В области торговли была установлена закрытая и протекционистская система, которая распространялась как на Новую Испанию, так и на остальные испанские владения в Америке. Самым заметным ее проявлением стало сведение торговли через Атлантический океан к единому маршруту, по которому с 1561 г. группа кораблей с вооруженным сопровождением совершала свое путешествие один раз в год с тщательно учтенными и облагаемыми различными налогами грузами. В Севилье была учреждена гильдия торговцев, или консульство. Если торговля никогда не была свободной, то установление описанных выше условий сделало ее еще более ограниченной и дорогостоящей. В этих обстоятельствах особенно заманчивой становилась контрабанда.
Параллельно с этими событиями в начале правления Филиппа II (1556–1598) испанцы снова вспомнили свою старую мечту добраться до Азии через Тихий океан. В конце концов они добились своего, отправившись в 1564 г. из порта Навидад и оказавшись в Маниле в 1571 г. Когда Филиппины попали в зависимость от Новой Испании, торговля через Тихий океан приобрела новый размах. Десятки китайских джонок из Кантона везли в Манилу специи, шелка и фарфор, которые испанцы покупали на мексиканское золото и везли в Акапулько в соответствии с регламентированной системой ежегодного отправления галеонов.
Акапулько также был связующим звеном в торговле с Перу, а поскольку она была столь же активной, как и с Новой Испанией, товарооборот через Тихий океан значительно увеличился. К концу XVI в. его объем превысил объем торговли между Веракрусом и Севильей. Но так как это противоречило интересам Испании, корона начала ограничивать торговлю между Перу и Мексикой и запретила ее в 1631 г. Восемь лет спустя торговля снова была разрешена, но при условии, что китайские товары перевозиться не будут.
В Новой Испании развитие торговли сопровождалось зарождением могущественной элиты торговцев. Ее представители, подражая севильцам, учредили в городе Мехико в 1592 г. свое собственное консульство. В их руках оказалось управление морскими связями на двух океанах, контроль над импортом и, конечно же, над ценами. Они стали скупать товары и накапливать деньги, а их политическое влияние и экономическая власть постоянно росли. Корона стремилась запретить в американских землях производство некоторых товаров (орудий труда, вина, бумаги, тонких тканей) с явным намерением защитить испанских производителей, но в итоге уступила интересам ненасытных торговцев. Последние, однако, не довольствовались своими привилегиями и увеличивали прибыль, получая дополнительные доходы от контрабанды.
Описанные выше факты показывают, что обстоятельства конкисты сменялись настоящей системой колониального господства. Формировалась принятая во всем мире политика эксплуатации ресурсов, отвечающая реалиям, проблемам и интересам мира испанцев, не имеющая ничего общего с ограниченными и неустойчивыми подходами конкистадоров и энкомендерос, а также с проектами и идеалами, в центре которых находились индейцы, например когда ставились первые цели евангелизации. Во второй половине XVI в. уходящий мир конкисты, так прочно укоренившийся как в испанском, так и в доиспанском прошлом, наслаивается на первые проявления нового по сути порядка.
Своеобразие Новой Испании в значительной степени опиралось на преемственность многих черт доиспанского прошлого, но речь вовсе не идет о статической неизменности. Уже тогда в некоторых элементах этой преемственности происходил перелом, например крах системы правления касиков. Более того, перемен становилось все больше, и, в конце концов, мир, созданный в начале XVII в., значительно отдалился от своего прошлого. Новая Испания имела девяностолетний опыт, который был вполне удачным с испанской точки зрения. Проблемы, связанные с доиспанским миром, например политическое подчинение, экономическое господство, физическое сосуществование, обращение в христианство и другие, не были окончательно разрешены, но были преодолены, а в отношении тех проблем, которые, по мнению испанцев, присущи колониальному положению вещей, приняли меры, позволявшие если не преодолевать их, то держать под контролем. Если проследить дальнейшее развитие национальной истории, то можно увидеть характерные черты страны в целом, которая станет независимой в 1821 г., особенно если учесть экспансию на север.