидемия, начавшаяся в 1545 г. На этот раз речь шла о кори, еще одной болезни, также неизвестной в месоамериканских землях, которая вызвала второе и, вероятно, самое значительное сокращение населения.
Помимо этой трагедии, интеграция городов-государств в колониальную систему предполагала глубокие изменения, которые в определенной степени можно считать ценой, заплаченной ими за дальнейшее существование. Среди этих государств были существенные различия, которые отражали их сложную и разнообразную доиспанскую историю, но испанцы стремились стереть их — отчасти из-за неспособности понять их, а отчасти из-за желания сделать панораму Новой Испании однородной. Для достижения этой цели они использовали разные средства.
Первое заключалось в том, чтобы насадить сословную организацию по примеру кастильских городских советов, что было логичным, так как и те и другие были признаны органами политической власти с юридическим лицом, территориальными границами и относительной автономией. Эта реформация отчасти отразилась в том факте, что города были переименованы, как уже говорилось, в поселки индейцев (хотя слово альтепетль из языка науатль и его эквиваленты в других языках также сохранились). Городские советы в поселках индейцев назывались органами республики и были связаны с алькальдами и городскими советниками по образу своих испанских аналогов. Эти посты занимались представителями знати или знатных родов (так называемыми благородными людьми), а дополнительная должность правителя предназначалась для касиков. Разработанная система была ограничена выборами, чтобы обеспечить сменяемость различных групп и интересов, а кроме того, было учреждено казначейство, или общественная касса, хотя она и не имела особого смысла до тех пор, пока использование денег не стало повсеместным. В зависимости от конкретных обстоятельств все это могло означать либо простую смену названия существовавшей доиспанской практики, либо по-настоящему конфликтные изменения.
Второе средство заключалось в том, чтобы унифицировать налоговые повинности так, чтобы глава каждой семьи в индейском поселке платил обладателю энкомьенды — а в некоторых случаях непосредственно короне — один песо и половину фанеги маиса в год или их эквивалент (что не освобождало от других местных повинностей). Внедрение этих перемен заняло много времени (так как сначала нужно было распространить использование денег), и, как и следовало ожидать, в зависимости от ситуации их воздействие на простых людей было очень разным. Как правило, от этого бремени были освобождены представители знати и благородные люди, а также их личные подчиненные — маекве, которых в некоторых поселениях было почти столько же, сколько и налогоплательщиков — масеуалли.
Третье средство заключалось в том, чтобы стимулировать поселки индейцев организовывать поселения городского типа — с центральной площадью, возвышающейся церковью и прямыми улицами, какими они являются сегодня. Как правило, в каждом поселке индейцев формировалось несколько мест с такими чертами, одно из которых было главной частью, а остальные — второстепенными. В первые годы эти изменения происходили очень медленно, но, в конце концов, стали одним из самых важных факторов интеграции индейских поселков в колониальную систему и их постепенной трансформации.
Евангелизация была тесно связана с этими изменениями, так как монахи-наставники тоже имели отношение к описанному выше процессу. Не стоит забывать, что поселки индейцев являлись оперативной базой для служителей религии, которые стремились строить монастыри с храмами в каждом из поселков (преимущественно в главной части) и пропагандировали в каждом поселении культ того или иного святого; кроме того, они оказывали влияние на выборы органов республики и тратили значительную часть налоговых выплат на цели культа. Все это способствовало усилению новой самобытности поселков индейцев и укреплению центральной власти церкви. Опираясь на эту структуру, а также при помощи обучения детей и смены поколений монахи смогли (иногда силовым путем) подавить доиспанские ритуалы и авторитет жрецов. Но в то же время они упрочили положительные стороны своей деятельности, распространяя культуру и давая полезные уроки по истории и языкам, о чем свидетельствуют произведения монахов Торибио де Беневенте (Мотолиниа) и Бернардино де Саагуна. Они также начали возводить свои монументальные и живописные монастырские сооружения, рассчитанные на многочисленных посетителей и предназначенные для реализации части проекта по конкисте и аккультурации.