Эти годы были бедственными для индейского населения в целом — не только на севере. Третья большая эпидемия, вероятно тифа (1576–1581), стала причиной последней демографической катастрофы, в результате которой население сократилось почти до двух миллионов человек, а многочисленные народы нижних земель и прибрежных зон окончательно исчезли. Население еще будет сокращаться в течение последующих десятилетий, а потом очень медленно восстанавливаться. Но времена, когда испанцы терялись в подавляющем большинстве индоамериканского населения, остались позади. Примерно в 1600 г., если не учитывать региональные различия, один из каждых четырех или пяти жителей Новой Испании был испанцем либо был ассимилирован в испанскую культуру. Соотношение было еще большим в Новой Галисии, но не в Гватемале, на Юкатане и в северных провинциях, где испанское население было относительно менее значительным.
Демографический спад имел несколько последствий в других аспектах. Самым заметным было постепенное вытеснение обладателей энкомьенд, религиозных наставников и касиков, так как их власть ослабевала, а доходы снижались. Что касается первых, то смена поколений позволила легко сместить их с занимаемых позиций, в результате чего функции по взиманию налогов почти со всех индейских поселений перешли в руки правительства. Монахи-наставники (чьи религиозные ордены переживали период спада) были постепенно заменены мирским духовенством, подвластным епископам. Обедневшие и потерявшие авторитет касики не могли противостоять появлению новых властных структур в своих поселках, и к началу XVII в. они были вытеснены из большинства органов власти республики.
Как ни парадоксально, именно тогда, особенно в годы между окончанием конкисты и большой эпидемией, монахи смогли завершить строительство блестящих архитектурных памятников (так сложились обстоятельства) и содействовать развитию связанных с ними художественных явлений — живописи и скульптуры. Гармоничный комплекс этих произведений в многочисленных индейских поселках Центральной Мексики (но не в нижних землях, кроме Чьяпаса и Юкатана) открыл новую главу блестящей истории колониального искусства.
В благоприятных условиях, когда количество групп, господствовавших в течение периода конкисты, снижалось, центральное правительство в некоторой степени смогло упрочить свои позиции и утвердить главенство вице-короля, судов и других представителей проекта господства короны. Это произошло, например, с ее делегатами на местном уровне: коррехидорами и алькальдами. И те и другие (они выполняли практически одни и те же функции) постепенно заменили обладателей энкомьенд как связующее звено между индейскими поселками и сборщиками налогов, ограничивая их автономию. Правительственный контроль над системой труда стал могущественным оружием в политической борьбе с испанскими поселенцами.
Консолидация центральной власти опиралась также на некоторые важные события. Одни из них имели политический характер, такие как дискредитация обладателей энкомьенд после восстания с участием Мартина Кортеса (сына конкистадора) в 1566 г. или как учреждение пять лет спустя Трибунала Святой инквизиции, чьи достижения в области политического и идеологического контроля были не менее значительными, чем в области религии. Не менее важным был рост бюрократического аппарата, о чем свидетельствует расширение штата судов в 1568 г., учреждение Индейского суда в 1592-м и Счетной палаты в 1605 г. Другие события относились к области экономики, в частности наложение в 1574 г. налога алькабала (которым облагались торговые операции, за исключением тех, что производились церковью и индейскими поселками) и другие меры, которые пополнили налоговые поступления в пользу короны.
В то же время произошло усиление церковных органов, не имеющих отношения к обстоятельствам конкисты и контролируемых правительством на основании привилегий, выданных папской властью испанским монархам (что являлось так называемым королевским покровительством). В этом процессе особое значение имело укрепление позиций соборов и епископов благодаря взиманию десятинного сбора — церковного налога, которым облагалась сельскохозяйственная продукция испанских поселенцев, и размер которого рос вместе с их числом. Прибытие в 1572 г. иезуитов, которые не вмешивались в религиозное управление коренным населением (кроме севера), а сконцентрировали внимание на обучении испанцев и воспитании интеллектуальной элиты, также имело большое значение.